Vì sao doanh nghiệp đã ngừng kinh doanh mã số thuế vẫn chưa kết thúc?

Vì sao doanh nghiệp đã ngừng kinh doanh mã số thuế vẫn chưa kết thúc?

Nhiều doanh nghiệp cho rằng, khi ngừng hoạt động kinh doanh thì mã số thuế sẽ tự động chấm dứt. Tuy nhiên, việc ngừng hoạt động trên thực tế không đồng nghĩa với việc mã số thuế tự động chấm dứt hiệu lực.

Theo Phụ lục 1 ban hành kèm Thông tư 90/2026/TT-BTC, Trạng thái mã số thuế 03 là: “NNT ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST.”

Bên cạnh đó, Điều 14 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế, người nộp thuế phải hoàn thành các nghĩa vụ có liên quan, cụ thể:

- Hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn theo quy định của pháp luật về hóa đơn.

- Hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ (nếu có) theo quy định tại điểm d.1 khoản 1 Điều 7 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

- Trường hợp đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc thì toàn bộ các đơn vị phụ thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản.

Như vậy, để xử lý dứt điểm, người nộp thuế cần thực hiện các bước sau:

- Xác định đúng thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

- Nộp hồ sơ theo quy định

- Hoàn thành hồ sơ khai thuế còn thiếu và quyết toán thuế nếu thuộc trường hợp phải quyết toán

- Hoàn tất nghĩa vụ nộp thuế, xử lý số thuế nộp thừa và các nghĩa vụ liên quan

- Hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn

- Tiếp tục hoàn tất thủ tục tại cơ quan đăng ký kinh doanh nếu thuộc trường hợp thực hiện thủ tục liên thông.

Khi hoàn thành đầy đủ các bước theo đúng quy định, tình trạng mã số thuế mới được xử lý dứt điểm.

Đối với các trường hợp tồn đọng, ngày 28/7/2026 Cục Thuế đã ban hành Công văn 5299/CT-NVT năm 2026 hướng dẫn thực hiện một số nội dung liên quan đến Chiến dịch Làm sạch mã số thuế.

Công văn 5299/CT-NVT: Tải về

Trong quá trình thực hiện Chiến dịch “Làm sạch mã số thuế - Tháo gỡ điểm nghẽn trong kinh doanh”, Cục Thuế đã bổ sung nội dung xử lý đối với các doanh nghiệp, tổ chức đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Việc này nhằm giải quyết những vướng mắc, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, tổ chức trong quá trình giải thể và chấm dứt hoạt động.

Theo đó, Công văn 5299/CT-NVT có nêu rõ, đối với doanh nghiệp, tổ chức ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì:

- 100% trường hợp được cơ quan thuế xác định không thuộc diện rủi ro cao (theo tiêu chí tại Thông tư 94/2026/TT-BTC và tiêu chí do Cục Thuế ban hành) được xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế để người nộp thuế tiếp tục thực hiện thủ tục giải thể, chấm dứt hoạt động với cơ quan đăng ký kinh doanh trước ngày 31/12/2026.

- Điều chỉnh kế hoạch xử lý đối với các đơn vị, cơ quan nhà nước, tổ chức sự nghiệp hành chính ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế: xử lý 100% trước ngày 31/12/2026 (kế hoạch, chỉ tiêu cũ: xử lý 100% trước ngày 31/7/2026).

Vì sao đã doanh nghiệp ngừng kinh doanh mã số thuế vẫn chưa kết thúc?

Người nộp thuế phải hoàn thành những nghĩa vụ gì trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế?

Các nghĩa vụ người nộp thuế phải hoàn thành trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế quy định tại Điều 14 Thông tư 90/2026/TT-BTC, cụ thể như sau:

- Người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn theo quy định của pháp luật về hóa đơn.

- Hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ (nếu có) theo quy định tại điểm d.1 khoản 1 Điều 7 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

- Trường hợp đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc thì toàn bộ các đơn vị phụ thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản.

Trường hợp nào người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế để thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế?

Căn cứ khoản 2 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế thì thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế khi thuộc một trong các trường hợp sau đây:

- Chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc giải thể, phá sản; không còn phát sinh nghĩa vụ thuế đối với tổ chức không kinh doanh.

- Bị thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc giấy phép tương đương.

- Bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất; đơn vị phụ thuộc chuyển thành đơn vị độc lập hoặc ngược lại, hoặc chuyển từ đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản này sang thành đơn vị phụ thuộc của một đơn vị chủ quản khác.

- Bị cơ quan thuế ra thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau khi xác minh thực tế người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký trụ sở chính hoặc chi nhánh hoặc văn phòng đại diện.

- Nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài khi kết thúc hợp đồng.

- Người điều hành, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mỏ dầu khí tại vùng chồng lấn, nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, công ty mẹ - Tập đoàn Công nghiệp - Năng lượng Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ các hợp đồng dầu khí khi kết thúc hợp đồng; nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí khi chuyển nhượng toàn bộ quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí.

- Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác thuộc đối tượng khấu trừ, nộp thay thuế đã khấu trừ quy định tại điểm h.3 khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán.

- Nhà cung cấp nước ngoài theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam.