9 khoản chi phí doanh nghiệp thường bị xuất toán khi thanh tra thuế từ năm 2026?

9 khoản chi phí doanh nghiệp thường bị xuất toán khi thanh tra thuế từ năm 2026?

Hiện hành, tại Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN khi có đủ các điệu kiện như sau:

- Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp

- Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

- Khoản chi có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên. Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

Tuy nhiên, việc có đầy đủ hóa đơn, chứng từ chưa đồng nghĩa chắc chắn được chấp nhận là chi phí được trừ. Nếu doanh nghiệp không lưu ý các điều kiện về tính hợp lý, hợp lệ và thực tế phát sinh, khoản chi vẫn có thể bị loại khi tính thuế TNDN.

Trên thực tế, nhiều khoản chi có hóa đơn đầy đủ nhưng vẫn bị cơ quan thuế xuất toán do doanh nghiệp không chứng minh được tính hợp lý, hợp lệ hoặc mối liên hệ với hoạt động sản xuất kinh doanh.

Dưới đây là 9 khoản chi phí thông thường hay bị loại khi thanh tra thuế trong doanh nghiệp từ năm 2026 cần lưu ý:

1. Chi phí ghi nhận không đúng kỳ

Ví dụ: Năm 2026 nhưng doanh nghiệp lại hạch toán chi phí của năm 2025, giả sử chi phí tiền điện, tiền nước, chi phí liên quan đến dịch vụ như vận tải, thuê vận chuyển,... của tháng 12/2025 xuất hóa đơn vào tháng 1/2026 nhưng doanh nghiệp lại khai thuế TNDN về năm 2026 và cũng ghi nhận chi phí về năm 2026 thì đây được hiểu là chi phí ghi nhận không đúng kỳ. Do đó khoản chi phí này sẽ dễ bị loại khi thanh tra và có thể bị cơ quan thuế điều chỉnh về đúng kỳ tính thuế.

Tuy nhiên, đối với thuế GTGT vì khai theo ngày của hóa đơn. Do đó, vẫn được khấu trừ thuế GTGT đối với khoản chi phi này. Mặc dù khoản chi phí này của năm 2025 nhưng lại xuất hóa đơn vào năm 2026 thì thời điểm khấu trừ thuế GTGT sẽ vào năm 2026 nhưng chi phí này lại phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của năm 2025 thì doanh nghiệp vẫn phải hạch toán về năm 2025 để đúng kỳ thanh toán

2. Chi phí liên quan đến công tác phí của người lao động

Nếu chi phí liên quan đến công tác phí của người lao động thiếu hồ sơ liên quan đến việc chứng minh chi phí đi công tác phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh

Đối với vấn đề này, doanh nghiệp nên quy định trong quy chế của doanh nghiệp, quy định về định mức của khoán chi, có giấy đi đường, có chứng từ hóa đơn đầy đủ.

Trường hợp chi bằng tiền mặt thì phải tính vào thu nhập chịu thuế TNCN và nằm trong mức khoán chi của doanh nghiệp được quy định trong quy chế của công ty.

3. Thanh toán không dùng tiền mặt

Đối với trường hợp trên 5 triệu nhưng doanh nghiệp dùng tiền mặt thì sẽ bị loại chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

Lưu ý trường hợp này sẽ phải tính cả việc mua hàng hóa dịch vụ của cá nhân, tổ chức chứ không riêng cho tổ chức

4. Chi phí thuê nhà, thuê địa điểm kinh doanh của cá nhân

Theo đó, đối với khoản chi phí thuê nhà, thuê địa điểm kinh doanh của cá nhân nhưng doanh nghiệp lại không đăng ký địa điểm kinh doanh đấy, cá nhân cho thuê không đăng ký tài sản cho thuê hoặc hồ sơ thuê nhà chưa đủ thông tin.

Giả sử người cho thuê lại không phải là người sở hữu thì phải có những giấy tờ liên quan đến ủy quyền, giấy tờ nhà, căn cước công dân của chủ nhà, hợp đồng thuê và tờ khai thuế để chứng minh việc cho thuê tài sản nếu phát sinh các nghĩa vụ nộp thuế thì phải quy định bên nào nộp để có căn cứ tính vào chi phí được trừ

5. Chi phí liên quan đến ăn uống

Khoản này phải được thể hiện rõ, chứng minh được khoản ăn uống, tiếp khách này phải phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh. Đồng thời, ai là người đi tiếp phần ăn uống này, chứ không phải cứ có hóa đơn ăn uống là doanh nghiệp được trừ.

Ví dụ: Doanh nghiệp nên lưu lại thông tin về đối tác tham dự, nội dung làm việc, mục đích tiếp khách để chứng minh khoản chi phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh.

