Hiện nay các trường cao đẳng trực thuộc doanh nghiệp Nhà nước rất lúng túng trong việc vận dụng cơ chế hoạt động, cơ quan chủ quản xem trường như một doanh nghiệp, trong khi trường lại hoạt động theo Luật Giáo dục nghề nghiệp.
Đối với chế độ tiền lương đơn vị chủ quản áp dụng trả lương theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP, còn trường lại trả lương theo Nghị định số 205/2004/NĐ-CP. Ông Phan Thái Bình (tỉnh Quảng Nam) đề nghị cơ quan có thẩm quyền làm rõ vấn đề nêu trên để các trường thuộc doanh nghiệp Nhà nước có cơ chế hoạt động rõ ràng.