Từ 01/7/2026, cơ quan nào tiếp nhận hồ sơ khai thuế TNDN theo Thông tư 89/2026?

Từ 01/7/2026, cơ quan nào tiếp nhận hồ sơ khai thuế TNDN theo Thông tư 89/2026?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

Tại Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định như sau:

Điều 99. Hiệu lực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2026.

...

Như vậy, từ ngày 01/7/2026 Thông tư 89/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực.

Căn cứ khoản 2 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế TNDN cụ thể như sau:

(1) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế. Người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp phải xác định riêng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho hoạt động được hưởng ưu đãi với cơ quan thuế quản lý nơi có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh;

(2) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập (trừ đơn vị trực thuộc là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp) thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh tại đơn vị trực thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc;

(3) Trường hợp người nộp thuế hạch toán tập trung có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính thì thực hiện khai thuế, tính thuế và nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp và phân bổ số thuế phải nộp cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh theo quy định tại khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp siêu nhỏ theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa thì không phải phân bổ số thuế phải nộp;

(4) Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng đối với các hoạt động sau:

+ Hoạt động chuyển nhượng bất động sản khác tỉnh với trụ sở chính của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp;

+ Hoạt động bán, bán đấu giá bất động sản là tài sản bảo đảm thi hành án, tài sản bảo đảm để xử lý nợ của cơ quan thi hành án, tổ chức có thẩm quyền bán đấu giá, tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, tổ chức mà Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập có chức năng mua, bán, xử lý nợ;

+ Hoạt động bán toàn bộ Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu dưới hình thức chuyển nhượng vốn có gắn với bất động sản của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp.

(5) Đối với hoạt động bán, bán đấu giá tài sản khác là tài sản bảo đảm thi hành án, tài sản bảo đảm để xử lý nợ của cơ quan thi hành án, tổ chức có thẩm quyền bán đấu giá, tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, tổ chức mà Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập có chức năng mua, bán, xử lý nợ thì cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm;

(6) Đối với hoạt động chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài, cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp tổ chức Việt Nam nơi doanh nghiệp nước ngoài đầu tư vốn. Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai thuế đối với hoạt động này được xác định theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp;

(7) Đối với hoạt động chia lợi tức cho tổ chức đầu tư của Quỹ đầu tư chứng khoán, cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp Công ty quản lý quỹ đầu tư chứng khoán;

(8) Đối với các tập đoàn kinh tế, các tổng công ty có đơn vị thành viên nếu đã hạch toán được doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế thì đơn vị thành viên phải kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên;

(9) Trường hợp đơn vị thành viên có hoạt động kinh doanh khác với hoạt động kinh doanh chung của tập đoàn, tổng công ty và hạch toán riêng được thu nhập từ hoạt động kinh doanh khác đó thì đơn vị thành viên khai thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên.

Trên dây là các cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế TNDN theo từng trường hợp cụ thể.

Từ 01/7/2026, cơ quan nào tiếp nhận hồ sơ khai thuế TNDN theo Thông tư 89/2026?

Khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN những khoản chi nào không được trừ?

Căn cứ khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định những khoản chi nào không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, gồm:

- Khoản chi không đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025;

- Khoản tiền phạt do vi phạm hành chính;

- Khoản chi được bù đắp bằng nguồn kinh phí khác;

- Phần chi vượt mức do Chính phủ quy định đối với: chi phí quản lý kinh doanh do doanh nghiệp nước ngoài phân bổ cho cơ sở thường trú tại Việt Nam; chi phí thuê quản lý hoạt động kinh doanh trò chơi điện tử có thưởng, kinh doanh casino; chi trả lãi tiền vay của doanh nghiệp có giao dịch liên kết; chi có tính chất phúc lợi trực tiếp cho người lao động; khoản đóng góp tham gia bảo hiểm hưu trí bổ sung theo quy định của Luật Bảo hiểm xã hội hoặc quỹ có tính chất an sinh xã hội, mua bảo hiểm hưu trí tự nguyện, bảo hiểm nhân thọ cho người lao động;

- Phần trích lập không đúng hoặc vượt mức theo quy định của pháp luật về trích lập dự phòng;

- Khoản trích khấu hao tài sản cố định không đúng hoặc vượt mức quy định của pháp luật;

- Khoản trích trước vào chi phí không đúng quy định của pháp luật;

- Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do cá nhân làm chủ; thù lao trả cho sáng lập viên doanh nghiệp không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh; tiền lương, tiền công, các khoản hạch toán chi khác để chi trả cho người lao động nhưng thực tế không chi trả hoặc không có hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật;

- Phần chi trả lãi tiền vay tương ứng với phần vốn điều lệ còn thiếu; lãi tiền vay trong quá trình đầu tư đã được ghi nhận vào giá trị đầu tư; lãi vay để triển khai thực hiện các hợp đồng tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí; phần chi trả lãi tiền vay vốn sản xuất, kinh doanh của đối tượng không phải là tổ chức tín dụng vượt mức theo quy định của Bộ luật Dân sự;

- Phần chi phí được phép thu hồi vượt quá tỷ lệ quy định tại hợp đồng dầu khí được duyệt; trường hợp hợp đồng dầu khí không quy định về tỷ lệ thu hồi chi phí thì phần chi phí vượt trên mức do Chính phủ quy định không được tính vào chi phí được trừ;

- Phần thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được khấu trừ; thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ; thuế giá trị gia tăng đầu vào của phần giá trị xe ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống vượt mức do Chính phủ quy định; thuế thu nhập doanh nghiệp; các khoản thuế, phí, lệ phí, thu khác không được tính vào chi phí theo quy định của pháp luật và tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Phần thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ quy định tại điểm này không bao gồm phần thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đầu vào có liên quan trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp chưa được khấu trừ hết nhưng không thuộc trường hợp hoàn thuế.

Số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi đã được tính vào chi phí được trừ thì không được khấu trừ với số thuế giá trị gia tăng đầu ra;

- Khoản chi không tương ứng với doanh thu tính thuế, trừ các khoản chi quy định tại điểm b khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025; khoản chi không đáp ứng điều kiện chi, nội dung chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành;

- Khoản tài trợ, trừ khoản tài trợ quy định tại tiểu điểm b5 điểm b khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025;

- Chi về đầu tư xây dựng cơ bản trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định; chi liên quan trực tiếp đến việc tăng, giảm vốn chủ sở hữu của doanh nghiệp;

- Các khoản chi của hoạt động kinh doanh: ngân hàng, bảo hiểm, xổ số, chứng khoán, hợp đồng BT, BOT, BTO không đúng hoặc vượt mức quy định của pháp luật;

- Các khoản chi khác.

Nguyên tắc kiểm tra thuế theo Luật Quản lý thuế được quy định ra sao?

Căn cứ khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định nguyên tắc kiểm tra thuế như sau:

- Áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế; ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử;

- Tuân thủ quy định của pháp luật và không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế;

- Việc kiểm tra thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của việc kê khai, nộp thuế và việc tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế;

- Việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại;

- Kiểm tra việc xác định giá giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh quyết định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất kinh tế của hoạt động kinh doanh, giao dịch phát sinh của người nộp thuế; không công nhận các giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.