Tổng hợp toàn bộ vấn đề DN cần lưu ý khi kê khai thuế Quý 3/2026?
Khi lập hồ sơ khai thuế Quý 3/2026, doanh nghiệp cần xác định đúng mẫu tờ khai áp dụng theo Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng như rà soát các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT, thuế TNCN và kiểm tra hóa đơn điện tử phát sinh trong kỳ.
Dưới đây là tổng hợp toàn bộ vấn đề cần biết khi kê khai thuế Quý 3/2026:
(1) Hạn nộp hồ sơ khai thuế Quý 3/2026:
Theo khoản 3 Điều 10 và khoản 7 Điều 3 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quý chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của quý tiếp theo. Trường hợp ngày cuối cùng của thời hạn trùng ngày nghỉ theo quy định thì thời hạn được chuyển sang ngày làm việc liền kề sau ngày nghỉ.
Theo đó, hạn nộp hồ sơ khai thuế Quý 3/2026 là ngày 02/11/2026 (thứ Hai), do ngày 31/10/2026 rơi vào thứ Bảy.
Kỳ tính thuế Quý 3/2026 bao gồm thời gian từ ngày 01/7/2026 đến hết ngày 30/9/2026. Doanh nghiệp cần tổng hợp số liệu phát sinh trong kỳ và hoàn thành hồ sơ khai thuế theo đúng thời hạn quy định.
(2) Kê khai thuế GTGT Quý 3/2026 theo mẫu nào?
Từ kỳ tính thuế Quý 3/2026, người nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thực hiện kê khai theo Mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Theo Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC, hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực. Đối với kỳ tính thuế từ ngày 01/7/2026 trở đi, doanh nghiệp cần áp dụng mẫu biểu theo quy định mới.
Tuy nhiên, theo Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC và Quyết định 1934/QĐ-BTC năm 2026 Trường hợp hệ thống khai thuế điện tử chưa cập nhật đầy đủ mẫu mới, người nộp thuế vẫn được tiếp tục sử dụng Tờ khai thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
(3) Những thay đổi trên tờ khai 01/GTGT theo TT89/2026
So với mẫu 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, mẫu tờ khai thuế mới có một số thay đổi đáng chú ý:
Sửa đổi tên các chỉ tiêu [06], [08], [11a], [23a], [24a] và [32a].
Bỏ chỉ tiêu [11b].
Bổ sung chỉ tiêu [32b] – Hàng hóa, dịch vụ bán ra không tính vào giá tính thuế GTGT.
Bổ sung chỉ tiêu [34a] – Hàng hóa, dịch vụ bán ra không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế GTGT.
Sửa đổi công thức tính tại chỉ tiêu [27], [34] và hướng dẫn kê khai tại các chỉ tiêu [37], [38], [39a].
Theo đó, doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất từng khoản doanh thu để kê khai vào chỉ tiêu tương ứng cũng như cần phân biệt hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, hàng hóa chịu thuế suất 0%, hàng hóa thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT và hàng hóa không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế GTGT.
(4) Lưu ý khi kê khai phụ lục giảm thuế GTGT Quý 3/2026:
Đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc diện giảm thuế GTGT trong Quý 3/2026, doanh nghiệp cần xác định đúng đối tượng được giảm thuế theo chính sách có hiệu lực trong kỳ, sau đó kê khai theo mẫu phụ lục tương ứng.
Khi lập phụ lục giảm thuế GTGT, doanh nghiệp phải đối chiếu doanh thu hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế với hóa đơn điện tử, thuế suất thực tế áp dụng và số liệu trên tờ khai 01/GTGT.
(5) Kê khai thuế TNCN Quý 3/2026 theo mẫu 05/KK-TNCN
Từ ngày 01/7/2026, tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện kê khai thuế TNCN theo quý bằng Mẫu số 05/KK-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Tuy nhiên, theo Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC và Quyết định 1934/QĐ-BTC năm 2026 Trường hợp hệ thống khai thuế điện tử chưa cập nhật đầy đủ mẫu mới, người nộp thuế vẫn được tiếp tục sử dụng Tờ khai thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
Lưu ý khi kê khai mẫu 05/KK-TNCN:
So với mẫu 05/KK-TNCN theo TT80/2021/TT-BTC, mẫu mới có những thay đổi đáng chú ý sau:
- Kỳ tính thuế trên tờ khai được xác định theo quý.
- Bổ sung các chỉ tiêu liên quan đến thu nhập được miễn thuế.
- Bổ sung các chỉ tiêu về thu nhập tính thuế, số thuế phải khấu trừ và số thuế được miễn theo các trường hợp tương ứng.
- Điều chỉnh cách bố trí, phân nhóm một số chỉ tiêu nhằm phản ánh đầy đủ số liệu kê khai theo quy định mới.
Khi kê khai Quý 3/2026, doanh nghiệp cần sử dụng đúng mẫu 05/KK-TNCN. Không sử dụng chỉ tiêu của mẫu TT89 để điền vào mẫu TT80 (hoặc ngược lại) vì số thứ tự và nội dung một số chỉ tiêu có sự khác nhau.
