Theo điểm b khoản 4 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC sửa đổi, bổ sung bởi Điều 4 Thông tư 25/2018/TT-BTC có quy định:
Điều 2. Các khoản thu nhập chịu thuế
Theo quy định tại Điều 3 Luật Thuế thu nhập cá nhân và Điều 3 Nghị định số 65/2013/NĐ-CP, các khoản thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân bao gồm:
...
4. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn
Thu nhập từ chuyển nhượng vốn là khoản thu nhập cá nhân nhận được bao gồm:
...
b. Thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán, bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu, quyền mua cổ phiếu, trái phiếu, tín phiếu, chứng chỉ quỹ và các loại chứng khoán khác theo quy định tại khoản 1 Điều 6 của Luật chứng khoán. Thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu của các cá nhân trong công ty cổ phần theo quy định tại khoản 2 Điều 6 của Luật chứng khoán và Điều 120 của Luật doanh nghiệp.
Đồng thời, tại điểm b khoản 2 Điều 11 Thông tư 111/2013/TT-BTC sửa đổi, bổ sung bởi Điều 16 Thông tư 92/2015/TT-BTC có quy định cá nhân chuyển nhượng chứng khoán nộp thuế theo thuế suất 0,1% trên giá chuyển nhượng chứng khoán từng lần.
Như vậy, thu nhập từ chuyển nhượng vốn, bao gồm cả chuyển nhượng chứng khoán (cổ phiếu) là thu nhập chịu thuế TNCN. Việc tính thuế sẽ dựa trên giá chuyển nhượng từng lần, không phải chênh lệch giá bán so với giá mua. Do đó, chuyển nhượng cổ phần bằng mệnh giá vẫn phát sinh trách nhiệm kê khai và nộp thuế TNCN.
Theo khoản 4, 5 Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC có quy định về khai thuế đối với thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng chứng khoán như sau:
- Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán của Công ty đại chúng giao dịch tại Sở giao dịch chứng khoán không phải khai trực tiếp với cơ quan thuế mà Công ty chứng khoán, Ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký, Công ty quản lý quỹ nơi cá nhân ủy thác quản lý danh mục đầu tư khai thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC.
- Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán không thông qua hệ thống giao dịch trên Sở giao dịch chứng khoán:
+ Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán của công ty đại chúng đã đăng ký chứng khoán tập trung tại Trung tâm lưu ký chứng khoán không phải khai trực tiếp với cơ quan thuế mà Công ty chứng khoán, Ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký chứng khoán khấu trừ thuế và khai thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC.
+ Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán của công ty cổ phần chưa là công ty đại chúng nhưng tổ chức phát hành chứng khoán ủy quyền cho công ty chứng khoán quản lý danh sách cổ đông không phải khai trực tiếp với cơ quan thuế mà Công ty chứng khoán được ủy quyền quản lý danh sách cổ đông khấu trừ thuế và khai thuế theo hướng dẫn tại khoản 1, Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC.
- Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán không thuộc trường hợp nêu tại điểm a, b, khoản 5, Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC thì khai thuế theo từng lần phát sinh.
- Doanh nghiệp thực hiện thủ tục thay đổi danh sách cổ đông trong trường hợp chuyển nhượng chứng khoán mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng chứng khoán đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng chứng khoán có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thay cho cá nhân.
Trường hợp doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng chứng khoán khai thuế thay cho cá nhân thì doanh nghiệp thực hiện khai thay hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân. Doanh nghiệp khai thay ghi thêm “Khai thay” vào phần trước cụm từ “Người nộp thuế hoặc Đại diện hợp pháp của người nộp thuế” đồng thời người khai ký, ghi rõ họ tên và đóng dấu của doanh nghiệp. Trên hồ sơ tính thuế, chứng từ thu thuế vẫn phải thể hiện đúng người nộp thuế là cá nhân chuyển nhượng chứng khoán.
- Cuối năm nếu cá nhân chuyển nhượng chứng khoán có yêu cầu quyết toán thuế thì thực hiện khai quyết toán thuế trực tiếp với cơ quan thuế.