Goat-87bp-F gồm các cặp base 33 829 251-33 829 275, Goat-87bp-R gồm các
cặp base 33 829 317-33 829 337 và Goat-87bp-P gồm các cặp base 33 829 284-33
829 312 của trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê, có mã số truy cập trong Ngân
hàng gen là NC_030816.1. Có thể sử dụng thuốc nhuộm reporter và/hoặc thuốc nhuộm
quencher tương tự nếu cho các kết quả tương đương hoặc tốt hơn.
6 Thiết bị, dụng cụ
Các yêu cầu liên quan đến thiết bị, dụng cụ và vật liệu phải tuân theo
TCVN 13841 (ISO 20813). Ngoài các thiết bị thông thường của phòng thử nghiệm, cần
có các thiết bị sau.
6.1 Máy chu trình nhiệt real-time
Thiết bị khuếch đại ADN in vitro và thực hiện các chu trình nhiệt
độ-thời gian cần thiết cho PCR. Ngoài ra, thiết bị phải có khả năng kích thích
các phân tử huỳnh quang ở các bước sóng quy định và phát hiện đủ ánh sáng huỳnh
quang phát xạ của chất đánh dấu huỳnh quang được dùng để thực
hiện các phân tích định dạng TaqMan.
7 Cách tiến hành
7.1 Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử
Mẫu thử được sử dụng để chiết ADN phải đại diện cho mẫu phòng thử
nghiệm và đồng nhất, ví dụ bằng cách nghiền hoặc đồng hóa mẫu phòng thử nghiệm
thành hỗn hợp mịn. Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử cần tuân theo các yêu cầu chung và
phương pháp cụ thể được nêu trong TCVN 7606 (ISO 21571) và TCVN 13841 (ISO
20813).
7.2 Chuẩn bị chất chiết ADN
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3 Thiết lập PCR
7.3.1 Hỗn hợp phản ứng
Phương pháp này sử dụng tổng thể tích hỗn hợp phản ứng là 25 μL cho
mỗi phản ứng PCR. Thiết lập thành phần phản ứng như trong Bảng 2. Thuốc thử phải
được rã đông hoàn toàn ở nhiệt độ phòng. Mỗi loại thuốc thử phải được trộn cẩn thận
và ly tâm trong thời gian ngắn ngay trước khi lấy bằng pipet. Hỗn hợp thuốc thử
PCR được chuẩn bị có chứa tất cả các thành phần trừ ADN mẫu thử. Tổng lượng hỗn
hợp thuốc thử PCR cần được chuẩn bị phụ thuộc vào số phản ứng cần thực hiện,
bao gồm ít nhất một lượng được lấy bằng pipet để dự phòng cho phản ứng bổ sung,
số lượng mẫu thử và các kiểm chứng lặp lại theo TCVN 13841 (ISO 20813). Thiết lập
các phép thử PCR như sau:
a) trộn hỗn hợp thuốc thử PCR, ly tâm trong thời gian ngắn và dùng
pipet lấy 20 μL cho vào mỗi lọ phản ứng;
b) thêm 5 μL từng ADN mẫu thử (từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL) hoặc kiểm chứng
dương ADN đích hoặc kiểm chứng chiết mẫu trắng hoặc nước vào các lọ phản ứng
tương ứng;
c) trộn và ly tâm trong thời gian ngắn.
Bảng 2 - Thành phần phản ứng khuếch đại
Tổng thể tích phản ứng
25 μL
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
5 μL
2 × PCR master mixa
12,5 μL
Mồi Goat-87bp-F, c = 10 μmol/L và Goat-87bp-R, c = 10 μmol/L
1,0 μL cho từng mồi
Đoạn dò Goat-87bp-P, c = 10 μmol/L
0,5 μL
Nước
Đến 25 μL
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3.2 Các kiểm chứng PCR
7.3.2.1 Yêu cầu chung
Các kiểm chứng PCR được nêu trong TCVN 7608 (ISO 24276) và TCVN 13841
(ISO 20813).
