Cơ quan có thẩm quyền có được tiến hành thanh tra khi vụ việc cơ quan điều tra đang thụ lý, giải quyết không?

Theo quy định tại Điều 62, 63 Luật xử lý vi phạm hành chính 2012:  
"Điều 62. Chuyển hồ sơ vụ vi phạm có dấu hiệu tội phạm để truy cứu trách nhiệm hình sự  
1. Khi xem xét vụ vi phạm để quyết định xử phạt vi phạm hành chính, nếu xét thấy hành vi vi phạm có dấu hiệu tội phạm, thì người có thẩm quyền xử phạt phải chuyển ngay hồ sơ vụ vi phạm cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự.  
2. Trong quá trình thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính, nếu hành vi vi phạm được phát hiện có dấu hiệu tội phạm mà chưa hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự thì người đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính phải ra quyết định tạm đình chỉ thi hành quyết định đó và trong thời hạn 03 ngày, kể từ ngày tạm đình chỉ phải chuyển hồ sơ vụ vi phạm cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự; trường hợp đã thi hành xong quyết định xử phạt thì người đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính phải chuyển hồ sơ vụ vi phạm cho cơ quan tiến hành tố tụng hình sự.  
Điều 63. Chuyển hồ sơ vụ vi phạm để xử phạt hành chính  
1. Đối với vụ việc do cơ quan tiến hành tố tụng hình sự thụ lý, giải quyết, nhưng sau đó lại có quyết định không khởi tố vụ án hình sự, quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố vụ án hình sự, quyết định đình chỉ điều tra hoặc quyết định đình chỉ vụ án, nếu hành vi có dấu hiệu vi phạm hành chính, thì trong thời hạn 03 ngày, kể từ ngày ra quyết định, cơ quan tiến hành tố tụng hình sự phải chuyển các quyết định nêu trên kèm theo hồ sơ, tang vật, phương tiện của vụ vi phạm và đề nghị xử phạt vi phạm hành chính đến người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính".  
Từ các quy định trên cho thấy vụ việc vi phạm có dấu hiệu tội phạm, cơ quan điều tra đang thụ lý, giải quyết thì người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính không được xử phạt hành chính nếu chưa ban hành quyết định xử phạt.   
- Về việc cơ quan Thanh tra không được Thanh tra khi vụ việc có dấu hiệu tội phạm đang do cơ điều tra thụ lý, giải quyết thì pháp luật chuyên ngành chung là Luật Thanh tra 2010 và các VB hướng dẫn không quy định cụ thể. Luật Thanh tra chỉ quy định trường hợp trong quá trình thanh tra, phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan Thanh tra có trách nhiệm chuyển hồ sơ vụ việc cho cơ quan điều tra giải quyết.  
Pháp luật chuyên ngành từng lĩnh vực thì tôi chỉ tìm được lĩnh vực về thuế theo Điểm g Khoản 1.2 mục II phần II Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015 về Quy trình thanh tra thuế do Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế ban hành ngày 28/07/2015:  "Trường hợp Quyết định thanh tra đã được ký ban hành nhưng vì lý do bất khả kháng không tiến hành được thanh tra (phải bãi bỏ thanh tra) như: Người nộp với lý do bất khả kháng, hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền đang điều tra thì Trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo Lãnh đạo Bộ phận thanh tra trình Lãnh đạo cơ quan thuế ký ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định thanh tra thuế theo mẫu (số 19/KTTT ban hành theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính)."