Chicken-77bp-F gồm các cặp base 313-328, Chicken-77bp-R gồm các cặp
base 368-389 và Chicken-77bp-P gồm các cặp base 342-364 của gen TGF-β3 của gà,
có mã số truy cập trong Ngân hàng gen là AY685072.1. Có thể sử dụng thuốc nhuộm
reporter và/hoặc thuốc nhuộm quencher tương tự nếu cho các kết quả tương đương
hoặc tốt hơn.
6 Thiết bị, dụng cụ
Các yêu cầu liên quan đến thiết bị, dụng cụ và vật liệu phải tuân theo
TCVN 13841 (ISO 20813). Ngoài các thiết bị thông thường của phòng thử nghiệm, cần
có các thiết bị sau.
6.1 Máy chu trình nhiệt real-time
Thiết bị khuếch đại ADN in vitro và thực hiện các chu trình nhiệt độ-thời
gian cần thiết cho PCR. Ngoài ra, thiết bị phải có khả năng kích thích các phân
tử huỳnh quang ở các bước sóng quy định và phát hiện đủ ánh sáng huỳnh quang
phát xạ của chất đánh dấu huỳnh quang được dùng để thực hiện các phân tích định dạng
TaqMan.
7 Cách tiến hành
7.1 Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử
Mẫu thử được sử dụng để chiết ADN phải đại diện cho mẫu phòng thử nghiệm và
đồng nhất, ví dụ bằng cách nghiền hoặc đồng hóa mẫu phòng thử nghiệm thành hỗn
hợp mịn. Chuẩn bị phần mẫu thử/mẫu thử cần tuân theo các yêu cầu chung và
phương pháp cụ thể được nêu trong TCVN 7606 (ISO 21571) và TCVN 13841 (ISO
20813).
7.2 Chuẩn bị chất chiết ADN
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3 Thiết lập PCR
7.3.1 Hỗn hợp phản ứng
Phương pháp này sử dụng tổng thể tích hỗn hợp phản ứng là 25 μL cho
mỗi phản ứng PCR. Thiết lập thành phần phản ứng như trong Bảng
2. Thuốc thử phải được rã đông hoàn toàn ở nhiệt độ phòng. Mỗi loại thuốc thử
phải được trộn cẩn thận và ly tâm trong thời gian ngắn ngay trước khi lấy bằng
pipet. Hỗn hợp thuốc thử PCR được chuẩn bị có chứa tất cả các thành phần trừ
ADN mẫu thử. Tổng lượng hỗn hợp thuốc thử PCR cần được chuẩn bị phụ thuộc vào số
phản ứng cần thực hiện, bao gồm ít nhất một lượng được lấy bằng pipet để dự
phòng cho phản ứng bổ sung. Số lượng mẫu thử và các kiểm chứng lặp lại
theo TCVN 13841 (ISO 20813). Thiết lập các phép thử PCR như sau:
a) trộn hỗn hợp thuốc thử PCR, ly tâm trong thời gian ngắn và dùng
pipet lấy 20 μL cho vào mỗi lọ phản ứng;
b) thêm 5 μL từng ADN mẫu thử (từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL) hoặc kiểm chứng
dương ADN đích hoặc kiểm chứng chiết mẫu trắng hoặc nước vào các lọ phản ứng
tương ứng;
c) trộn và ly tâm trong thời gian ngắn.
Bảng 2 - Thành phần
phản ứng khuếch đại
Tổng thể tích phản ứng
25 μL
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
5 μL
2 x PCR master mixa
12,5 μL
Mồi Chicken-77bp-F, c = 10 μmol/L
và Chicken-77bp-R, c = 10 μmol/L
1,0 μL cho từng mồi
Đoạn dò Chicken-77bp-P, c = 10 μmol/L
0,5 μL
Nước
Đến 25 μL
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3.2 Các kiểm chứng PCR
7.3.2.1 Yêu cầu chung
Các kiểm chứng PCR được nêu trong TCVN 7608 (ISO 24276) và TCVN 13841
(ISO 20813).
7.3.2.2 Kiểm chứng chất ức chế (phân tích gen tham
chiếu)
Phải thực hiện phép phân tích PCR gen kiểm chứng tham chiếu (ví dụ:
gen 18S rARN đối với sinh vật nhân thực, gen myostatin đối với động vật
có vú và gia cầm) sử dụng các ADN mẫu thử để kiểm tra khả năng khuếch đại axit nucleic và
đưa ra kiểm chứng để loại các kết quả âm tính giả.
