Quyết định 3486/QĐ-BYT 2020 Hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2

• Số hiệu: 3486/QĐ-BYT
• Loại văn bản: Quyết định
• Nơi ban hành: Bộ Y tế
• Người ký: Trần Văn Thuấn
• Ngày ban hành: 07/08/2020

BỘ Y TẾ --------	CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc --------------------
Số: 3486/QĐ-BYT	Hà Nội, ngày 07 tháng 8 năm 2020

QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH “HƯỚNG DẪN TẠM THỜI VIỆC GỘP MẪU XÉT NGHIỆM SARS-COV-2”

BỘ TRƯỞNG BỘ Y TẾ

Căn cứ Nghị định số 75/2017/NĐ-CP ngày 20 tháng 6 năm 2017 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Bộ Y tế;

Xét đề nghị của Cục trưởng Cục Y tế dự phòng, Bộ Y tế,

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này “Hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2”.

Điều 2. “Hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2” là tài liệu hướng dẫn được áp dụng tại các cơ sở y tế dự phòng và khám, chữa bệnh trên toàn quốc.

Điều 3. Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày ký ban hành.

Điều 4. Các ông, bà: Chánh Văn phòng Bộ; Chánh Thanh tra Bộ; Vụ trưởng, Cục trưởng, Tổng Cục trưởng các Vụ, Cục, Tổng cục thuộc Bộ Y tế; Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ, Viện Pasteur, Giám đốc các bệnh viện trực thuộc Bộ Y tế; Giám đốc Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Thủ trưởng y tế các Bộ, ngành và Thủ trưởng các đơn vị có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./.

Nơi nhận: - Như Điều 4; - PTTg. Vũ Đức Đam (để báo cáo); - Q. Bộ trưởng (để báo cáo); - Các thành viên BCĐ QG Phòng chống dịch COVID-19; - Các đồng chí Thứ trưởng; - Cổng TTĐT Bộ Y tế; - Lưu: VT, DP.

KT. BỘ TRƯỞNG THỨ TRƯỞNG Trần Văn Thuấn

HƯỚNG DẪN TẠM THỜI

VIỆC GỘP MẪU XÉT NGHIỆM SARS-COV-2
(Ban hành kèm theo Quyết định số 3486/QĐ-BYT ngày 07 tháng 8 năm 2020 của Bộ Y tế)

I. ĐẶC ĐIỂM CHUNG

COVID-19 là bệnh truyền nhiễm cấp tính thuộc nhóm A do vi rút SARS-CoV-2 gây ra, lây truyền từ người sang người và có thời gian ỷ bệnh trong khoảng 14 ngày. Người mắc bệnh có triệu chứng viêm đường hô hấp cấp tính như: sốt, ho, đau họng, khó thở, có thể dẫn đến viêm phổi nặng, suy hô hấp cấp và tử vong, đặc biệt ở những người có bệnh lý nền, mạn tính, người cao tuổi. Có một tỷ lệ cao người nhiễm vi rút SARS-CoV-2 không có biểu hiện lâm sàng (40-50%) và có thể là nguồn lây trong cộng đồng, gây khó khăn cho việc giám sát và phòng chống địch. Đến nay, bệnh chưa có thuốc điều trị đặc biệt và vắc xin phòng bệnh.

Tính đến 18 giờ 00 ngày 06/8/2020, Thế giới ghi nhận 19.006.692 trường hợp mắc COVID-19 tại 215 quốc gia, vùng lãnh thổ; ghi nhận 711.876 trường hợp tử vong. Tại Việt Nam ghi nhận 747 trường hợp mắc COVID-19, 10 trường hợp tử vong. Hiện nay cả nước có 121 phòng xét nghiệm có năng lực xét nghiệm phát hiện SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR, đã xét nghiệm được hơn 537.000 mẫu, trong đó xác định 747 mẫu dương tính với vi rút SARS-CoV-2. Tỷ lệ phát hiện dương tính với vi rút khoảng 0,1%.