7.3.2.2 Kiểm chứng chất ức chế (phân tích gen tham chiếu)
Phải thực hiện phép phân tích PCR gen kiểm chứng tham chiếu (ví dụ: gen
18S rARN đối với sinh vật nhân thực, gen myostatin đối với động vật có vú và
gia cầm) sử dụng các ADN mẫu thử để kiểm tra khả năng khuếch đại axit nucleic
và đưa ra kiểm chứng để loại các kết quả âm tính giả.
7.3.3 Cài đặt máy chu trình nhiệt real-time PCR
Chuyển các lọ phản ứng đã chuẩn bị vào máy chu trình nhiệt. Các lọ phải
được sắp xếp để tránh mọi thay đổi nhiệt độ có thể xảy ra ở thành lọ liên quan
đến máy chu trình nhiệt real-time cụ thể. Bật chương trình nhiệt độ-thời gian.
7.4 Chương trình nhiệt-độ thời gian
Chương trình nhiệt độ-thời gian nêu trong Bảng 3 đã
được sử dụng trong nghiên cứu xác nhận giá trị sử dụng. Việc sử dụng các điều
kiện phản ứng và chu trình real-time PCR khác nhau cần được kiểm tra xác nhận.
Thời gian biến tính ban đầu phụ thuộc vào master mix được sử dụng.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Bước
Thông số
Nhiệt độ
Thời gian
Đo huỳnh quang
Số chu trình
1
Biến tính ban đầu
95 °C
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Không
1
2
Khuếch đại
Biến tính
95 °C
15 s
Không
45
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
60 °C
60s
Có
8 Tiêu chí chấp nhận/từ chối
8.1 Yêu cầu chung
Cần sử dụng chương trình phân tích dữ liệu cụ thể đối với thiết bị
real-time PCR tương ứng để xác định các sản phẩm PCR. Các kết quả khuếch đại có
thể được biểu thị khác nhau, tùy thuộc vào thiết bị được sử dụng. Trong trường
hợp không có sản phẩm PCR có thể phát hiện được (ví dụ: các kiểm chứng âm), kết
quả phải được biểu thị là “không xác định”, “không khuếch đại” hoặc số chu kỳ
phản ứng tối đa được thực hiện. Nếu xảy ra sự khuếch đại của trình tự
đích ADN trong một mẫu thử (ví dụ: các kiểm chứng dương) thì
có thể quan sát thấy đường cong khuếch đại hình chữ S (sigmoid-shaped).
Số chu kỳ được tính tại điểm giao nhau của đường cong khuếch đại và ngưỡng
huỳnh quang [chu kỳ ngưỡng (Ct) hoặc chu kỳ định lượng (Cq)].
Nếu dữ liệu đo huỳnh quang không điển hình thì việc diễn giải tự động
không cho kết quả có nghĩa, có thể cần thiết lập thủ công đường nền và ngưỡng
trước khi diễn giải dữ liệu. Trong trường hợp này, áp dụng các hướng dẫn cho
thiết bị cụ thể được cung cấp cùng với phần mềm diễn giải.
8.2 Xác định
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
- các mồi đặc hiệu của dê Goat-87bp-F, Goat-87bp-R và đoạn dò
Goat-87bp-P tạo thành đường cong khuếch đại hình chữ S và có thể tính được giá
trị Ct hoặc giá trị Cq;
- các phản ứng kiểm chứng PCR không bổ sung ADN (kiểm chứng thuốc thử
PCR, kiểm chứng chiết mẫu trắng) không tạo ra sự khuếch đại;
- các kiểm chứng khuếch đại (kiểm chứng dương ADN đích, kiểm chứng chất
ức chế PCR) tạo ra sự khuếch đại và giá trị Ct
(hoặc giá trị Cq) dự kiến.
Các phát hiện vết được xác định bằng PCR có giá trị Ct
trễ hơn giá trị Ct xác định được tại LOD95 % đích.
Trong trường hợp phát hiện vết hoặc thu được các kết quả dương tính/âm tính
trái ngược nhau từ các chất chiết khác nhau của cùng một mẫu thử, mẫu đó phải
được thử lại. Cần chuẩn bị ít nhất hai chất chiết mới từ mẫu phòng thử nghiệm
đã được đồng nhất. Tiến hành phân tích PCR ít nhất 20 lần lặp lại trên các chất
chiết mới (ví dụ: phân tích PCR mười lần lặp lại đối với hai ADN chiết được,
phân tích PCR bảy lần lặp lại đối với ba ADN chiết được). Trình tự đích được
xem là “phát hiện được” nếu ≥ 95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho thấy
phát hiện dương tính. Trình tự đích được xem là “không phát hiện được” nếu <
95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho thấy phát hiện dương tính.
9 Tình trạng xác nhận giá trị sử dụng và tiêu chí hiệu
năng
9.1 Yêu cầu chung
Xác nhận giá trị sử dụng theo một quy trình gồm hai phần:
a) xác nhận giá trị sử dụng nội bộ;
b) xác nhận giá trị sử dụng bằng thử nghiệm cộng tác.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Độ vững (robustness) của phương pháp đã được khẳng định trong thử nghiệm
cộng tác bằng cách thay đổi các điều kiện phản ứng đối với
các yếu tố sau:
a) thiết bị real-time PCR (ví dụ: ABI 7500, BioRad CFX96, ABI 7900 HT Fast,
Eppendorf Realplex 41));
b) thể tích phản ứng: 19 μL hoặc 21 μL hỗn hợp thuốc thử PCR cộng với 5 μL
ADN mẫu thử (nồng độ từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL);
c) nhiệt độ gắn mồi: 59 °C và 61 °C;
d) nồng độ mồi hoặc đoạn dò: đều giảm 30 %.
Đối với mỗi yếu tố được thử nghiệm, các phản ứng PCR được phân
tích ba lần, mỗi lần 20 bản sao của trình tự đích và 100 bản sao của trình tự
không phải đích là các kiểm chứng âm. Hiệu năng của phương pháp vẫn đạt yêu cầu
đối với cả các mẫu thử và các kiểm chứng âm trong các điều kiện thay đổi đối với
từng yếu tố thay đổi.
9.3 Độ tái lập
Độ tái lập của phương pháp được kiểm tra xác nhận trong thử nghiệm cộng
tác có 12 phòng thử nghiệm tham gia, do Trung tâm Kỹ thuật Kiểm dịch Động vật,
Thực vật và Thực phẩm, Hải quan Thượng Hải[2]
tổ chức, phù hợp với nguyên tắc lUPAC[3] và các hướng dẫn BVL[4].
Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được 12 mẫu ADN để đánh giá tỷ lệ dương tính
giả và âm tính giả. Tất cả các mẫu được dán nhãn với số mã hóa ngẫu nhiên và
bao gồm sáu mẫu lặp lại. 12 mẫu ADN là:
- sáu lọ dung dịch ADN của dê, 10 bản sao/μL;
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Sử dụng phương pháp real-time PCR nêu trong tiêu chuẩn này và dãy các dịch
pha loãng plasmid ADN có chứa trình tự đích để xác định số bản sao. Nồng độ của
plasmid-ADN (bản sao/μL) được đo bằng máy PCR kỹ thuật số.
Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được PCR master mix và các oligonucleotid
(các mồi và đoạn dò) từ đơn vị tổ chức thử nghiệm cộng tác để tiến hành các thử
nghiệm PCR.
ADN bộ gen của dê và bò được chiết lần lượt từ thịt dê và thịt bò, sau
đó được chỉnh bằng đệm 0,2 × TE đến nồng độ danh nghĩa tương ứng là 10 bản sao/μL
đối với ADN của dê và 20 bản sao/μL đối với ADN của bò.
Thử nghiệm cộng tác được thiết kế để xác định tỷ lệ dương tính giả và
âm tính giả. Mỗi mẫu ADN được thử bởi các phòng thử nghiệm tham gia trong một
thử nghiệm PCR duy nhất với 5 μL dung dịch ADN tương ứng, sử dụng quy trình và
các điều kiện nêu trong Bảng 2 và Bảng 3. Kết quả của thử nghiệm cộng tác được
liệt kê trong Bảng 4.