7.3.3 Cài đặt máy chu trình nhiệt real-time PCR
Chuyển các lọ phản ứng đã chuẩn bị vào máy chu trình nhiệt. Các lọ phải được
sắp xếp để tránh mọi thay đổi nhiệt độ có thể xảy ra ở thành lọ liên quan đến
máy chu trình nhiệt real-time cụ thể. Bật chương trình nhiệt độ-thời gian.
7.4 Chương trình nhiệt-độ thời gian
Chương trình nhiệt độ-thời gian nêu trong Bảng 3 đã được sử dụng trong
nghiên cứu xác nhận giá trị sử dụng. Việc sử dụng các điều kiện phản ứng và chu
trình real-time PCR khác nhau cần được kiểm tra xác nhận. Thời gian biến tính
ban đầu phụ thuộc vào master mix được sử dụng.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Bước
Thông số
Nhiệt độ
Thời gian
Đo huỳnh quang
Số chu trình
1
Biến tính ban đầu
95 °C
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Không
1
2
Khuếch đại
Biến tính
95 °C
15 s
Không
45
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
60 °C
60 s
Có
8 Tiêu chí chấp nhận/từ chối
8.1 Yêu cầu chung
Cần sử dụng chương trình phân tích dữ liệu cụ thể đối với thiết bị
real-time PCR tương ứng để xác định các sản phẩm
PCR. Các kết quả khuếch đại có thể được biểu thị khác nhau, tùy thuộc vào thiết
bị được sử dụng. Trong trường hợp không có sản phẩm PCR có thể phát hiện được
(ví dụ: các kiểm chứng âm), kết quả phải được biểu thị là “không xác định”,
“không khuếch đại” hoặc số chu kỳ phản ứng tối đa được thực hiện. Nếu xảy ra sự
khuếch đại của trình tự đích ADN trong một mẫu thử (ví dụ: các kiểm chứng
dương) thì có thể quan sát thấy đường cong khuếch đại hình chữ S (sigmoid-shaped).
Số chu kỳ được tính tại điểm giao nhau của đường cong khuếch đại và ngưỡng
huỳnh quang [chu kỳ ngưỡng (Ct) hoặc chu kỳ định lượng (Cq)].
Nếu dữ liệu đo huỳnh quang không điển hình thì việc diễn giải tự động
không cho kết quả có nghĩa, có thể cần thiết lập thủ công đường nền và ngưỡng
trước khi diễn giải dữ liệu. Trong trường hợp này, áp dụng các hướng dẫn cho
thiết bị cụ thể được cung cấp cùng với phần mềm diễn giải.
8.2 Xác định
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
- các mồi đặc hiệu của gà Chicken-77bp-F, Chicken-77bp-R và đoạn dò
Chicken-77bp-P tạo thành đường cong khuếch đại hình chữ S và có thể tính được
giá trị Ct hoặc giá trị Cq;
- các phản ứng kiểm chứng PCR không bổ sung ADN (kiểm chứng thuốc thử
PCR, kiểm chứng chiết mẫu trắng) không tạo ra sự khuếch đại;
- các kiểm chứng khuếch đại (kiểm chứng dương ADN đích, kiểm chứng chất ức
chế PCR) tạo ra sự khuếch đại và giá trị Ct (hoặc giá trị Cq)
dự kiến.
Các phát hiện vết được xác định bằng PCR có giá trị Ct
trễ hơn giá trị Ct xác định được tại LOD95 % đích.
Trong trường hợp phát hiện vết hoặc thu được các kết quả dương tính/âm tính
trái ngược nhau từ các chất chiết khác nhau của cùng một mẫu thử, mẫu đó
phải được thử lại. Cần chuẩn bị ít nhất hai chất chiết mới từ mẫu phòng thử
nghiệm đã được đồng nhất. Tiến hành phân tích PCR ít nhất 20 lần lặp lại trên
các chất chiết mới (ví dụ: phân tích PCR mười lần lặp lại đối với hai ADN chiết
được, phân tích PCR bảy lần lặp lại đối với ba ADN chiết được). Trình tự đích
được xem là “phát hiện được” nếu ≥ 95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho
thấy phát hiện dương tính. Trình tự đích được xem là “không phát hiện được” nếu
< 95 % các kết quả PCR của chất chiết mới cho thấy phát hiện dương tính.