Hướng dẫn tạm thời này được xây dựng với các nội dung lấy mẫu, gộp mẫu bệnh phẩm để xét nghiệm nhằm giảm nhu cầu sinh phẩm, hóa chất, vật tư tiêu hao sử dụng cho xét nghiệm, giảm thời gian xét nghiệm mẫu và bảo đảm chất lượng xét nghiệm theo diễn biến tình hình dịch bệnh để các tỉnh, thành phố, đơn vị y tế và các đơn vị liên quan làm căn cứ áp dụng, tổ chức triển khai theo thực tế tại địa phương, đơn vị.

Việc gộp mẫu bệnh phẩm để xét nghiệm SARS-CoV-2 sẽ có một số hạn chế như có thể phải quay lại nhóm đối tượng có kết quả mẫu gộp dương tính SARS-CoV-2 để lấy lại mẫu làm xét nghiệm. Tuy nhiên nếu tỉ lệ dương tính của cộng đồng thấp thì việc này không gây ảnh hưởng nhiều. Các địa phương, đơn vị phải thường xuyên đánh giá diễn biến của dịch bệnh để xem xét về việc triển khai gộp mẫu cho phù hợp với tình hình dịch.

II. MỤC TIÊU:

- Hỗ trợ thực hiện giám sát dịch tễ, xét nghiệm chẩn đoán mắc COVID-19 trong một/nhiều nhóm quần thể dựa trên đánh giá dịch tễ và các yếu tố nguy cơ liên quan.

- Chẩn đoán phát hiện mắc COVID-19.

- Giảm nhu cầu sinh phẩm, hóa chất, vật tư tiêu hao sử dụng cho xét nghiệm; giảm thời gian xét nghiệm và tăng công suất xét nghiệm.

III. HƯỚNG DẪN LẤY MẪU, GỘP MẪU VÀ XÉT NGHIỆM

1. Thời gian và phạm vi áp dụng

- Quy trình này được áp dụng trong thời gian có dịch COVID-19, thực hiện tại các Phòng xét nghiệm COVID-19 đủ năng lực và có thể thực hiện được kỹ thuật này.

- Sử dụng qui trình xét nghiệm Realtime RT-PCR để phát hiện kháng nguyên của vi rút SARS-CoV-2.

2. An toàn sinh học

Thực hiện tại phòng xét nghiệm bảo đảm điều kiện an toàn sinh học cấp II

3. Đảm bảo chất lượng xét nghiệm.

Các phòng xét nghiệm xây dựng qui trình thực hiện xét nghiệm gộp mẫu tại đơn vị mình.

4. Sinh phẩm sử dụng xét nghiệm

Sử dụng sinh phẩm xét nghiệm đã được Bộ Y tế cho phép hoặc Tổ chức Y tế thế giới hoặc CDC Hoa Kỳ thẩm định và khuyến cáo.

5. Mẫu bệnh phẩm

5.1. Loại mẫu bệnh phẩm

Là bệnh phẩm đường hô hấp, được thu thập bởi các nhân viên đã được tập huấn.

a. Bệnh phẩm đường hô hấp trên:

+ Mẫu ngoáy dịch tỵ hầu;

Trong trường hợp không lấy được mẫu ngoáy dịch tỵ hầu thì có thể lấy một trong các mẫu dưới đây;

+ Mẫu ngoáy dịch họng;

+ Mẫu ngoáy dịch mũi (cả hai bên mũi), chỉ áp dụng đối với người có triệu chứng nghi ngờ;

+ Mẫu dịch rửa mũi/tỵ hầu;

+ Mẫu dịch súc họng.

b. Bệnh phẩm đường hô hấp dưới:

+ Đờm;

+ Dịch phế nang, dịch nội khí quản, dịch màng phổi ...;

+ Tổ chức phổi, phế quản, phế nang.

