Chi phí nghiên cứu và phát triển được tính 200% vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN?

Chi phí nghiên cứu và phát triển được tính 200% vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN?

Căn cứ theo Nghị quyết 198/2025/QH15 về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân được Quốc hội khóa XV, kỳ họp thứ 9 thông qua ngày 17/5/2025.

Theo đó, tại Điều 12 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định về các chính sách hỗ trợ chi phí nghiên cứu và phát triển ứng dụng khoa học, công nghệ như sau:

Hỗ trợ nghiên cứu, phát triển và ứng dụng khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số

1. Doanh nghiệp được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập quỹ phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số của doanh nghiệp. Doanh nghiệp được sử dụng quỹ để tự triển khai hoặc đặt hàng bên ngoài nghiên cứu phát triển khoa học công nghệ, đổi mới sáng tạo theo cơ chế khoán sản phẩm. Việc sử dụng quỹ này thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

2. Doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ để xác định thu nhập chịu thuế đối với chi phí cho hoạt động nghiên cứu và phát triển của doanh nghiệp bằng 200% chi phí thực tế của hoạt động này khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Chính phủ.

3. Nhà nước bố trí kinh phí để cung cấp miễn phí các nền tảng số, phần mềm kế toán dùng chung cho doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh theo quy định của Chính phủ.

Theo đó, chi phí cho hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D) được tính 200% vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN cao hơn so với quy định hiện hành là 100% theo Điều 9 Nghị quyết 193/2025/QH15 về thí điểm cơ chế, chính sách đặc biệt tạo đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia và mức 150% theo Nghị quyết 98/2023/QH15 về thí điểm một số cơ chế, chính sách phát triển thành phố Hồ Chí Minh.

Như vậy, chi phí nghiên cứu và phát triển được tính 200% vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN theo Nghị quyết 198/2025/QH15.

Chi phí nghiên cứu và phát triển được tính 200% vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN? (Hình từ Internet)

Các khoản chi phí không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN?

Căn cứ theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 5 Điều 1 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013 và có điểm bị bãi bỏ bởi khoản 4 Điều 1 Luật Sửa đổi các Luật về thuế 2014, các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế đối với thuế thu nhập doanh nghiệp gồm:

- Khoản chi không đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008 (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 5 Điều 1 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi 2013), trừ phần giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh và trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường.

- Khoản tiền phạt do vi phạm hành chính;

- Khoản chi được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác;

- Phần chi phí quản lý kinh doanh do doanh nghiệp nước ngoài phân bổ cho cơ sở thường trú tại Việt Nam vượt mức tính theo phương pháp phân bổ do pháp luật Việt Nam quy định;

- Phần chi vượt mức theo quy định của pháp luật về trích lập dự phòng;

- Phần chi trả lãi tiền vay vốn sản xuất, kinh doanh của đối tượng không phải là tổ chức tín dụng hoặc tổ chức kinh tế vượt quá 150% mức lãi suất cơ bản do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm vay;

- Khoản trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định của pháp luật;

- Khoản trích trước vào chi phí không đúng quy định của pháp luật;

- Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân; thù lao trả cho sáng lập viên doanh nghiệp không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh; tiền lương, tiền công, các khoản hạch toán chi khác để chi trả cho người lao động nhưng thực tế không chi trả hoặc không có hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật;

- Phần chi trả lãi tiền vay vốn tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu;

- Phần thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được khấu trừ, thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ, thuế thu nhập doanh nghiệp;

- Khoản tài trợ, trừ khoản tài trợ cho giáo dục, y tế, nghiên cứu khoa học, khắc phục hậu quả thiên tai, làm nhà đại đoàn kết, nhà tình nghĩa, nhà cho các đối tượng chính sách theo quy định của pháp luật, khoản tài trợ theo chương trình của Nhà nước dành cho các địa phương thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

- Phần trích nộp quỹ hưu trí tự nguyện hoặc quỹ có tính chất an sinh xã hội, mua bảo hiểm hưu trí tự nguyện cho người lao động vượt mức quy định theo quy định của pháp luật;

- Các khoản chi của hoạt động kinh doanh: ngân hàng, bảo hiểm, xổ số, chứng khoán và một số hoạt động kinh doanh đặc thù khác theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Cập nhật mới: Từ ngày 10/1/2025, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, áp dụng và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025.

Căn cứ Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định về các khoản chi không được trừ khi tính thuế TNDN.

Theo đó, từ năm 2026 có 14 khoản chi không được trừ khi tính thuế TNDN bao gồm:

(1) Khoản chi không đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025;

(2) Khoản tiền phạt do vi phạm hành chính;

(3) Khoản chỉ được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác;

(4) Phần chi vượt mức do Chính phủ quy định đối với: chi phí quản lý kinh doanh do doanh nghiệp nước ngoài phân bổ cho cơ sở thường trú tại Việt Nam; chi phí thuê quản lý hoạt động kinh doanh trò chơi điện tử có thưởng, kinh doanh casino; chỉ trả lãi tiền vay của doanh nghiệp có giao dịch liên kết; chỉ có tính chất phúc lợi trực tiếp cho người lao động; khoản đóng góp tham gia bảo hiểm hưu tríbổ sung theo quy định của Luật Bảo hiểm xã hội 2024 hoặc quỹ có tính chất an sinh xã hội, mua bảo hiểm hưu trí tự nguyện, bảo hiểm nhân thọ cho người lao động;

(5) Phần trích lập không đúng hoặc vượt mức theo quy định của pháp luật về trích lập dự phòng;