9 Tình trạng xác nhận giá trị sử dụng và tiêu chí hiệu
năng
9.1 Yêu cầu chung
Xác nhận giá trị sử dụng theo một quy trình gồm hai phần:
a) xác nhận giá trị sử dụng nội bộ;
b) xác nhận giá trị sử dụng bằng thử nghiệm cộng tác.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Độ vững (robustness) của phương pháp đã được khẳng định trong thử nghiệm
cộng tác bằng cách thay đổi các điều kiện phản ứng đối với các yếu tố sau:
a) thiết bị real-time PCR (ví dụ: ABI 7500, BioRad CFX96, ABI 7900 HT
Fast, Eppendorf Realplex 41));
b) thể tích phản ứng: 19 μL hoặc 21 μL hỗn hợp thuốc thử PCR cộng với 5
μL ADN mẫu thử (nồng độ từ 20 ng/μL đến 200 ng/μL);
c) nhiệt độ gắn mồi: 59 °C và 61 °C;
d) nồng độ mồi hoặc đoạn dò: đều giảm 30 %.
Đối với mỗi yếu tố được thử nghiệm, các phản ứng PCR được phân tích ba
lần, mỗi lần 20 bản sao của trình tự đích và 100 bản sao của trình tự không phải
đích là các kiểm chứng âm. Hiệu năng của phương pháp vẫn đạt yêu cầu đối với cả
các mẫu thử và các kiểm chứng âm trong các điều kiện thay đổi đối với từng
yếu tố thay đổi.
9.3 Độ tái lập
Độ tái lập của phương pháp được kiểm tra xác nhận trong thử nghiệm cộng
tác có 13 phòng thử nghiệm tham gia, do Trung tâm Kỹ thuật Kiểm dịch Động vật,
Thực vật và Thực phẩm, Hải quan Thượng Hải[2]
tổ chức, phù hợp với nguyên tắc IUPAC[3] và các hướng dẫn BVL[4]. Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được 12 mẫu ADN để đánh giá tỷ lệ
dương tính giả và âm tính giả. Tất cả các mẫu được dán nhãn với số mã hóa ngẫu
nhiên và bao gồm sáu mẫu lặp lại. 12 mẫu ADN là:
- sáu lọ dung dịch ADN của gà, 10 bản sao/μL;
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Sử dụng phương pháp real-time PCR nêu trong tiêu chuẩn này và dãy các dịch
pha loãng plasmid ADN có chứa trình tự đích để xác định số bản sao. Nồng độ của
plasmid-ADN (bản sao/μL) được đo bằng máy PCR kỹ thuật số.
Các phòng thử nghiệm tham gia nhận được PCR master mix và các
oligonucleotid (các mồi và đoạn dò) từ đơn vị tổ chức thử nghiệm cộng tác để tiến
hành các thử nghiệm PCR.
ADN bộ gen của gà và ngựa được chiết lần lượt từ thịt gà và thịt ngựa,
sau đó được chỉnh bằng đệm 0,2 x TE đến nồng độ danh nghĩa tương ứng là 10 bản
sao/μL đối với ADN của gà và 20 bản sao/μL đối với ADN của ngựa.
Thử nghiệm cộng tác được thiết kế để xác định tỷ lệ dương tính giả và
âm tính giả. Mỗi mẫu ADN được thử bởi các phòng thử nghiệm tham gia
trong một thử nghiệm PCR duy nhất với 5 μL dung dịch ADN tương ứng, sử
dụng quy trình và các điều kiện nêu trong Bảng 2 và Bảng 3. Kết quả của thử nghiệm cộng
tác được liệt kê trong Bảng 4.