5.2. Phương pháp thu thập bệnh phẩm

a. Chuẩn bị dụng cụ

- Dụng cụ lấy mẫu ngoáy dịch tỵ hầu, mẫu ngoáy dịch họng và mẫu ngoáy dịch mũi cho xét nghiệm SARS-CoV-2 có cán không phải là calcium hay gỗ, tốt nhất là sử dụng que có đầu là sợi tổng hợp.

- Que đè lưỡi;

- Ống ly tâm hình chóp 15ml, chứa 2-3ml môi trường vận chuyển vi rút;

- Lọ nhựa (ống Falcon 50ml) hoặc túi nylon để đóng gói bệnh phẩm;

- Băng, gạc có tẩm chất sát trùng;

- Cồn sát trùng, bút ghi

- Quần áo bảo hộ;

- Kính bảo vệ mắt;

- Găng tay;

- Khẩu trang y tế chuyên dụng (N95 hoặc tương đương);

- Bơm tiêm 10 ml, vô trùng;

- Tuýp vô trùng không có chất chống đông.

- Bình lạnh bảo quản mẫu.

b. Sử dụng phương tiện phòng hộ ca_́ nhân

Bước 1: Vệ sinh tay.

Bước 2: Đi bốt/bao giầy.

Bước 3: Mặc quần và áo choàng (mang tạp dề nếu co_́ chi_̉ định).

Bước 4: Mang khẩu trang.

Bước 5: Mang kính bảo hộ (đối vơ_́i loại co_́ gọng ca_̀i tai).

Bước 6: Đội mũ trùm kín tóc, đầu, tai, dây đeo khẩu trang.

Bước 6: Mang tấm che mặt hoặc ki_́nh ba_̉o hộ (loại dây đeo ngoài mũ).

Bước 7: Mang găng sạch.

c. Thu thập mẫu bệnh phẩm: theo hướng dẫn tại Quyết định số 3468/QĐ-BYT ngày 07/8/2020 và các hướng dẫn liên quan khác.

6. Gộp mẫu bệnh phẩm

6.1. Điều kiện áp dụng

- Căn cứ tình hình dịch bệnh, sự lưu hành, tỷ lệ xét nghiệm dương tính, cơ quan chuyên môn y tế xem xét quyết định việc gộp mẫu xét nghiệm.

- Khi thực hiện giám sát dịch tễ tại cộng đồng, đối với nhóm đối tượng không có triệu chứng.

- Không áp dụng đối với:

+ Những trường hợp có triệu chứng, người tiếp xúc trực tiếp có nguy cơ cao

+ Các mẫu thu thập từ người đã xét nghiệm chẩn đoán SARS-CoV-2 nhưng chưa có kết quả xác định.

+ Các mẫu thu thập từ bệnh nhân COVID-19 đang điều trị.

+ Tỷ lệ mắc COVID-19 trong cộng đồng cao (tùy theo từng khu vực, địa bàn do Sở Y tế đánh giá và xác định).

6.2. Cách gộp mẫu xét nghiệm

- Bước 1: Mẫu bệnh phẩm sau khi đã được thu thập riêng biệt được lập danh sách mẫu để gộp 5 mẫu thành 1 nhóm (nhóm mẫu gộp), mỗi nhóm mẫu gộp được mã hoá riêng.

- Bước 2:

+ Xếp từng nhóm mẫu theo thứ tự đã mã hoá;

+ Chuẩn bị tuýp chứa 2-3ml môi trường bảo quản vi rút vô trùng, ghi mã của mỗi nhóm lên tuýp.

- Bước 3:

Trộn đều từng mẫu đơn đã được thu thập bằng máy lắc/votex.

- Bước 4:

+ Chuyển 200 µl dung dịch của mỗi mẫu đơn trong nhóm 05 mẫu vào tuýp mẫu gộp;

+ Đóng chặt nắp tuýp mẫu gộp

+ Bảo quản các mẫu đơn trong nhóm (mẫu gốc) tại nhiệt độ – 40oC đến khi sử dụng lại khi cần thiết.

