Tổng hợp lưu ý khi kê khai thuế tháng 9 và Quý 3/2026 theo Thông tư 89, Nghị định 252?

Những lưu ý khi kê khai thuế tháng 9 và Quý 3/2026 theo quy định mới?

Căn cứ tại Thông tư 89/2026/TT-BTC; Nghị định 252/2026/NĐ-CP; Nghị định 310/2025/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 291/2026/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.

Tháng 10/2026 là thời điểm người nộp thuế thực hiện kê khai các khoản thuế phát sinh trong tháng 9/2026 và Quý 3/2026 (tháng 7, tháng 8, tháng 9). Dưới đây là những nội dung người nộp thuế cần lưu ý khi thực hiện kê khai thuế tháng 9 và Quý 3/2026.

(1) Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tháng 9 và Quý 3/2026

Theo Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định:

- Đối với thuế khai theo tháng, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.

- Đối với thuế khai theo quý, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.

- Đối với thuế khai theo từng lần phát sinh, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế, trừ trường hợp pháp luật có quy định phải khai và nộp thuế trước khi được cấp hóa đơn điện tử có mã.

Tương ứng thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tháng 9/2026: hạn nộp 20/10/2026.

Hồ sơ khai thuế Quý 3/2026: hạn thông thường 31/10/2026. Do ngày 31/10/2026 là thứ Bảy, thời hạn được chuyển sang ngày làm việc tiếp theo là 02/11/2026.

Lưu ý, trường hợp được gia hạn nộp tiền thuế không đồng nghĩa với gia hạn thời hạn nộp tờ khai.

(2) Kỳ kê khai thuế

Từ ngày 01/7/2026, người nộp thuế lưu ý cần xác định đúng kỳ tính thuế của từng sắc thuế.

Một số sắc thuế phổ biến thực hiện như sau:

(3) Hồ sơ, mẫu biểu khai thuế Quý 3/2026 có nhiều thay đổi

Từ 01/7/2026, người nộp thuế thực hiện hồ sơ khai thuế theo hệ thống biểu mẫu mới tại Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(4) Thuế TNCN tiền lương, tiền công: khai theo quý

Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai thuế TNCN theo quý và quyết toán theo năm theo Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hồ sơ khai quý sử dụng Mẫu 05/KK-TNCN. Số thuế TNCN đã khấu trừ của người lao động trong các tháng của quý được tổng hợp để kê khai theo quý.

Doanh nghiệp cần lưu ý:

- Khai theo quý không làm thay đổi thời điểm khấu trừ thuế khi trả thu nhập;

- Doanh nghiệp vẫn phải theo dõi thu nhập và số thuế đã khấu trừ của từng cá nhân;

- Trường hợp không phát sinh khấu trừ thuế cần đối chiếu quy định về trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế, không mặc định rằng cứ có trả lương thì phải nộp tờ khai;

- Doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh ở tỉnh khác phải xác định cách khai tập trung hoặc khai riêng và việc phân bổ số thuế theo quy định.

Ngoài tiền lương, tiền công, một số khoản thu nhập khác của cá nhân được khấu trừ, khai thay, nộp thay sử dụng Mẫu 06/TNCN và có kỳ khai riêng theo Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(5) Thuế TNDN Quý 3: không có tờ khai tạm tính

Theo Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thuế TNDN là loại thuế tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm, trừ những trường hợp phải khai theo từng lần phát sinh.

Do đó, doanh nghiệp thông thường không nộp tờ khai thuế TNDN Quý 3; doanh nghiệp tự xác định số thuế TNDN tạm nộp và thực hiện nộp tiền theo quy định.

Một số trường hợp đặc thù như chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài hoặc các trường hợp khai theo từng lần phát sinh vẫn phải thực hiện hồ sơ khai thuế tương ứng.

(6) Thuế tiêu thụ đặc biệt không khai theo quý

Thuế TTĐB theo Điều 20 Thông tư 89/2026/TT-BTC khai theo tháng, không phải theo quý trong trường hợp thông thường.

Vì vậy, doanh nghiệp thuộc diện nộp TTĐB phải kiểm tra hồ sơ khai TTĐB tháng 9/2026, sử dụng Mẫu 01/TTĐB theo Thông tư 89.

Một số trường hợp đặc thù thực hiện khai TTĐB theo từng lần phát sinh, chẳng hạn hàng hóa xuất khẩu không xuất khẩu mà bán trong nước hoặc một số trường hợp chuyển mục đích sử dụng hàng hóa thuộc diện không chịu thuế TTĐB sang chịu thuế.

(7) Thuế tài nguyên và thuế bảo vệ môi trường

Thuế tài nguyên, trừ hoạt động dầu khí và bán dầu khí, là loại thuế khai theo tháng và quyết toán theo năm. Một số hoạt động khai thác tài nguyên không thường xuyên hoặc trường hợp tổ chức được giao bán tài nguyên bị bắt giữ, tịch thu được thực hiện khai theo từng lần phát sinh.

Thuế bảo vệ môi trường cũng khai theo tháng; hàng hóa nhập khẩu thực hiện theo quy định của pháp luật hải quan.

Do đó, nếu doanh nghiệp có hoạt động thuộc diện chịu các thuế này thì tháng 9/2026 nộp hồ sơ khai tháng.

(8) Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cần xác định đúng ngưỡng doanh thu

Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 1 tỷ đồng đến 50 tỷ đồng, hồ sơ khai GTGT, TNCN và các loại thuế khác thuộc trường hợp khai quý được thực hiện theo Mẫu 01/CNKD.

Riêng hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu trên 50 tỷ đồng thuộc trường hợp khai theo tháng; trường hợp doanh thu từ 1 tỷ đồng trở xuống thì không áp dụng cơ chế khai thuế quý này.