(6) Xử lý hóa đơn điện tử sai sót khi kê khai thuế Quý 3/2026
Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, hóa đơn điện tử đã lập sai có thể được xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo trường hợp quy định. Đối với sai sót chỉ liên quan đến tên hoặc địa chỉ người mua nhưng không sai mã số thuế và các nội dung khác theo quy định, người bán thực hiện thông báo cho người mua và không phải lập lại hóa đơn.
Trường hợp tờ khai kỳ gốc đã nộp, doanh nghiệp phải xác định nghĩa vụ khai bổ sung theo quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Còn bên mua sẽ căn cứ tại khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP để xác định trường hợp phải khai bổ sung kỳ gốc hoặc điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót.
Đối với hóa đơn điều chỉnh do phát sinh sau giao dịch như chiết khấu thương mại hoặc điều chỉnh giá trị theo thỏa thuận, doanh nghiệp phải xác định đúng trường hợp thuộc khoản 5 và điểm d khoản 6 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
(7) Lưu ý thời hạn nộp tiền thuế
Theo quy định tại Điều 14 Luật Quản lý thuế 2025 thời hạn nộp thuế, khoản thu khác chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác.
Tuy nhiên, một số sắc thuế không nộp tờ khai thuế Quý 3 mà như thuế TNDN tạm nộp Quý 3/2026.
Trường hợp doanh nghiệp thuộc đối tượng được gia hạn nộp thuế theo Nghị định 245/2026/NĐ-CP hoặc văn bản liên quan, cần kiểm tra điều kiện, phạm vi áp dụng và thời hạn gia hạn tương ứng trước khi xác định ngày nộp tiền thuế.
(8) Mã TTHC nộp tờ khai thuế Quý 3:
Theo Quyết định 1934/QĐ-BTC năm 2026 và Quyết định 4472/QĐ-BTC năm 2026, một số Mã TTHC nộp tờ khai thuế Quý 3 thường dùng như sau:
Mã hồ sơ TTHC | Tên thủ tục hành chính | Trường hợp áp dụng |
1.007014 | Khai/hoàn thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế áp dụng phương pháp khấu trừ thuế | Doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bằng mẫu 01/GTGT. |
2.002235 | Khai thuế TNCN của tổ chức, cá nhân trả thu nhập khấu trừ thuế đối với tiền lương, tiền công | Doanh nghiệp kê khai thuế TNCN từ tiền lương, tiền công bằng mẫu 05/KK-TNCN. |
1.008327 | Khai bổ sung hồ sơ khai thuế, giải trình hồ sơ khai thuế | Doanh nghiệp cần khai bổ sung hồ sơ thuế đã nộp hoặc giải trình theo yêu cầu. |
1.010949 | Thay đổi kỳ tính thuế GTGT từ tháng sang quý | Người nộp thuế thực hiện thủ tục thay đổi kỳ khai thuế GTGT từ tháng sang quý. |
Tổng hợp toàn bộ vấn đề DN cần lưu ý khi kê khai thuế Quý 3/2026? (Hình từ Internet)
Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo tháng mới nhất 2026 là khi nào?
Căn cứ điểm a khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về khai thuế GTGT như sau:
Khai thuế giá trị gia tăng
1. Kỳ tính thuế:
a) Khai thuế giá trị gia tăng là loại khai thuế theo tháng, trừ các trường hợp quy định tại điểm b và điểm c khoản này;
...
Bên cạnh đó, tại khoản 2 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định thời hạn nộp hồ sơ khai thuế như sau:
Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế
1. Đối với loại thuế khai theo từng lần phát sinh, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế, trừ trường hợp phải khai và nộp thuế trước khi được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã cho từng lần phát sinh theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 26 Luật Quản lý thuế.
2. Đối với loại thuế khai theo tháng, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
...
Theo đó, thuế GTGT là loại thuế khai theo tháng trừ một số trường hợp khai theo quý hoặc khai theo từng lần phát sinh theo quy định tại điểm b và c khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp khai thuế GTGT theo tháng thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
Như vậy, căn cứ quy định nêu trên, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo tháng hạn chót là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
Khai thuế GTGT đầu vào bị sai sót thì xử lý như thế nào?
Theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau:
Khấu trừ thuế giá trị gia tăng
...
6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:
a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.
...
Vì vậy, nếu phát hiện khai số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì người nộp thuế được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:
(1) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
(2) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.
Bài viết này có hữu ích không?
- - Nội dung nêu trên là phần giải đáp, tư vấn của chúng tôi dành cho khách hàng của THƯ VIỆN PHÁP LUẬT. Nếu quý khách còn vướng mắc, vui lòng gửi về Email [email protected];
- - Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo;
- - Điều khoản được áp dụng có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc;
- - Mọi ý kiến thắc mắc về bản quyền của bài viết vui lòng liên hệ qua địa chỉ mail [email protected];