- Bước 5: Tiến hành xét nghiệm mẫu gộp bằng phương pháp Realtime RT- PCR theo hướng dẫn của nhà sản xuất.

7. Nhận định kết quả xét nghiệm

- Kết quả xét nghiệm mẫu gộp âm tính tức là tất cả các mẫu đơn trong nhóm gộp là âm tính và không cần thực hiện xét nghiệm tiếp.

- Kết quả xét nghiệm mẫu gộp dương tính tức là có ít nhất 01 mẫu trong nhóm gộp dương tính. Trong trường hợp này Phòng xét nghiệm cần thực hiện:

+ Báo cáo với đơn vị quản lý về kết quả xét nghiệm mẫu gộp dương tính để đánh giá nguy cơ và triển khai các biện pháp phòng chống dịch theo qui định.

+ Thực hiện xét nghiệm đối với từng mẫu bệnh phẩm đơn trong trong nhóm. Nếu có mẫu dương tính thì gửi mẫu đến phòng xét nghiệm khẳng định (nếu phòng xét nghiệm đó chưa được phép khẳng định) để xác nhận kết quả. Nếu không có mẫu dương tính thì lấy lại mẫu, thực hiện xét nghiệm lại theo quy trình thông thường đối với từng trường hợp, phiên giải kết quả và thực hiện các hoạt động báo cáo, phòng chống dịch theo qui đinh.

- Kết quả xét nghiệm mẫu gộp không rõ: thực hiện lại qui trình gộp mẫu và xét nghiệm mẫu gộp theo hướng dẫn tại phần 6, 7 tại mục III của Hướng dẫn này.

8. Thông tin, báo cáo

Thực hiện việc thông tin báo cáo theo Hướng dẫn tạm thời giám sát và phòng, chống COVID-19 ban hành kèm theo Quyết định số 3468/QĐ-BYT ngày 07/8/2020 của Bộ Y tế và Thông tư số 54/2015/TT-BYT ngày 28 tháng 12 năm 2015 của Bộ Y tế hướng dẫn chế độ khai báo, thông tin, báo cáo bệnh truyền nhiễm.

IV. TỔ CHỨC THỰC HIỆN

- Các Viện Vệ sinh dịch tễ, Viện Pasteur chịu trách nhiệm hướng dẫn, tập huấn cho các đơn vị địa phương triển khai lấy mẫu, gộp mẫu và xét nghiệm mẫu gộp bảo đảm chất lượng và hiệu quả.

- Ban chỉ đạo phòng chống dịch COVID-19 tỉnh, thành phố căn cứ tình hình dịch tễ, khả năng đáp ứng về cơ sở vật chất, trang thiết bị và nhân lực tại địa phương để chỉ đạo về việc gộp mẫu xét nghiệm.

- Các Trung tâm kiểm soát bệnh tật, các phòng xét nghiệm có đủ năng lực xét nghiệm COVID-19 chịu trách nhiệm lấy mẫu hoặc nhận mẫu, tiến hành gộp mẫu, thực hiện xét nghiệm và báo cáo theo qui định.

Tiếng Anh (English)

MINISTRY OF HEALTH --------	SOCIALIST REPUBLIC OF VIETNAM Independence - Freedom - Happiness ---------------
No. 3486/QD-BYT	Hanoi, August 07, 2020

DECISION

INTRODUCING INTERIM GUIDELINES FOR SARS-COV-2 SAMPLE POOLING

MINISTER OF HEALTH

Pursuant to the Government’s Decree No.75/2017/ND-CP dated June 20, 2017 on functions, duties, powers and organizational structure of Ministry of Health;

At the request of the General Director of the General Department of Preventive Medicine and Ministry of Health,

HEREBY DECIDES:

Article 1. Promulgated together with this Decision are the interim guidelines for SARS-CoV-2 sample pooling.

Article 2. Interim guidelines for SARS-CoV-2 sample pooling shall be implemented in preventive healthcare establishments and healthcare establishments nationwide.

...

...

...

Article 4. Head of Office of the Ministry of Health; Chief Inspector of the Ministry of Health; heads of affiliates of the Ministry of Health; heads of Institutes of Hygiene and Epidemiology; heads of Pasteur Institutes; directors of hospitals affiliated to the Ministry of Health; Directors of Departments of Health; heads of health units of other ministries and central authorities; and heads of relevant units shall implement this Decision./.

P.P. THE MINISTER
THE DEPUTY MINISTER




Tran Van Thuan

INTERIM GUIDELINES

SARS-COV-2 SAMPLE POOLING

(Promulgated with Decision No.3486/QD-BYT dated August 07, 2020 by the Ministry of Health)

I. GENERAL CHARACTERISTICS

COVID-19 is a group A acute infectious disease caused by the SARS-CoV-2 virus, which can be transmitted from human to human and has an incubation period of approximately 14 days. An infected person develops symptoms of acute respiratory infection such as fever, cough, throat pain, shortness of breath, potentially leading to severe pneumonia, acute respiratory failure and death, especially in those with underlying conditions or chronic diseases and the elderly. A large proportion of the infected shows no clinical manifestation (40-50%) and might become sources of infection in communities, posing challenges to monitoring and prevention. Currently, there is no cure or vaccine.

...

...

...

These interim guidelines provide for sample pooling, which should save biologicals, chemicals and materials used for testing, reduce the amount of time required for testing and ensure testing quality based on actual demand, and shall be implemented by provincial governments, healthcare units and relevant units depending on the actual situation.

SARS-CoV-2 sample pooling has certain limitations such as having to recollect all samples from a pool testing positive for the virus. However, this will not cause much difficulty if the community positivity rate is low. Local governments and units must evaluate the COVID-19 situation regularly to consider applying sample pooling as appropriate.

II. OBJECTIVES:

- Support epidemiological monitoring and confirmatory COVID-19 testing in one or more than one population based on relevant risk factors and epidemiological assessment.

- Detect COVID-19 cases.

- Save biologicals, chemicals and materials used for testing; reduce the amount of time required for testing and enhance testing capacity.

III. GUIDELINES FOR SAMPLING, POOLING AND TESTING

1. Scope

- This procedure is applicable upon COVID-19 occurrence and shall be performed in qualified laboratories.

...

...

...

2. Biosafety

This procedure shall be performed in biosafety level II laboratories.

3. Testing quality assurance

Each laboratory shall formulate its own pool testing procedure.

4. Biologicals used for testing

Biologicals permitted by the Ministry of Health or appraised and recommended by the World Health Organization or U.S. CDC shall be used.

5. Samples

5.1. Sample types

Respiratory tract samples collected by trained personnel shall be used.

...

...

...

+ Nasopharyngeal swab;

If nasopharyngeal swab cannot be collected, collect one of the following types of sample:

+ Throat swab;

+ Nasal swab (both nostrils), applicable to persons with suspicious symptoms;

+ Nasal/Nasopharyngeal wash;

+ Nasopharyngeal wash.

b. Lower respiratory tract samples:

+ Sputum;

+ Tracheal aspirate, broncheoalveolar lavage (BAL) fluid, pleural fluid, etc.;

...

...

...

5.2. Sampling methods

a. Tool preparation

- Tools for nasopharyngeal swab, throat swab and nasal swab collection must not have a calcium or wooden handle; synthetic-tipped sticks are preferred.

- Tongue depressors;

- 15ml conical centrifuge tubes containing 2-3ml of viral transport medium;

- Plastic containers (Falcon 50ml tubes) or nylon bags for sample packaging;

- Bandages/Gauzes soaked with antiseptic;

- Antiseptic alcohol, pens

- Protective clothing;

...

...

...

- Gloves;

- Specialized medical masks (N95 or equivalent);

- Sterile 10 ml syringes;

- Sterile tubes without anticoagulant.

- Cold sample preserving containers.

b. Use of personal protective equipment

Step 1: Wash hands.

Step 2: Wear boots/shoe covers.

Step 3: Wear pants and gown (wear apron if required).

...

...

...

Step 5: Wear safety goggles (goggles with temples).

Step 6: Wear cap and make sure that it completely covers hair, head, ears and mask strings.

Step 6: Wear face shield or safety goggles (for goggles with strings to be worn outside of cap).

Step 7: Wear clean gloves.

c. Samples shall be collected in accordance with the guidelines enclosed with Decision No. 3468/QD-BYT dated 07/8/2020 and other relevant guidelines.

6. Sample pooling

6.1. Conditions for application of this procedure:

- Healthcare authorities shall decide to apply sample pooling based on actual situation, viral circulation and positivity rate.

- This procedure is applicable to asymptomatic cases during epidemiological monitoring in the community.

...

...

...

+ Cases developing symptoms and cases having direct contact and facing high risk

+ Samples collected from persons who have undergone SARS-CoV-2 diagnostic testing but yet to receive the result.

+ Samples collected from COVID-19 patients currently receiving treatment.

+ Areas with high community transmission rate (evaluated and determined by Departments of Health).

6.2. Pooling method

- Step 1: Collect samples individually, draw up a sample list to divide the samples into groups of 5 and assign a code to each group (pool).

- Step 2:

+ Arrange the pools in ascending order of assigned code;

+ Prepare tubes containing 2-3ml of sterile viral transport medium and write the code of each pool on the tubes.

...

...

...

Mix each individual sample evenly using a mixer/vortex mixer.

- Step 4:

+ Add 200 µl solution of every individual sample in a pool to one tube;

+ Close the tubes containing the pooled samples tightly

+ Preserve the individual samples (original samples) at – 40^oC in case it is necessary to use them.

- Step 5: Perform a Realtime RT- PCR test on the pooled samples following the manufacturer’s guidelines.

7. Test result interpretation

- If the pooled sample tests negative for the virus, it means all individual samples in the pool are not infected with the virus and do not require further testing.

- If the pooled sample tests positive for the virus, it means at least 01 individual sample in the pool is infected with the virus. In this case, the laboratory shall:

...

...

...

+ Test each sample in the pool individually. If any sample tests positive for the virus, send the sample to a laboratory providing confirmatory testing (if this laboratory is not permitted to perform confirmatory tests) to confirm the result. Otherwise, recollect the samples, conduct laboratory tests on the samples following regular procedures, interpret the results and comply with reporting and COVID-19 prevention requirements according to regulations.

- If the test on the pooled sample gives uncertain result, repool the individual samples and test the new pooled sample in accordance with the guidelines provided for in parts 6 and 7 of Section III of these Guidelines.

8. Reporting requirements

Reporting requirements are provided for in the interim guidelines for COVID-19 monitoring and prevention promulgated together with Decision No. 3468/QD-BYT dated 07/8/2020 by the Ministry of Health and Circular No. 54/2015/TT-BYT dated 28/12/2015 by the Ministry of Health providing guidance on reporting and declaration of infectious diseases.

IV. IMPLEMENTATION

- Institutes of Hygiene and Epidemiology and Pasteur Institutes shall provide guidance and training concerning sampling, pooling and testing of pooled samples for local units to ensure quality and effectiveness.

- Steering Committees for COVID-19 Prevention and Control of provinces and cities shall direct sample pooling based on the epidemiological situation and facilities, equipment and personnel capacity of their respective provinces and cities.

- Centers for Disease Control and Prevention and laboratories capable of COVID-19 testing shall collect or receive samples, pool samples, perform tests and report as regulated.