Thủ tục miễn thuế hàng hóa nhập khẩu trong thông quan

Thủ tục miễn thuế hàng hóa nhập khẩu trong thông quan được quy định tại Mục B Chương II Quy trình miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành kèm theo Quyết định 1919/QĐ-TCHQ năm 2018 như sau:

Điều 9. Kiểm tra hồ sơ miễn thuế

Công chức được phân công xử lý thực hiện việc kiểm tra hồ sơ miễn thuế và xử lý như sau:

1. Kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ

Công chức kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ miễn thuế theo quy định tại Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, khoản 5 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC , cụ thể như sau:

a) Kiểm tra tính đầy đủ của các loại giấy tờ thuộc hồ sơ miễn thuế;

b) Kiểm tra tính hợp lệ: bản chính, bản chụp, sự thống nhất của các loại giấy tờ.

2. Kiểm tra nội dung hồ sơ miễn thuế, kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có), căn cứ miễn thuế và các quy định có liên quan:

a) Thông tin về doanh nghiệp: Tên, địa chỉ, mã số thuế; ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh; tình trạng nợ thuế của doanh nghiệp; quá trình chấp hành pháp luật của doanh nghiệp (nếu cần thiết);

b) Thông tin về dự án: Tên dự án; mục tiêu, quy mô, công suất của dự án; luận chứng kinh tế kỹ thuật, tài liệu kỹ thuật của dự án; thời hạn giải ngân của dự án, số lượng lao động của dự án (nếu cần thiết);

c) Thông tin về hàng hóa nhập khẩu miễn thuế: Tên hàng, số lượng, đơn vị tính, quy cách, chủng loại, ký mã hiệu, mã số, xuất xứ, đơn giá, tổng trị giá, số tiền đề nghị miễn thuế;

d) Đối chiếu với chính sách ưu đãi đầu tư, chính sách ưu đãi thuế, Danh mục miễn thuế, các thông tin do cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế ghi chú trên Danh mục miễn thuế; Danh mục quản lý của các cơ quan chuyên ngành; Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được; các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan, các Bộ quản lý chuyên ngành; dữ liệu điện tử trên các hệ thống của cơ quan hải quan; các tài liệu, dữ liệu khác có liên quan do cơ quan hải quan thu thập được (nếu có).

đ) Riêng đối với trường hợp phải kiểm tra thực tế hàng hóa nhập khẩu, công chức căn cứ vào kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa đối chiếu với các thông tin nêu tại điểm a, b, c, d khoản này làm căn cứ để xử lý thuế.

3. Kết quả kiểm tra xác định đủ điều kiện miễn thuế, công chức xử lý hồ sơ thực hiện các bước theo quy định tại điểm a khoản 1, điểm a khoản 2 Điều 10 Quy trình này.

Trường hợp không đủ điều kiện miễn thuế, công chức xử lý hồ sơ thực hiện các bước theo quy định tại điểm b khoản 1, điểm b khoản 2 Điều 10 Quy trình này

Điều 10. Xử lý hồ sơ miễn thuế

1. Đối với tờ khai hải quan điện tử

a) Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện:

a.1) Đề xuất Lãnh đạo đơn vị xử lý miễn thuế tại ô “Cập nhật kết quả và ý kiến của công chức xử lý” trên hệ thống.

a.2) Sau khi lãnh đạo đơn vị phê duyệt tại ô “Ý kiến của Lãnh đạo” thì chấp nhận thông tin tờ khai và chuyển sang thực hiện các công việc tiếp theo của quy trình thủ tục hải quan. Việc xử lý miễn thuế được thực hiện ngay trong thông quan.

Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục hải quan thì thủ tục hải quan nhập khẩu được thực hiện tại Chi cục Hải quan nơi được giao quản lý địa bàn lắp đặt tổ hợp, dây chuyền. Tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, hàng hóa được kê khai chi tiết trên tờ khai hải quan và được ghi rõ thuộc tổ hợp, dây chuyền nào của Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan hải quan. Trường hợp không kê khai chi tiết được trên tờ khai thì hàng hóa nhập khẩu phải được lập bảng kê chi tiết đính kèm vào tờ khai hải quan.

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa mở sổ theo dõi riêng đối với hàng hóa nhập khẩu theo tổ hợp, dây chuyền để cập nhật cụ thể số lượng, tên hàng, mã số, đơn vị tính, trị giá theo các tờ khai hải quan.