(6) Khoản trích khấu hao tài sản cố định không đúng hoặc vượt mức quy định của pháp luật;

(7) Khoản trích trước vào chi phí không đúng quy định của pháp luật;

(8) Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ; thù lao trả cho sáng lập viên doanh nghiệp không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh; tiền lương, tiền công, các khoản hạch toán chỉ khác để chi trả cho người lao động nhưng thực tế không chỉ trả hoặc không có hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật;

(9) Phần chỉ trả lãi tiền vay tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu; lãi tiền vay trong quá trình đầu tư đã được ghi nhận vào giá trị đầu tư; lãi vay để triển khai thực hiện các hợp đồng tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí; phần chi trả lãi tiền vay vốn sản xuất, kinh doanh của đối tượng không phải là tổ chức tín dụng vượt mức theo quy định của Bộ luật Dân sự 2015;

(10) Phần chi phí được phép thu hồi vượt quá tỷ lệ quy định tại hợp đồng dầu khí được duyệt; trường hợp hợp đồng dầu khí không quy định về tỷ lệ thu hồi chi phí thì phần chi phí vượt trên mức do Chính phủ quy định không được tính vào chi phí được trừ;

(11) Phần thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được khấu trừ; thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ; thuế giá trị gia tăng đầu vào của phần giá trị xe ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống vượt mức do Chính phủ quy định; thuế thu nhập doanh nghiệp; các khoản thuế, phí, lệ phí, thu khác không được tính vào chi phí theo quy định của pháp luật và tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Phần thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ quy định tại điểm này không bao gồm phần thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đầu vào có liên quan trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp chưa được khấu trừ hết nhưng không thuộc trường hợp hoàn thuế.

Số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi đã được tính vào chi phí được trừ thì không được khấu trừ với số thuế giá trị gia tăng đầu ra;

(12) Khoản chi không tương ứng với doanh thu tính thuế, trừ các khoản chi quy định tại điểm b khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025; khoản chi không đáp ứng điều kiện chỉ, nội dung chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành;

(13) Khoản tài trợ, trừ khoản tài trợ quy định tại tiểu điểm b5 điểm b khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025;

(14) Các khoản chi khác.

Xác định nơi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp như thế nào?

Căn cứ theo Điều 12 Nghị định 218/2013/NĐ-CP quy định về nơi nộp thuế như sau:

Nơi nộp thuế

1. Doanh nghiệp nộp thuế tại địa phương nơi đóng trụ sở chính. Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với địa phương nơi đóng trụ sở chính thì số thuế được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất.

Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ của doanh nghiệp nhân (x) với tỷ lệ giữa chi phí phát sinh tại cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.

Việc nộp thuế quy định tại Khoản này không áp dụng đối với công trình, hạng mục công trình hay cơ sở xây dựng hạch toán phụ thuộc.

Việc phân cấp, quản lý, sử dụng nguồn thu về thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của Luật ngân sách nhà nước.

2. Đơn vị hạch toán phụ thuộc các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành có thu nhập ngoài hoạt động kinh doanh chính thì nộp thuế tại tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có hoạt động kinh doanh đó.

3. Bộ Tài chính hướng dẫn về nơi nộp thuế quy định tại Điều này.

Theo đó, nơi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp được xác định như sau:

- Tại địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính.

Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với địa phương nơi đóng trụ sở chính thì số thuế được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất.

Tuy nhiên, quy định này không áp dụng đối với công trình, hạng mục công trình hay cơ sở xây dựng hạch toán phụ thuộc.

- Tại tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có hoạt động kinh doanh: Đối với đơn vị hạch toán phụ thuộc các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành có thu nhập ngoài hoạt động kinh doanh chính.

Tuy nhiên, từ ngày 15/02/2026 Nghị định 218/2013/NĐ-CP đã hết hiệu lực và bị thay thế bởi Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

Theo đó, Nghị định 320/2025/NĐ-CP đã không còn quy định về nơi nộp thuế TNDN nữa.

Mặt khác, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực thi hành, trừ những quy định tại Điều 13, Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 sẽ có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Tuy nhiên hiện tại Luật Quản lý thuế 2025 chưa có quy định về nơi nộp hồ sơ khai thuế nên căn cứ tại Điều 45 Luật Quản lý thuế 2019 có quy định như sau:

Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế

1. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

2. Trường hợp nộp hồ sơ khai thuế theo cơ chế một cửa liên thông thì địa điểm nộp hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định của cơ chế đó.

3. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định của Luật Hải quan.

...

Như vậy, hiện nay, nơi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp được xác định là cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp đó.

Trường hợp có nhiều hoạt động kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh khác nhau thì dựa vào khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP có quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế như sau:

Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế

Người nộp thuế thực hiện các quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 45 Luật Quản lý thuế và các quy định sau đây:

1. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có nhiều hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế là cơ quan thuế nơi có hoạt động kinh doanh khác tỉnh, thành phố nơi có trụ sở chính đối với các trường hợp sau đây:

a) Khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 2 Điều 7 Nghị định này tại nơi có dự án đầu tư.

b) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ) tại nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

c) Khai thuế giá trị gia tăng tại nơi có nhà máy sản xuất điện.

d) Khai thuế tiêu thụ đặc biệt tại nơi sản xuất, gia công hàng hoá chịu thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc nơi cung ứng dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ hoạt động kinh doanh xổ số điện toán).

...

Theo đó, địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có nhiều hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh là cơ quan thuế nơi có hoạt động kinh doanh khác tỉnh, thành phố nơi có trụ sở chính.