6. Chi phí về vận chuyển, vận tải

Những chi phí liên quan đến việc thuê vận chuyển hàng hóa, vận chuyển người thì phải có hồ sơ để chứng minh

Giả sử bán hàng ở Thành phố Hồ Chí Minh nhưng công ty ở Hà Nội thì lộ trình sẽ từ Thành phố Hồ Chí Minh đến Hà Nội phải có hóa đơn GTGT đầu vào có thể hiện lộ trình đi, các khoản phí như phí cầu đường, xăng dầu (nếu có), chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu từ 5 triệu đồng trở lên. Nếu là doanh nghiệp làm việc với nhau thường xuyên thì phải có hợp đồng. Trường hợp vận chuyển hàng thì phải có biên bản bàn giao hàng hóa hôm đó đi những mặt hàng gì.

7. Chi phí liên quan đến phúc lợi cho người lao động

Giả sử các khoản chi phí như tiền điện thoại, xăng xe, tiền nhà ở, tiền nuôi con nhỏ,... thì nếu doanh nghiệp không chứng minh được là phục vụ cho người lao động để phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh thì sẽ không được tính là chi phí được trừ khi quyết toán thuế.

Thực tế có trường hợp công ty đã có xe riêng nhưng vẫn phụ cấp xăng xe cố định cho quản lý, phát sim, thẻ điện thoại nhưng không có định mức sử dụng, vừa thanh toán hóa đơn xăng dầu vừa phụ cấp tiền đi lại,... những trường hợp này sẽ khó phù hợp và rất dễ bị đặt vấn đề khi thanh tra.

8. Chi phi liên quan đến mua hàng hóa dịch vụ của cá nhân hoặc đối với hộ kinh doanh nhưng không xuất được hóa đơn

Đối với trường hợp này, khi doanh nghiệp lập bảng kê 02/TNDN phải lập theo những lần mà doanh nghiệp mua bán trao đổi chứ không nhập cả tháng hết vào một bảng kê và phải có căn cước công dân, có hồ sơ mua bán chứng minh đầy đủ.

Do đó, bảng kê cần lập theo từng lần phát sinh, không nên gom toàn bộ trong tháng vào một lần. Tuy nhiên, việc lập bảng kê không thay thế nghĩa vụ chứng minh giao dịch thực tế phát sinh.

Trường hợp cơ quan thuế xác định giao dịch không có thật hoặc không chứng minh được việc mua bán thực tế thì khoản chi vẫn có thể bị loại dù đã lập bảng kê.

9. Ghi sai mục đích sử dụng chi phí

Theo đó, doanh nghiệp nên chia rõ từng khoản chi phí, chi phí phục vụ cho bộ phần nào thì doanh nghiệp hạch toán cho bộ phận đấy.

Ví dụ: Chi phí của bộ phận bán hàng nhưng đưa vào quản lý doanh nghiệp; Chi phí cá nhân nhưng hạch toán chi phí công ty; Không tách riêng từng bộ phận sử dụng,... khi không chứng minh được mục đích phục vụ hoạt động kinh doanh, khoản chi rất dễ bị xuất toán.

Như vậy, thực tế, phần lớn các khoản chi bị xuất toán không phải vì thiếu hóa đơn mà do doanh nghiệp không chứng minh được tính hợp lý, hợp lệ và mối liên hệ với hoạt động sản xuất kinh doanh. Vì vậy, bên cạnh hóa đơn chứng từ, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hợp đồng, biên bản, quy chế và hồ sơ liên quan để bảo vệ chi phí khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra.

9 khoản chi phí doanh nghiệp thường bị xuất toán khi thanh tra thuế từ năm 2026? (Hình từ Internet)

Khi quyết toán thuế TNDN phần tiền lương tăng ca vượt mức không được hạch toán thì điền vào chỉ tiêu nào?

Đầu tien, căn cứ tại Điều 107 Bộ luật Lao động 2019 quy định làm thêm giờ như sau:

Làm thêm giờ

1. Thời gian làm thêm giờ là khoảng thời gian làm việc ngoài thời giờ làm việc bình thường theo quy định của pháp luật, thỏa ước lao động tập thể hoặc nội quy lao động.

2. Người sử dụng lao động được sử dụng người lao động làm thêm giờ khi đáp ứng đầy đủ các yêu cầu sau đây:

a) Phải được sự đồng ý của người lao động;

b) Bảo đảm số giờ làm thêm của người lao động không quá 50% số giờ làm việc bình thường trong 01 ngày; trường hợp áp dụng quy định thời giờ làm việc bình thường theo tuần thì tổng số giờ làm việc bình thường và số giờ làm thêm không quá 12 giờ trong 01 ngày; không quá 40 giờ trong 01 tháng;

c) Bảo đảm số giờ làm thêm của người lao động không quá 200 giờ trong 01 năm, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

3. Người sử dụng lao động được sử dụng người lao động làm thêm không quá 300 giờ trong 01 năm trong một số ngành, nghề, công việc hoặc trường hợp sau đây:

a) Sản xuất, gia công xuất khẩu sản phẩm hàng dệt, may, da, giày, điện, điện tử, chế biến nông, lâm, diêm nghiệp, thủy sản;

b) Sản xuất, cung cấp điện, viễn thông, lọc dầu; cấp, thoát nước;

c) Trường hợp giải quyết công việc đòi hỏi lao động có trình độ chuyên môn, kỹ thuật cao mà thị trường lao động không cung ứng đầy đủ, kịp thời;

d) Trường hợp phải giải quyết công việc cấp bách, không thể trì hoãn do tính chất thời vụ, thời điểm của nguyên liệu, sản phẩm hoặc để giải quyết công việc phát sinh do yếu tố khách quan không dự liệu trước, do hậu quả thời tiết, thiên tai, hỏa hoạn, địch họa, thiếu điện, thiếu nguyên liệu, sự cố kỹ thuật của dây chuyền sản xuất;

đ) Trường hợp khác do Chính phủ quy định.

