Lưu ý khi thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu?

Lưu ý khi thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu?

Ngày 18/12/2025, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, sửa đổi, bổ sung nhiều quy định quan trọng về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý thuế đối với thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để đồng bộ với khung pháp lý mới và tăng mức độ số hóa trong nghiệp vụ.

Theo đó, trong quá trình thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC người nộp thuế cần lưu ý một số nội dung như sau:

(1) Tại khoản 2 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung Điều 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về nộp, xác nhận và sử dụng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ thuế.

(2) Tại khoản 2 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 6 Thông tư 38/2015/ TT-BTC yêu cầu tổ chức, cá nhân tham gia khai hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan phải đáp ứng các điều kiện như đăng ký tham gia kết nối bằng tài khoản VneID để được cấp tài khoản truy cập và các thông tin kết nối; trang bị đầy đủ về hạ tầng kỹ thuật trong hoạt động giao dịch điện tử đảm bảo cho việc khai báo, truyền nhận, lưu trữ thông tin khi truy cập và trao đổi thông tin với hệ thống; được kiểm tra, xác nhận theo yêu cầu nghiệp vụ.

Sau khi hoàn thành việc kiểm tra, Cục Hải quan công khai kết quả kiểm tra trên Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan.

(3) Tại khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: Sửa đổi, bổ sung Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 5 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC như sau:

Quy định chi tiết hồ sơ hải quan khi làm thủ tục hải quan, gồm có: hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; hàng hóa nhập khẩu; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng chịu thuế; hàng hóa miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; trường hợp giảm thuế; trường hợp không thu thuế; hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5%;

(4) Tại khoản 8 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: Sửa đổi, bổ sung Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC:

Quy định khai bổ sung hồ sơ hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, gồm có: các trường hợp khai bổ sung: trong thông quan hoặc sau khi hàng hóa đã được thông quan; thủ tục khai bổ sung (nêu rõ trách nhiệm của người khai hải quan, trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện).

Lưu ý:

Người khai hải quan, người nộp thuế nếu xác định có sai sót trong việc khai hải quan thì được khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan.

Quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan hoặc sau khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, người khai hải quan, người nộp thuế mới phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật (nếu có).

(5) Tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: Sửa đổi, bổ sung Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC:

Quy định về việc hủy tờ khai hải quan, gồm các trường hợp hủy tờ khai, thủ tục hủy tờ khai hải quan (nêu rõ trách nhiệm của người khai hải quan, trách nhiệm của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai trong việc thực hiện).

(6) Tại khoản 12 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung Điều 25 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 14 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC về kiểm tra trị giá hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan:

- Quy định chi tiết về đối tượng kiểm tra, nội dung kiểm tra; trình tự xử lý kết quả kiểm tra đối với trường hợp: có đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo; nghi vấn về trị giá khai báo.

- Quy định chi tiết: thẩm quyền và hình thức tham vấn; thời gian tiến hành, trình tự tham vấn, xử lý kết quả tham vấn của cơ quan hải quan đối với người khai hải quan; hồ sơ tham vấn, xác định trị giá hải quan;

Đồng thời đưa ra cơ chế tham vấn một lần, sử dụng kết quả tham vấn nhiều lần: Cơ quan hải quan có thể chấp nhận đề nghị sử dụng kết quả tham vấn một lần, dùng nhiều lần (tùy mức tuân thủ), đây là một bước cải tiến lớn cho doanh nghiệp có dòng hàng lặp lại.

- Phạm vi áp dụng: kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần chỉ được áp dụng tại một Chi cục Hải quan khu vực nơi người khai hải quan đăng ký tờ khai.

- Thời hạn áp dụng: có hiệu lực trong thời hạn 06 tháng kể từ ngày ban hành Thông báo trị giá hải quan.

(7) Tại khoản 18 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 35 Thông tư 38/2015/TT-BTC như sau:

Tỷ giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP ngày 30/06/2025 của Chính phủ. Đối với các ngoại tệ chưa được công bố tỷ giá tính chéo thì trên cơ sở đề nghị của Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xác định và công bố tỷ giá. Thuế xuất khẩu đối với dầu thô xuất khẩu bằng đô la Mỹ.

(8) Tại khoản 58 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 105 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định về hồ sơ miễn thuế:

Thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư 06/2021/TT-BTC ngày 22/01/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế 2019 về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

(9) Tại khoản 60 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa đổi, bổ sung Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 65 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn:

Đối với tiền thuế GTGT được hoàn theo quy định tại khoản 1 Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh với cơ quan thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế GTGT đã khấu trừ trước khi đề nghị cơ quan hải quan hoàn theo quy định. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan thuế.