Bảng 4 - Kết quả phép thử cộng tác
Số phòng thử nghiệm tham gia
13
Số phòng thử nghiệm đưa ra kết quả
13
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
12
Số kết quả được chấp nhận
156
Số mẫu thử được chấp nhận có chứa nguyên liệu từ gà
78
Số mẫu thử được chấp nhận không chứa nguyên liệu từ gà
78
Kết quả dương tính giả
0
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
0
Kết quả âm tính giả
0
Kết quả âm tính giả (tính bằng %)
0
9.4 Độ nhạy
Giới hạn phát hiện tuyệt đối (LOD95 %) đối với phương pháp
này là năm bản sao ADN. Thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện ADN của gà được
thực hiện đồng thời với các thử nghiệm cộng tác phương pháp phát hiện
ADN của bò, lợn và cừu. Trình tự ADN đích của bò, cừu, lợn và gà được tổng hợp
và tạo dòng trong vectơ pUC57 [chiều dài 2 710 bp, mã số truy cập trong Ngân
hàng gen/Cơ sở dữ liệu của Châu Âu về trình tự nucleotid (EMBL) là Y14837]. Plasmid
PUC57-bopc đã tạo thành này (chiều dài 3 127 bp) được giải trình tự để đảm bảo
rằng chỉ một bản sao của trình tự ADN đích của bò, cừu, lợn và gà được chèn vào
(xem Hình 1). Không thấy có đột biến bị xóa hoặc chèn trong các trình tự được
chèn (xem Hình 2). Trình tự đích của các phương pháp PCR tương ứng được đưa ra.
Chú dẫn:
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
2 nt 63~150 = amplicon cừu (88 bp)
3 nt 244~340 = amplicon lợn (97 bp)
4 nt 341~417 = amplicon gà (77 bp)
5 Promoter ngược M13
6 Vị trí khởi đầu sao chép ColE1
7 Gen β-lactamase (gen kháng ampicillin)
8 Gen promoter kháng ampicillin
9 Promoter xuôi M13
Hình 1 - Sơ đồ
plasmid ADN đa đích
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Chú dẫn:
Đường một gạch liền đậm
nt 1~62 = amplicon bò (62 bp)
Đường hai gạch liền
nt 63~150 = amplicon cừu (88 bp)
Đường gạch ngang
nt 244~340 = amplicon lợn (97 bp)
Đường gạch chấm
nt 341~417 = amplicon gà (77 bp)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Mỗi phòng thử nghiệm tham gia vào thử nghiệm cộng tác nhận được một
dung dịch chứa ADN plasmid pUC57 được chỉnh đến 1 000 bản sao/μL của trình
tự đích (xem Tài liệu tham khảo [2], Hình 1 và Hình 2) trong ADN tinh trùng cá
hồi nồng độ 20 ng/μL được phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Nồng độ được đo trước
khi phân phối bằng thiết bị PCR kỹ thuật số (Hệ thống PCR Digital Droplet QX1002)).
Dãy các dung dịch pha loãng thu được từ 13 phòng thử nghiệm nằm trong dải từ
0,02 bản sao/μL đến 4 bản sao/μL sử dụng đệm 0,2 x TE có chứa ADN tinh
trùng cá hồi nồng độ 20 ng/μL được phá vỡ tế bào bằng sóng siêu âm. Mỗi phòng
thử nghiệm tham gia đo sáu lần lặp lại cho mỗi mức nồng độ. Kết quả dương tính
đạt được đối với 5 bản sao trên mỗi PCR bằng 78 trong số 78 lần thử nghiệm (xem
Bảng 5).
Xác suất phát hiện (POD) mô tả xác suất mà quá trình khuếch đại PCR sẽ
diễn ra tại một số bản sao đã cho của trình tự đích. Dữ liệu định tính thu được
từ tất cả các phòng thử nghiệm và các mức pha loãng (xem Bảng 5) sử dụng để xác
định POD = 0,95 của phương pháp phát hiện (xem Bảng 6) được nêu trong Tài liệu
tham khảo [4]. Độ lệch chuẩn xác định được là 0,30 và LOD95 %
là 3,3 bản sao; cả hai thông số đều thấp hơn mức tối đa yêu cầu lần lượt là 1 bản
sao và 20 bản sao[2][5].
Bảng 5 - Kết quả thử nghiệm cộng tác đối với
giới hạn phát hiện (LOD95%)
Số bản sao gen TGF-β3 của gà trên mỗi phản ứng PCR (danh nghĩa)
Số kết quả dương tính (Ct < 45) trong 78 kết
quả
20
78
10
78
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
78
2
69
1
42
0,5
25
0,1
6
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Thông số
Gen TGF-β3 của gà
Số phòng thử nghiệm tham gia
13
Số lần lặp lại phân tích PCR trên mỗi mức pha loãng
6
Đường cong POD
Xác suất phát hiện trung bình giữa các phòng thử nghiệm (LPOD)
0,74
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
1,18
Độ lệch chuẩn phòng thử nghiệm, σL
0,30
LOD95% (tính bằng các bản sao)
Trung vị của phòng thử nghiệm theo lý thuyết
3,3
9.5 Độ đặc hiệu
Trình tự đại diện từ gen TGF-β3 của gà (mã số truy cập của
trình tự trong Ngân hàng gen là AY685072.1) được chọn làm đích PCR[1].
Mồi và đoạn dò được thiết kế và tối ưu hóa bằng cách sử dụng phần mềm tối ưu
hóa và lựa chọn đoạn dò-mồi.
Độ đặc hiệu loại trừ lý thuyết của mồi và đoạn dò gen TGF-β3
của gà được phân tích để xác định tính tương đồng với các loài khác sử dụng
chương trình BLASTN[6]. Sử dụng trình tự 77- bp làm trình tự truy vấn
là một phần của trình tự có mã số truy cập trong NCBI là
AY685072.1 (vị trí các nucieotid: 313-389). Các kết quả nghiên cứu về sự tương đồng
được nêu trong Phụ lục A. Không có sự tương đồng với các gen khác và
các loài khác.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Độ đặc hiệu mục tiêu được thử nghiệm với 10 giống gà (Gallus gallus)
bao gồm gà Roman Hens (Đức, lấy trứng], gà Leghorns trắng (Ý, lấy trứng),
gà Plymouth rock trắng (Mỹ, lấy thịt), gà Ross (Anh, lấy trứng), gà Langshan
(Trung Quốc, lấy thịt và trứng), gà Luyuan (Trung Quốc, lấy thịt và trứng), gà
Xiaoshan (Trung Quốc, lấy thịt và trứng), gà Yangshan (Trung Quốc, lấy thịt),
gà Recessive Rocks trắng (Pháp, lấy thịt) và gà rừng lông đỏ (Gallus gallus)
Jabouillei (Trung Quốc, lấy thịt). Với khoảng 100 bản sao của ADN đích, tất cả các mẫu
giống gà đều được phát hiện với các tín hiệu dương tính và đường cong khuếch đại
dự kiến. Độ chọn lọc mục tiêu của trình tự đích 77 base cũng được đánh giá bằng
chương trình BLASTN dựa trên dữ liệu toàn bộ gen động vật của Ngân hàng gen.
Các kết quả cho thấy trình tự đích 77 base là duy nhất đối với gà được nêu
trong Phụ lục A.
Bảng 7 - Độ đặc hiệu của phương pháp phát hiện
gen TGF-β3 của gà
Loài động vật thử nghiệm
Dự kiến về mặt lý thuyết
Khẳng định bằng thử nghiệm
Động vật
Bò bison (Bison bison)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Cá chép (Cyprinus carpio)
N
N
Mèo (Felis catus)
N
N
Bò nhà (Bos taurus)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Gà nhà (Gallus gallus domesticus)
Pos
Pos
Chó nhà (Canis familiaris)
N
N
Lừa (Equus asinus)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Vịt cổ xanh (Anas platyrhynchos)
N
N
Nai sừng xám (Cervus canadensis)
N
N
Dê (Capra hircus)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Ngỗng xám (Anser anser)
N
N
Ngựa (Equus caballus)
N
N
Bò Zebu (Bos indicus)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Gà rừng lỏng đỏ (Gallus gallus)
Pos
Pos
Chuột nhắt (Mus musculus)
N
N
Khỉ vàng (Macaca mulatta)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đà điểu châu Phi (Struthio camelus)
N
N
Chim trĩ đỏ (Phasianus colchicus)
N
N
Lợn nhà (Sus scrota domesticus)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Chim cút thường (Coturnix coturnix)
N
N
Thỏ châu Âu (Oryctolagus cuniculus)
N
N
Chuọt cống (Rattus norvegicus)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
Cừu (Ovis aries)
N
N
Cá hồi vân (Onchorhynchus mykiss)
N
N
Gà tây (Meleagris gallopavo)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Trâu (Bubalus bubalis)
N
N
Bò hoang Tây Tạng (Bos mutus)
N
N
Người
Người (Homo sapiens)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Thực vật
Cỏ linh lăng (Medicago sativa)
N
N
Ngô (Zea mays)
N
N
Cải dầu (Brassica rapa)
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Lúa (Oryza sativa)
N
N
Cao lương (Sorghum bicolor)
N
N
Đậu tương (Glycine max)
N
N
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
N
N
Chú dẫn
Pos: dương tính; N: âm tính
10 Báo cáo thử nghiệm
Báo cáo thử nghiệm phải được lập theo quy định trong TCVN 13841 (ISO
20813) và các tiêu chuẩn có thể áp dụng khác [ví dụ: TCVN 7608 (ISO 24276)].
