Hướng dẫn hóa đơn dùng khai báo hải quan cho hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất?

Hướng dẫn hóa đơn dùng khai báo hải quan cho hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất theo Công văn 46309?

Ngày 31/12/2025, Cục Hải quan đã có Công văn 46309/CHQ-GSQL năm 2025 về việc hướng dẫn thủ tục hải quan.

>>> Tải về Công văn 46309/CHQ-GSQL năm 2025 <<<

Theo đó, Cục Hải quan đã có nội dung hướng dẫn hóa đơn dùng khai báo hải quan cho hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất như sau:

(1) Về việc hàng hóa mua bán, thuê mượn giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất, ngày 30/7/2025, Cục Hải quan đã có Công văn 16946/CHQ-GSQL năm 2025 hướng dẫn thực hiện.

Theo đó, căn cứ quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Luật Quản lý Ngoại thương và Luật Thương mại thì quan hệ mua bản, thuê, mượn hàng hóa giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Chương II Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính.

(2) Căn cứ quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi bổ sung tại khoản 5 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 (có hiệu lực từ ngày 01/02/2026) của Bộ Tài chính thì người khai hải quan sử dụng hóa đơn thương mại hoặc chứng từ tương đương khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.

Trên đây là nội dung "Hướng dẫn hóa đơn dùng khai báo hải quan cho hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất theo Công văn 46309?".

Hướng dẫn hóa đơn dùng khai báo hải quan cho hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất theo Công văn 46309? (Hình từ Internet)

Doanh nghiệp chế xuất có khu vực hoạt động như thế nào?

Tại khoản 2 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP có quy định về doanh nghiệp chế xuất như sau:

Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất

...

2. Trong khu công nghiệp có thể có các phân khu công nghiệp dành cho các doanh nghiệp chế xuất. Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, phân khu công nghiệp dành cho các doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào, bảo đảm điều kiện cho sự kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan theo quy định áp dụng đối với khu phi thuế quan quy định tại pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

...

Như vậy, doanh nghiệp chế xuất có thể hoạt động ở các khu vực sau:

- Trong khu công nghiệp có thể có các phân khu công nghiệp dành cho các doanh nghiệp chế xuất.

- Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, phân khu công nghiệp dành cho các doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng:

+ Hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào;

+ Bảo đảm điều kiện cho sự kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan theo quy định áp dụng đối với khu phi thuế quan quy định tại pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Doanh nghiệp nội địa gia công cho DNCX cần làm gì để được miễn thuế xuất nhập khẩu?

Căn cứ khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 quy định:

Giải thích từ ngữ

Trong Luật này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:

1. Khu phi thuế quan là khu vực kinh tế nằm trong lãnh thổ Việt Nam, được thành lập theo quy định của pháp luật, có ranh giới địa lý xác định, ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, bảo đảm điều kiện cho hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan của cơ quan hải quan và các cơ quan có liên quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và phương tiện, hành khách xuất cảnh, nhập cảnh; quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

....

Căn cứ khoản 2 Điều 2 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định hàng hóa xuất khẩu từ thị trường trong nước vào doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho bảo thuế, kho ngoại quan và các khu phi thuế quan khác phù hợp với quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016; hàng hóa nhập khẩu từ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho bảo thuế, kho ngoại quan và các khu phi thuế quan khác phù hợp với quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế

Căn cứ khoản 1 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi bởi khoản 4 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP quy định sản phẩm gia công:

Miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu

1. Hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 6 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu gồm:

...

g) Sản phẩm gia công xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan, xuất khẩu tại chỗ cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam theo chỉ định của bên đặt gia công.

Sản phẩm gia công xuất khẩu được miễn thuế xuất khẩu theo quy định tại điểm này nếu sản phẩm được gia công từ toàn bộ hàng hóa nhập khẩu. Trường hợp sản phẩm gia công xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư trong nước có thuế xuất khẩu thì khi xuất khẩu phải nộp thuế đối với phần trị giá nguyên liệu, vật tư trong nước cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu theo mức thuế suất của nguyên liệu, vật tư

....

Căn cứ khoản 1 Điều 76 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung khoản 52 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định:

Thủ tục hải quan đối với trường hợp DNCX thuê doanh nghiệp nội địa gia công, DNCX nhận gia công cho doanh nghiệp nội địa, DNCX thuê DNCX khác gia công, DNCX thuê nước ngoài gia công

1. Hàng hóa do DNCX thuê doanh nghiệp nội địa gia công:

a) Doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài quy định tại mục 1 và mục 2 Chương III Thông tư này. Riêng về địa điểm làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp nội địa được lựa chọn thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý DNCX. Khi khai chỉ tiêu thông tin “số quản lý nội bộ doanh nghiệp ” trên tờ khai hải quan, doanh nghiệp nội địa phải khai như sau: #&GCPTQ;

b) DNCX không phải làm thủ tục hải quan khi đưa hàng hóa vào nội địa để gia công và nhận lại sản phẩm gia công từ nội địa.

...

Đồng thời, tham khảo tại Công văn 1715/TXNK-CST năm 2019 Cục Thuế xuất nhập khẩu hướng dẫn như sau:

Trường hợp Hội viên của Thương hội là DNCX đáp ứng quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 thuê doanh nghiệp nội địa gia công (thuê gia công lại) thì nguyên liệu, vật tư doanh nghiệp nội địa nhập khẩu được miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 1 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP. Cơ sở để xác định hàng hóa được miễn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Doanh nghiệp nội địa khi xuất trả sản phẩm gia công cho DNCX được miễn thuế xuất khẩu theo quy định tại khoản 1 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP. Trường hợp sản phẩm gia công xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư trong nước có thuế xuất khẩu thì phải nộp thuế xuất khẩu đối với phần trị giá nguyên liệu, vật tư trong nước cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu theo thuế suất của nguyên liệu, vật tư. Cơ sở để xác định hàng hóa được miễn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Nghị định này.

Như vậy, để được miễn thuế xuất nhập khẩu doanh nghiệp nội địa gia công cho DNCX cần thực hiện:

- DNCX đáp ứng quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 thuê doanh nghiệp nội địa gia công (thuê gia công lại) thì nguyên liệu, vật tư doanh nghiệp nội địa nhập khẩu được miễn thuế nhập khẩu.

- Doanh nghiệp nội địa xuất trả sản phẩm gia công cho DNCX được miễn thuế xuất khẩu, trừ trường hợp sản phẩm có sử dụng nguyên liệu, vật tư trong nước thuộc diện chịu thuế, thì phải nộp thuế xuất khẩu đối với phần giá trị tương ứng theo thuế suất của nguyên liệu, vật tư đó.