Bảng 4 - Kết quả phép thử cộng tác
Số phòng thử nghiệm tham gia
12
Số phòng thử nghiệm đưa ra kết quả
12
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
12
Số kết quả được chấp nhận
144
Số mẫu thử được chấp nhận có chứa nguyên liệu từ dê
72
Số mẫu thử được chấp nhận không chứa nguyên liệu từ dê
72
Kết quả dương tính giả
0
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
0
Kết quả âm tính giả
0
Kết quả âm tính giả (tính bằng %)
0
9.4 Độ nhạy
Giới hạn phát hiện tuyệt đối (LOD95 %) đối với phương pháp
này là năm bản sao ADN. Thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện ADN của dê được
thực hiện đồng thời với các thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện ADN của
ngựa và lừa. Trình tự ADN đích của dê, ngựa và lừa được tổng hợp và
tạo dòng trong vectơ pUC57 [chiều dài 2 710 bp, mã số truy cập trong Ngân hàng
gen/Cơ sở dữ liệu của châu Âu về trình tự nucleotid (EMBL) là Y14837], Plasmid
PUC57-ghd đã tạo thành này (chiều dài 3 127 bp) được giải trình tự để đảm bảo rằng
chỉ một bản sao của trình tự ADN đích của dê, ngựa và lừa được chèn vào (xem
Hình 1). Không thấy có đột biến bị xóa hoặc chèn trong các trình tự được chèn
(xem Hình 2). Trình tự đích của các phương pháp PCR tương ứng được đưa ra.
Chú dẫn:
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
2 nt 88~182 = amplicon lừa (95 bp)
3 nt 183~307 = amplicon ngựa (125 bp)
4 Promotor ngược M13
5 Vị trí khởi đầu sao chép ColE1
6 Gen β-lactamase (gen kháng ampicillin)
7 Gen promotor kháng ampicillin
8 Promoter xuôi M13
Hình 1 - Sơ
đồ plasmid ADN đa đích
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đường một gạch liền đậm
nt 1~87 = amplicon dê (87 bp)
Đường hai gạch liền
nt 88~182 = amplicon lừa (95 bp)
Đường gạch ngang
nt 183~307 = amplicon ngựa (125 bp)
Hình 2 - Trình tự hoàn chỉnh
của các nucleotide (nt) và chú giải của đoạn chèn trong
plasmid pUC57
Mỗi phòng thử nghiệm tham gia vào thử nghiệm cộng tác nhận được một
dung dịch chứa ADN plasmid pUC57 được chỉnh đến 1 000 bản sao/μL của trình tự
đích (xem Hình 1 và Hình 2) trong ADN tinh trùng cá hồi nồng độ 20 ng/μL được
phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Nồng độ được đo trước khi phân phối bằng thiết
bị PCR kỹ thuật số (Hệ thống PCR Digital Droplet QX1002)). Dãy
các dung dịch pha loãng thu được từ 12 phòng thử nghiệm nằm trong dải từ 0,02 bản
sao/μL đến 4 bản sao/μL sử dụng đệm 0,2 × TE có chứa ADN tinh trùng cá hồi nồng
độ 20 ng/μL được phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Mỗi phòng thử nghiệm
tham gia đo sáu lần lặp lại cho mỗi mức
nồng độ. Kết quả dương tính đạt được đối với 5 bản sao trên mỗi PCR bằng 78
trong số 78 lần thử nghiệm (xem Bảng 5).
Xác suất phát hiện (POD) mô tả xác suất mà quá trình khuếch đại PCR sẽ
diễn ra tại một số bản sao đã cho của trình tự đích. Dữ liệu định tính thu được
từ tất cả các phòng thử nghiệm và các mức pha loãng (xem Bảng 5) sử dụng để xác
định POD = 0,95 của phương pháp phát hiện (xem Bảng 6) được nêu trong
Tài liệu tham khảo [3], Độ lệch chuẩn xác định được là 0,30 và LOD95%
là 3,2 bản sao; cả hai thông số đều thấp hơn mức tối đa yêu cầu lần lượt là 1 bản
sao và 20 bản sao[4].
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Số bản sao trình tự ADN đặc hiệu trong nhiễm
sắc thể 9 của dê trên mỗi phản ứng PCR (danh nghĩa)
Số kết quả dương tính (Ct < 45) trong 72 kết
quả
20
72
10
72
5
72
2
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
1
51
0,5
33
0,1
8
Bảng 6 - Kết quả thử nghiệm cộng tác đối với
xác suất phát hiện (POD)
Thông số
Trình tự ADN đặc hiệu trong nhiễm sắc thể 9
của dê
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
12
Số lần lặp lại phân tích PCR trên mỗi mức pha loãng
6
Đường cong POD
Xác suất phát hiện trung bình giữa các phòng thử nghiệm (LPOD)
0,82
Độ dốc b so với đường cong POD lý tưởng (b = 1)
1,16
Độ lệch chuẩn phòng thử nghiệm, σL
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
LOD95% (tính bằng các bản sao)
Trung vị của phòng thử nghiệm theo lý thuyết
3,2
9.5 Độ đặc hiệu
Trình tự đại diện từ trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê (mã số truy cập
của trình tự trong Ngân hàng gen là NC_030816.1) được chọn làm đích PCR[1].
Mồi và đoạn dò được thiết kế và tối ưu hóa bằng cách sử dụng phần mềm tối ưu
hóa và lựa chọn đoạn dò-mồi.
Độ đặc hiệu loại trừ lý thuyết của mồi và đoạn dò gen trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của
dê được phân tích để xác định tính tương đồng với các loài khác sử
dụng chương trình BLASTN[5]. Sử dụng trình tự 87-bp làm trình tự truy vấn là một
phần của trình tự có mã số truy cập trong NCBI là NC_030816.1 (vị trí các
nucleotid: 33829251-33829337). Các kết quả nghiên cứu về sự tương đồng được nêu
trong Phụ lục A. Không có sự tương đồng với các gen và các loài khác.
Các phép phân tích quy định trong Bảng 7 được thiết lập với ADN
từ các loài khác nhau (khoảng 200 ng/PCR). Dữ liệu dự kiến lý thuyết được thiết
lập bằng các trình tự truy vấn trong cơ sở dữ liệu NCBI công khai[5].
Độ đặc hiệu mục tiêu được thử nghiệm với 10 giống dê Capra hircus
bao gồm dê Boer (nguồn gốc Nam Phi, lấy thịt), dê Angora (Thổ Nhĩ Kỳ, lấy len),
dê Saanen (Thụy Sĩ, lấy sữa), dê Toggenburg (Thụy Sĩ, lấy sữa),
dê Nubia (Ai Cập, lấy thịt), dê Laoshan (Trung Quốc, lấy sữa), dê vàng châu Á
(Trung Quốc, lấy thịt), dê Yimeng (Trung Quốc, lấy thịt), dê Liêu Ninh (Trung
Quốc, lấy thịt) và dê Vân Nam (Trung Quốc, lấy thịt). Với khoảng 100 bản sao của
ADN đích, tất cả các mẫu giống dê đều được phát hiện với các tín hiệu dương
tính và đường cong khuếch đại dự kiến. Độ chọn lọc mục tiêu của trình tự đích
87 base cũng được đánh giá bằng chương trình BLASTN dựa trên dữ liệu toàn bộ
gen động vật của Ngân hàng gen. Các kết quả cho thấy trình tự đích 87 base là
duy nhất đối với dê được nêu trong Phụ lục A.
Bảng 7 - Độ đặc hiệu của phương pháp phát hiện
trình tự ADN nhiễm sắc thể 9 của dê
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Dự kiến về mặt lý thuyết
Khẳng định bằng thử nghiệm
Động vật
Bò bison (Bison bison)
N
N
Lạc đà hai bướu (Camelus bactrianus)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Mèo (Felis catus)
N
N
Bò nhà (Bos taurus)
N
N
Gà rừng lông đỏ (Gallus gallus)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Chó nhà (Canis familiaris)
N
N
Lừa (Equus asinus)
N
N
Vịt cổ xanh (Anas platyrhynchos)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Nai sừng xám (Cervus canadensis)
N
N
Dê (Capra hircus)
Pos
Pos
Cá vàng (Carassius auratus)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Ngựa (Equus caballus)
N
N
Bò Zebu (Bos indicus)
N
N
Chuột nhắt (Mus musculus)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Đà điểu châu Phi (Struthio
camelus)
N
N
Chim trĩ đỏ (Phasianus colchicus)
N
N
Lợn nhà (Sus scrota domesticus)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Bồ câu núi (Columba livia)
N
N
Chim cút thường (Coturnix coturnix)
N
N
Thỏ châu Âu (Oryctolagus cuniculus)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Khỉ vàng (Macaca mulatta)
N
N
Cừu (Ovis aries)
N
N
Cá hồi vân (Onchorhynchus mykiss)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Gà tây (Meleagris gallopavo)
N
N
Trâu (Bubalus bubalis)
N
N
Bò hoang Tây Tạng (Bos mutus)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Người
Người (Homo sapiens)
N
N
Thực vật
Cỏ linh lăng (Medicago sativa)
N
N
Ngô (Zea mays)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Cải dầu (Brassica rapa)
N
N
Lúa (Oryza sativa)
N
N
Cao lương (Sorghum bicolor)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đậu tương (Glycine max)
N
N
Lúa mì (Triticum aestivum)
N
N
Chú dẫn
Pos: dương tính; N: âm tính
10 Báo cáo thử nghiệm
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Phụ lục A
(Tham khảo)
Kết quả
BlastN 2.9.0 đối với trình tự truy vấn của bộ gen tham chiếu trong Ngân hàng
gen (441 cơ sở dữ liệu)
A.1 Trình tự truy vấn
A.1.1 ID trình tự truy vấn: NC_030816.1 (bp 33829251-3382337).
A.1.2 Mô tả: Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus),
ASM170441v1, trình tự ngẫu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen.
A.1.3 Loại phân tử: axit nucleic.
A.1.4 Chiều dài trình tự truy vấn: 87.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Xem Hình A.1.
Chú dẫn:
1 Trình tự truy vấn
Hình A.1 - Chú dẫn đối
với các điểm bắt cặp
A.3 Mô tả
Bảng A.1 - Mô tả
Mô tả
Điểm tối đa
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Tỷ lệ bao phủ
%
Giá trị E
Độ tương đồng
%
Mã số truy cập
Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus)
ASM170441v1, trình tự ngẫu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen
161
161
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
6e-36
100
NC_030816.1
A.4 Bắt cặp
Nhiễm sắc thể 9 của giống dê San Clemente loài dê (Capra hircus),
ASM170441v1, trình tự ngẫu nhiên (shotgun) của toàn bộ bộ gen, ID trình
tự: NC_030816.1
Chiều dài: 91568626
Số điểm khớp: 1
Dải 1: từ 33829251 đến 33829337
Điểm
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Độ tương đồng
Khoảng trống
Mạch
161 bit (57)
6e-36()
87/87(100 %)
0/87(0 %)
Dương/Dương
Trình
tự truy vấn
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Trình
tự tham chiếu
Trình
tự truy vấn
Trình
tự tham chiếu
Thư mục tài liệu tham khảo
[1] LOWE T. M,. EDDY S.R. tRNAscan-SE: a program for improved detection
of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res. 1997, 25(5),
pp. 955-964
[2] HORWITZ W. Protocol for the design, conduct and interpretation of
method performance studies. Pure and Appl. Chem. 1995, 67, pp.
331-343
[3] Guidelines for the validation of qualitative real-time PCR
methods by means of a collaborative study. Federal Office of Consumer
Protection and Food Safety. Bundesamt fur Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit
(BVL)
[4] UHLIG S., FROST K., COLSON B., SIMON K., MADE
D., REITING R., GOWIK P., GROHMANN L. Validation of qualitative PCR
methods on the basis of mathematical-statistical modelling of the probability
of detection. Accred Qual Assur. 2015, 20, pp. 75-83
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
1) Đây là các ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin này đưa
ra tạo thuận lợi cho người sử dụng tiêu chuẩn và không ấn
định phải sử dụng sản phẩm này.
2) Đây là ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin này đưa ra tạo
thuận lợi cho người sử dụng tiêu chuẩn
và không ấn định phải sử dụng sản phẩm này. Các sản phẩm tương tự có thể được sử
dụng nếu cho kết quả tương đương.