Lưu ý:

(i) Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế điện tử:

Hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng hóa đã được miễn thuế tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.

(ii) Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế bằng giấy:

Công chức kiểm tra số, ngày Danh mục miễn thuế tại ô ghi chú trên tờ khai hải quan.

Công chức cập nhật số lượng, theo dõi trừ lùi hàng hóa đã nhập khẩu miễn thuế vào bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của chủ dự án và ký xác nhận theo quy định, lưu 01 bản chụp Danh mục miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi đã ghi rõ tên hàng, số lượng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu cùng hồ sơ nhập khẩu (bao gồm cả trường hợp hàng hóa của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác).

Hết lượng hàng hóa nhập khẩu ghi trong Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận lên bản chính Phiếu theo dõi trừ lùi của người khai hải quan, lưu 01 bản chụp, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp và gửi bản chính đến cơ quan hải quan nơi cấp Phiếu theo dõi trừ lùi. Trường hợp cơ quan hải quan nơi thông báo Danh mục đồng thời là cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng, sau khi đã xác nhận hết lượng hàng hóa nhập khẩu trong Phiếu theo dõi trừ lùi thì lưu bản chính để thực hiện kiểm tra việc nhập khẩu, sử dụng hàng hóa miễn thuế, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp.

Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền, phải nhập khẩu làm nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp, dây chuyền hoàn chỉnh, không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu thì thực hiện trừ lùi sau khi kết thúc việc nhập khẩu hàng hóa của tổ hợp, dây chuyền. Trong thời hạn 15 ngày kể từ khi kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận bản tổng hợp các tờ khai đã nhập khẩu hàng hóa miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền để kiểm tra và trừ lùi số lượng của từng tổ hợp, dây chuyền trên Phiếu theo dõi trừ lùi.

b) Trường hợp hồ sơ không/chưa đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện:

b.1) Đề xuất Lãnh đạo đơn vị về việc không/chưa đủ điều kiện miễn thuế (tương ứng từng trường hợp, công chức đề xuất: yêu cầu người khai hải quan bổ sung hồ sơ, tài liệu; giải trình (ghi rõ tài liệu cần bổ sung, giải trình); không được miễn thuế) tại ô “Cập nhật kết quả và ý kiến của công chức xử lý” trên hệ thống;

b.2) Sau khi lãnh đạo đơn vị phê duyệt tại ô “Ý kiến của Lãnh đạo” thì thông báo cho người khai hải quan thông qua nghiệp vụ IDA01/EDA01 (mã A). Trường hợp không đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện các thủ tục để thu thuế và xử lý theo quy định.

Sau khi người khai hải quan bổ sung, giải trình hồ sơ, tài liệu, công chức xử lý hồ sơ thực hiện tuần tự các công việc theo hướng dẫn tại Điều 9, Điều 10 Quy trình này.

Trường hợp chủ dự án giải trình trực tiếp với cơ quan hải quan, công chức xử lý hồ sơ lập biên bản làm việc theo mẫu số 18/BBLV/TXNK được quy định tại Phụ lục III Thông tư 39/2018/TT-BTC thay thế Phụ lục VI Thông tư số 38/2015/TT-BTC .

2. Đối với tờ khai hải quan giấy

a) Trường hợp đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện:

a.1) Lập Tờ trình về việc hàng hóa đủ điều kiện miễn thuế theo mẫu số 02/TT/TXNK ban hành kèm theo Quy trình này kèm hồ sơ báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt;

a.2) Sau khi lãnh đạo đơn vị phê duyệt, công chức xử lý hồ sơ lưu Tờ trình vào hồ sơ miễn thuế, thực hiện xử lý miễn thuế ngay trong thông quan, ký tên, đóng dấu công chức và chuyển sang thực hiện các công việc tiếp theo của quy trình thủ tục hải quan.

Lưu ý:

(i) Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế điện tử:

Công chức kiểm tra số, ngày Danh mục miễn thuế tại ô “Mô tả hàng hóa” trên tờ khai hải quan.

Công chức hướng dẫn; doanh nghiệp thực hiện nghiệp vụ điều chỉnh Danh mục miễn thuế tương ứng với số lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu và mở sổ theo dõi đối với các trường hợp này.

Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu có trách nhiệm thông báo với cơ quan hải quan nơi thông báo Danh mục miễn thuế về việc đã giải quyết miễn thuế theo tờ khai hải quan giấy, làm căn cứ để cơ quan hải quan nơi thông báo Danh mục miễn thuế chấp nhận điều chỉnh Danh mục miễn thuế theo đề nghị của chủ dự án.

(ii) Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy:

Cơ quan hải quan kiểm tra số, ngày Danh mục miễn thuế tại ô “Mô tả hàng hóa” trên tờ khai hải quan.

Công chức cập nhật số lượng, theo dõi trừ lùi hàng hóa đã nhập khẩu miễn thuế vào bản chính Phiếu theo dõi trừ lùi của chủ dự án và ký xác nhận theo quy định, lưu 01 bản chụp Danh mục miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi đã ghi rõ tên hàng, số lượng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu cùng hồ sơ nhập khẩu (bao gồm cả trường hợp hàng hóa của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác).

Hết lượng hàng hóa nhập khẩu ghi trong Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận lên bản chính Phiếu theo dõi trừ lùi của người khai hải quan, lưu 01 bản chụp, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp và gửi bản chính đến cơ quan hải quan thông báo Danh mục miễn thuế. Trường hợp cơ quan hải quan nơi thông báo Danh mục miễn thuế, đồng thời là cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng, sau khi đã xác nhận hết lượng hàng hóa nhập khẩu trong Phiếu theo dõi trừ lùi thì lưu bản chính để thực hiện kiểm tra việc nhập khẩu, sử dụng hàng hóa miễn thuế, cấp cho người khai hải quan 01 bản chụp.

b) Trường hợp không/chưa đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện:

b.1) Lập Tờ trình về việc hàng hóa không/chưa đủ điều kiện miễn thuế theo mẫu số 02/TT/TXNK ban hành kèm theo Quy trình này, tương ứng từng trường hợp, công chức đề xuất: yêu cầu người khai hải quan bổ sung, giải trình hồ sơ, tài liệu (ghi rõ tài liệu cần bổ sung, giải trình) hoặc không được miễn thuế và dự thảo văn bản thông báo, yêu cầu bổ sung, giải trình hồ sơ trong đó ghi rõ tài liệu cần bổ sung, giải trình theo mẫu số 11/TBBSHS/TXNK được quy định tại Phụ lục III Thông tư 39/2018/TT-BTC thay thế Phụ lục VI Thông tư số 38/2015/TT-BTC hoặc dự thảo văn bản thông báo không thuộc đối tượng miễn thuế theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK quy định tại Phụ lục III Thông tư 39/2018/TT-BTC thay thế Phụ lục VI Thông tư số 38/2015/TT-BTC kèm hồ sơ báo cáo lãnh đạo bộ phận trình lãnh đạo đơn vị phê duyệt;

b.2) Sau khi lãnh đạo đơn vị phê duyệt, công chức xử lý hồ sơ lưu Tờ trình vào hồ sơ miễn thuế, chuyển bộ phận văn thư phát hành văn bản thông báo cho người khai hải quan biết và chuyển sang thực hiện các công việc tiếp theo của quy trình thủ tục hải quan. Trường hợp không đủ điều kiện miễn thuế, công chức thực hiện các thủ tục để thu thuế và xử lý theo quy định.

Sau khi người khai hải quan bổ sung, giải trình hồ sơ, tài liệu, công chức xử lý hồ sơ thực hiện tuần tự các công việc theo hướng dẫn tại Điều 9, Điều 10 Quy trình này.

Trường hợp chủ dự án giải trình trực tiếp với cơ quan hải quan, công chức xử lý hồ sơ lập biên bản làm việc theo mẫu số 18/BBLV/TXNK quy định tại Phụ lục III Thông tư 39/2018/TT-BTC thay thế Phụ lục VI Thông tư số 38/2015/TT-BTC .

Điều 11. Kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu

Việc báo cáo, kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 106 Thông tư 38/2015/TT-BTC; thủ tục, trình tự kiểm tra thực hiện theo quy định tại khoản 74 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT- BTC.

Trên đây là nội dung quy định về thủ tục miễn thuế hàng hóa nhập khẩu trong thông quan. Để hiểu rõ hơn về vấn đề này, bạn nên tham khảo thêm tại Quyết định 1919/QĐ-TCHQ năm 2018.

Trân trọng!