(10) Tại Điều 3 Thông tư 121/2025/TT-BTC về điều khoản thi hành: Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực kể từ ngày 01/02/2026. Trong quá trình thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC, nếu các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư 121/2025/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế.

Xem thêm:

>> Tải file Phụ lục Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất nhập khẩu?

>> Tải trọn bộ Tài liệu Hội nghị đối thoại giữa Bộ Tài chính với người nộp thuế 2025 về chính sách thuế, hải quan?

Lưu ý khi thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu? (Hình từ Internet)

Người khai hải quan bao gồm những ai?

Căn cứ Điều 5 Nghị định 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi bởi điểm a, điểm b khoản 2 Điều 1 Nghị định 167/2025/NĐ-CP quy định như sau:

Người khai hải quan

Người khai hải quan gồm:

1. Chủ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp chủ hàng hóa là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam thì phải thực hiện thủ tục hải quan thông qua đại lý làm thủ tục hải quan.

2. Chủ phương tiện, người điều khiển phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh hoặc người được chủ phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh ủy quyền.

3. Người được chủ hàng hóa ủy quyền đối với các loại hàng hóa sau đây:

a) Quà biếu, quà tặng của cá nhân;

b) Tài sản di chuyển của cá nhân;

c) Hàng hóa của cá nhân được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ;

d) Hành lý gửi trước, gửi sau chuyến đi của người xuất cảnh, nhập cảnh;

đ) Hàng hóa tạm nhập tái xuất để thay thế, sửa chữa tàu biển, tàu bay nước ngoài;

e) Hàng hóa nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư miễn thuế.

4. Người thực hiện dịch vụ quá cảnh hàng hóa, trung chuyển hàng hóa.

5. Đại lý làm thủ tục hải quan.

6. Doanh nghiệp cung ứng dịch vụ bưu chính quốc tế, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế trừ trường hợp chủ hàng có yêu cầu khác.

Như vậy, người khai hải quan bao gồm:

(1) Chủ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp chủ hàng hóa là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam thì phải thực hiện thủ tục hải quan thông qua đại lý làm thủ tục hải quan.

(2) Chủ phương tiện, người điều khiển phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh hoặc người được chủ phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh ủy quyền.

(3) Người được chủ hàng hóa ủy quyền đối với các loại hàng hóa sau đây:

- Quà biếu, quà tặng của cá nhân;

- Tài sản di chuyển của cá nhân;

- Hàng hóa của cá nhân được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ;

- Hành lý gửi trước, gửi sau chuyến đi của người xuất cảnh, nhập cảnh;

- Hàng hóa tạm nhập tái xuất để thay thế, sửa chữa tàu biển, tàu bay nước ngoài;

- Hàng hóa nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư miễn thuế

(4) Người thực hiện dịch vụ quá cảnh hàng hóa, trung chuyển hàng hóa

(5) Đại lý làm thủ tục hải quan.

(6) Doanh nghiệp cung ứng dịch vụ bưu chính quốc tế, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế trừ trường hợp chủ hàng có yêu cầu khác.

Thời hạn nộp hồ sơ hải quan được quy định thế nào?

Căn cứ Điều 25 Luật Hải quan 2014 quy định về thời hạn nộp hồ sơ hải quan như sau:

(1) Thời hạn nộp tờ khai hải quan được quy định như sau:

- Đối với hàng hóa xuất khẩu, nộp sau khi đã tập kết hàng hóa tại địa điểm người khai hải quan thông báo và chậm nhất là 04 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh; đối với hàng hóa xuất khẩu gửi bằng dịch vụ chuyển phát nhanh thì chậm nhất là 02 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh;

- Đối với hàng hóa nhập khẩu, nộp trước ngày hàng hóa đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hàng hóa đến cửa khẩu;

- Thời hạn nộp tờ khai hải quan đối với phương tiện vận tải thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 69 Luật Hải quan 2014.

(2) Tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký.

(3) Thời hạn nộp chứng từ có liên quan thuộc hồ sơ hải quan được quy định như sau:

- Trường hợp khai hải quan điện tử, khi cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa, người khai hải quan nộp các chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan, trừ những chứng từ đã có trong hệ thống thông tin một cửa quốc gia;

- Trường hợp khai tờ khai hải quan giấy, người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình chứng từ có liên quan khi đăng ký tờ khai hải quan.