Lưu ý hộ kinh doanh đầu năm xác định doanh thu chưa vượt 1 tỷ đồng nhưng doanh thu lũy kế trong năm vượt 1 tỷ đồng thì phải chuyển sang thực hiện khai thuế từ quý phát sinh việc vượt ngưỡng theo quy định.

(9) Thuế nhà thầu nước ngoài có kỳ khai khác nhau tùy trường hợp

Theo Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC:

- Nhà thầu nước ngoài nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu và thuế TNDN theo tỷ lệ trên doanh thu: khai theo từng lần phát sinh thanh toán, trường hợp thanh toán nhiều lần trong tháng có thể đăng ký khai theo tháng;

- Hãng hàng không nước ngoài: khai theo quý;

- Hãng vận tải nước ngoài: tạm nộp theo quý, quyết toán năm;

- Tổ chức tái bảo hiểm nước ngoài: khai theo quý;

- Nhà thầu nước ngoài áp dụng phương pháp kê khai: GTGT thực hiện theo Điều 19 và TNDN theo Điều 21 Thông tư 89.

Do đó, doanh nghiệp Việt Nam cần xác định đúng phương pháp nộp thuế và loại nhà thầu trước khi xác định hồ sơ phải nộp trong Quý 3.

(10) Nếu phát hiện sai sót, sử dụng hồ sơ khai bổ sung theo quy định mới

Từ ngày 01/7/2026, hồ sơ khai bổ sung được thực hiện theo Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hồ sơ khai bổ sung gồm:

- Mẫu 01/KHBS là Tờ khai bổ sung;

- Mẫu 01-1/KHBS là Bản giải trình khai bổ sung;

- Hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót đã được bổ sung;

- Tài liệu liên quan nếu có.

Người nộp thuế về nguyên tắc thực hiện khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai, sót. Riêng trường hợp sai, sót về thuế GTGT đầu vào hoặc một số trường hợp liên quan đến quyết toán thì phải thực hiện theo quy định riêng.

Đặc biệt đối với quyết toán TNCN của tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công, nếu phát hiện sai sót thì việc khai bổ sung quyết toán còn phải thực hiện đồng thời với hồ sơ khai thuế của quý có sai sót tương ứng.

(11) Lưu ý về xử phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế

Người nộp thuế cần chú ý thời hạn vì quy định xử phạt hiện hành đã được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP.

Theo quy định hiện hành, hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá hạn có thể bị cảnh cáo hoặc phạt tiền tùy số ngày chậm nộp. Trường hợp chậm trên 90 ngày có phát sinh số thuế phải nộp sẽ áp dụng khung phạt riêng; đồng thời người nộp thuế còn phải nộp đủ tiền chậm nộp nếu việc chậm hồ sơ dẫn đến chậm nộp tiền thuế.

(12) Lưu ý mặt hàng xăng dầu tiếp tục không kê khai VAT nhưng được khấu trừ VAT đầu vào

Ngày 30/9/2026, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết 43/2026/NQ-CP về việc kéo dài thời hạn áp dụng thuế nhập khẩu ưu đãi, thuế bảo vệ môi trường, thuế giá trị gia tăng đối với mặt hàng xăng, dầu, nguyên liệu sản xuất xăng, dầu và nhiên liệu bay.

Kéo dài thời hạn áp dụng về thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng đối với xăng, dầu, nguyên liệu sản xuất xăng dầu và nhiên liệu bay.

Xem chi tiết: Xăng dầu tiếp tục không kê khai thuế VAT đến hết 31/12/2026?

Tổng hợp lưu ý khi kê khai thuế tháng 9 và Quý 3/2026 theo Thông tư 89, Nghị định 252? (Hình từ Internet)

Hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT?

Căn cứ tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT như sau:

- Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.

- Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.

- Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.

- Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.

- Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.

- Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.

- Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

- Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

Cơ quan quản lý thuế có những quyền hạn gì?

Căn cứ Điều 19 Luật Quản lý thuế 2019 quy định quyền hạn của cơ quan quản lý thuế như sau:

(1) Yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế, bao gồm cả thông tin về giá trị đầu tư; số hiệu, nội dung giao dịch của các tài khoản được mở tại ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác và giải thích việc tính thuế, khai thuế, nộp thuế.

(2) Yêu cầu tổ chức, cá nhân có liên quan cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế và phối hợp với cơ quan quản lý thuế để thực hiện pháp luật về thuế.

(3) Kiểm tra thuế, thanh tra thuế theo quy định của pháp luật.

(4) Ấn định thuế.

(5) Cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế.

(6) Xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế theo thẩm quyền; công khai trên phương tiện thông tin đại chúng các trường hợp vi phạm pháp luật về thuế.

(7) Áp dụng biện pháp ngăn chặn và bảo đảm việc xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế theo quy định của pháp luật.

(8) Ủy nhiệm cho cơ quan, tổ chức, cá nhân thu một số loại thuế theo quy định của Chính phủ.

(9) Cơ quan thuế áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế với người nộp thuế, với cơ quan thuế nước ngoài, vùng lãnh thổ mà Việt Nam đã ký hiệp định tránh đánh thuế hai lần và ngăn ngừa việc trốn lậu thuế đối với thuế thu nhập.

(10) Mua thông tin, tài liệu, dữ liệu của các đơn vị cung cấp trong nước và ngoài nước để phục vụ công tác quản lý thuế; chi trả chi phí ủy nhiệm thu thuế từ tiền thuế thu được hoặc từ nguồn kinh phí của cơ quan quản lý thuế theo quy định của Chính phủ.