Bộ Tài chính đã trao đổi với Ngân hàng Nhà nước Việt Nam nhằm xác định rõ các trường hợp thanh toán đối với hàng hoá xuất khẩu thông qua tài khoản vãng lai của bên nước ngoài mở tại các ngân hàng ở Việt Nam. Tại công văn số 8990/NHNN-QLNH ngày 17/11/2009 (bản photocopy đính kèm), Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã xác định: “...hình thức thanh toán thông qua tài khoản vãng lai của chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc cá nhân kinh doanh để thanh toán hàng hoá mua của doanh nghiệp Việt Nam được xác định là thanh toán qua ngân hàng (việc thanh toán này phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu, phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng)...”
Đề nghị các Cục Thuế căn cứ vào hướng dẫn về trường hợp thanh toán hàng hoá xuất khẩu qua tài khoản vãng lai của Ngân hàng Nhà nước nêu trên để xem xét và giải quyết đối với các trường hợp xuất khẩu hàng hoá thanh toán qua tài khoản vãng lai.
Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT hàng hoá xuất khẩu thanh toán thông qua tài khoản vãng lai của các Cục Thuế đã giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại công văn số 14752/BTC-TCT, đề nghị Cục Thuế các tỉnh, thành phố:
- Kiểm tra cụ thể từng trường hợp, xác định rõ các trường hợp đúng, đủ điều kiện được hoàn để giải quyết hoàn thuế; các trường hợp không đúng, không đủ điều kiện thì phải thu hồi số tiền thuế đã hoàn.
- Khi kiểm tra hồ sơ hoàn thuế hàng hoá xuất khẩu thanh toán qua tài khoản vãng lai thấy có dấu hiệu không bình thường cần phối hợp với ngân hàng nơi người xuất khẩu mở tài khoản vãng lai để kiểm tra nguồn tiền và tình hình thanh toán qua tài khoản này.