Phụ lục A
(Tham khảo)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
A.1 Trình tự truy vấn
A.1.1 ID trình tự truy vấn: AY685072.1 (bp 313-389).
A.1.2 Mô tả: gen intron 4 có yếu tố tăng trường chuyển dạng
beta 3 (TGF-β3) của gà rừng lông đỏ (Gallus gallus).
A.1.3 Loại phân tử: axit nucleic.
A.1.4 Chiều dài trình tự truy vấn: 77.
A.2 Sự phân phối 2 Blast hit trên 2 trình tự tham
chiếu trong cơ sở dữ liệu của Ngân hàng gen
Xem Hình A.1.
Chú dẫn:
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Hình A.1 - Chú dẫn đối với các điểm bắt cặp
A.3 Mô tả
Bảng A.1 - Mô
tả
Mô tả
Điểm tối đa
Điểm tổng số
Tỷ lệ bao phủ
%
Giá trị E
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
%
Mã số truy cập
Phân lập nhiễm sắc thể 5 của gà RJF#256 giống gà rừng lông đỏ
loài gà rừng lông đỏ (Gallus gallus), GRCg6a
143
143
100
2e-30
100
NC_006092.5
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
106
106
97
2e-19
93,75
NC_015015.2
A.4 Bắt cặp
Phân lập nhiễm sắc thể 5 của gà RJF#256 loài gà rừng lông đỏ (Gallus
gallus) giống gà rừng
lông đỏ, GRCg6a, ID trình tự: NC_006092.5 Chức năng: tiền proprotein có yếu tố
tăng trưởng chuyển dạng beta-3
Chiều dài: 59809098
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Dải 1: từ 38672925 đến 38673001
Điểm
Kỳ vọng
Độ tương đồng
Khoảng trống
Mạch
143 bit (55)
2e-30()
77/77 (100 %)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Dương/Âm
Phân lập nhiễm sắc thể 5 của NT-WF06-2002-E0010 nhãn hiệu Nicholas giống
Avigen loài gà tây hoang (Meleagris gallopavo), Turkey_5.0, ID trình tự:
NC_015015.2
Chiều dài: 59006440
Số điểm khớp: 1
Dải 1: từ 37540933 đến 37541007
Điểm
Kỳ vọng
Độ tương đồng
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Mạch
106 bit (57)
2e-19()
69/75 (92 %)
0/75 (0 %)
Dương/Dương
Thư mục tài liệu tham khảo
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
[2] WANG Q., CAI Y.C., HE Y.P., YANG L.T., PAN L.W. Collaborative ring
trial of two real-time PCR assays for the detection of porcine-and
chicken-derived material in meat products. Plos ONE. 2018, 13(10),
pp. e0206609
[3] HORWITZ W. Protocol for the design, conduct and interpretation of
method performance studies. Pure and Appl. Chem. 1995, 67, pp.
331-343
[4] Guidelines for the validation of qualitative real-time PCR
methods by means of a collaborative study. Federal Office of Consumer
Protection and Food Safety. Bundesamt für Verbraucherschutz und
Lebensmittelsicherheit (BVL)
[5] UHLIG S., FROST K., COLSON B., SIMON K., MÄDE D., REITING R., GOWIK
P., GROHMANN L. Validation of qualitative PCR methods on the basis of
mathematical-statistical modelling of the probability of detection. Accred Qual
Assur. 2015, 20, pp. 75-83
[6] National Center for Biotechnology Information (NCBI], Available at
(accessed 2019-07-28]: https://blast.ncbi.nlm,nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE
TYPE=BlastSearch&LINK LOC=blasthome
1) Đây là các ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn.
Thông tin này đưa ra tạo thuận lợi cho người sử dụng tiêu
chuẩn và không ấn định phải sử dụng sản phẩm này.
2) Đây là các ví dụ về sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin này đưa
ra tạo sự thuận lợi cho người sử dụng tiêu chuẩn và không ấn định phải sử dụng
sản phẩm này. Các sản phẩm tương tự có thể được sử dụng nếu cho kết quả tương
đương.