4. Khi tổ chức làm thêm giờ theo quy định tại khoản 3 Điều này, người sử dụng lao động phải thông báo bằng văn bản cho cơ quan chuyên môn về lao động thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.

5. Chính phủ quy định chi tiết Điều này.

Đồng thời, theo Điều 62 Nghị định 145/2020/NĐ-CP quy định thông báo về việc tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm như sau:

Thông báo về việc tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm

1. Khi tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm, người sử dụng lao động phải thông báo cho Sở Lao động - Thương binh và Xã hội tại các nơi sau:

a) Nơi người sử dụng lao động tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm;

b) Nơi đặt trụ sở chính, nếu trụ sở chính đóng trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với nơi người sử dụng lao động tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm.

2. Việc thông báo phải được thực hiện chậm nhất sau 15 ngày kể từ ngày thực hiện làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm.

...

Ngoài ra, tại Công văn 05/CV-BCDDTKNQ năm 2025 của Ban chỉ đạo về tổng kết thực hiện Nghị quyết 18-NQ/TW năm 2017 của Chính Phủ quy định tên gọi của các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện có hướng dẫn như sau:

I. VỀ TÊN GỌI CỦA CÁC CƠ QUAN CHUYÊN MÔN THUỘC ỦY BAN NHÂN DÂN CẤP TỈNH, CẤP HUYỆN

1. Đối với các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh

1.1 Giữ nguyên tên Sở Tài chính sau khi hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư và Sở Tài chính.

1.2. Giữ nguyên tên Sở Nội vụ sau khi hợp nhất Sở Lao động - Thương binh và Xã hội và Sở Nội vụ.

...

Cuối cùng, dẫn chiếu đến khoản 23 Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN như sau:

Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

...

23. Khoản chi không đáp ứng điều kiện chi, nội dung chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành, bao gồm: Khoản chi cho làm thêm giờ vượt mức thời gian quy định của pháp luật về lao động; khoản chi quảng cáo trong trường hợp quảng cáo các sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ bị cấm quảng cáo hoặc quảng cáo các sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ phải đăng ký với cơ quan có thẩm quyền nhưng doanh nghiệp không thực hiện đăng ký quảng cáo theo quy định của pháp luật; khoản chi phục vụ sản xuất, kinh doanh không đúng hoặc vượt mức chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành.

Theo đó, tại Công văn 5389/TNI-QLDN1 năm 2026 Tải về hướng dẫn hạch toán chi phí tiền lương tăng ca vượt mức khi quyết toán thuế TNDN quy định như sau:

Trường hợp vượt mức thời gian quy định của pháp luật về lao động thì không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với phần vượt mức quy định. Khi quyết toán thuế TNDN thì điền vào chỉ tiêu B4 (các khoản chi phí không được trừ) trên tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu số 03/TNDN).

Như vậy, khi quyết toán thuế TNDN phần chi phí tiền lương tăng ca vượt mức không được hạch toán thì điền vào chỉ tiêu B4 (các khoản chi phí không được trừ) trên tờ khai quyết toán (mẫu số 03/TNDN).

Khi nào chi phí của giao dịch liên kết không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN?

Theo đó, căn cứ tại khoản 1 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định như sau:

Xác định chi phí để tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết

1. Chi phí của giao dịch liên kết không phù hợp bản chất giao dịch độc lập hoặc không góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ, bao gồm:

...

Như vậy, chi phí của giao dịch liên kết không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN trong kỳ khi:

- Không phù hợp bản chất giao dịch độc lập

- Không góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế

Cụ thể như sau:

(1) Chi phí thanh toán cho bên liên kết không thực hiện bất kỳ hoạt động sản xuất, kinh doanh nào liên quan đến ngành nghề, hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế; không có quyền lợi, trách nhiệm liên quan đối với tài sản, hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho người nộp thuế;

(2) Chi phí thanh toán cho bên liên kết có hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng quy mô tài sản, số lượng nhân viên và chức năng sản xuất, kinh doanh không tương xứng với giá trị giao dịch mà bên liên kết nhận được từ người nộp thuế;

(3) Chi phí thanh toán cho bên liên kết là đối tượng cư trú của một nước hoặc vùng lãnh thổ không thu thuế thu nhập doanh nghiệp, không góp phần tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế.