Cưỡng chế công trình xây dựng trái phép thế nào?

Về việc anh nêu thì đây là vấn đề thực hiện xử phạt vi phạm hành chính, cụ thể là xử phạt vi phạm về xây dựng. 
Trình tự thủ tục thực tế như thế nào thì đó là vấn đề nghiệp vụ của đơn vị, Ban Pháp lý Online - Phòng Hỗ trợ Pháp lý xin phép không đi sâu, còn về cơ bản thì có 3 bước chính để làm (theo Phần 2 Chương III Luật xử lý vi phạm hành chính 2012): 1- Lập biên bản vi phạm    
2- Kiểm tra, xem xét hành vi và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính    
3- Ra quyết định cưỡng chế thi hành nếu đối tượng vi phạm không tự giác thi hành.    
Tuy nhiên, theo thông tin như anh nêu thì địa phương mới thực hiện bước đầu tiên - lập biên bản - chứ chưa ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính; vậy thì đến nay (đã hơn 2 năm) thì đã hết thời hạn xử phạt theo biên bản vi phạm.    Trường hợp này, nếu như muốn xử phạt thì địa phương phải làm lại từ đầu: từ việc lập biên bản vi phạm, sau đó ra quyết định xử phạt VPHC, sau đó thi hành quyết định này (hoặc cưỡng chế thi hành nếu đối tượng không thực hiện).   
Về các văn bản liên quan đến việc này, anh có thể tham khảo ở các văn bản sau:    
- Luật xử lý vi phạm hành chính 2012 (Phần 2 Chương III)    
- Nghị định 81/2013/NĐ-CP hướng dẫn và biện pháp thi hành Luật xử lý vi phạm hành chính    
- Nghị định 121/2013/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính trong hoạt động xây dựng; kinh doanh bất động sản; khai thác, sản xuất, kinh doanh vật liệu xây dựng; quản lý công trình hạ tầng kỹ thuật; quản lý phát triển nhà và công sở 

- Thông tư 02/2014/TT-BXD hướng dẫn Nghị định 121/2013/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính trong hoạt động xây dựng; kinh doanh bất động sản; khai thác, sản xuất, kinh doanh vật liệu xây dựng; quản lý công trình hạ tầng kỹ thuật; quản lý phát triển nhà và công sở do Bộ trưởng Bộ Xây dựng ban hành    
- Nghị định 180/2007/NĐ-CP Hướng dẫn Luật Xây dựng về xử lý vi phạm trật tự xây dựng đô thị (văn bản này sắp hết hiệu lực)