Thuốc
thử
|
Nồng
độ cuối
(trong
25 µl)
|
Thể
tích trên phản ứng
(µl)
|
5 x hỗn hợp phản ứng Ultrasense
|
1×
|
5 ±
0,1
|
Mồi FW
|
0,5
pmol/µl
|
Theo
yêu cầu
|
Mồi REV
|
0,9
pmol/µl
|
Theo
yêu cầu
|
Mẫu dò
|
0,25
pmol/µl
|
Theo
yêu cầu
|
Chất nhuộm màu chuẩn ROX (50×)
|
Theo
yêu cầua
|
Theo
yêu cầu
|
Hỗn hợp enzym Ultrasense ARN
|
—
|
1,25
± 0,05
|
Nước (5.2.1)
|
—
|
Theo
yêu cầu
|
Tổng thể tích
|
—
|
20
± 0,2
|
a Máy real-time PCR Biosystems
Applied, ROX sử dụng ở nồng độ 1× ; đối với Stratagen MX3000, ROX có thể cũng
được sử dụng ở nồng độ 0,1× hoặc bỏ qua hỗn hợp mastermix. Đối với máy khác, tham
khảo hướng dẫn của nhà sản xuất.
Máy real-time PCR Biosystems
Applied và Stratagen MX3000 là các sản phẩm thích hợp có bán sẵn. Thông tin
này đưa ra tạo thuận tiện cho người sử dụng tiêu chuẩn này và không ấn định
phải sử dụng chúng.
|
Bảng
B.2 - Thông số chu trình
Mô
tả các bước
Nhiệt
độ và thời gian
Số
chu trình
RT
55
oC trong 1 h
1
Gia
nhiệt trước
95
oC trong 5 min
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Khuếch
đại
Biến
tính
95
oC trong 15 s
45
Bắt
cặp-kéo dài
60
oC trong 1 min
65
oC trong 1 min
Phụ lục C
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Mồi real-time RT-PCR và mẫu dò thủy phân để
phát hiện HAV, norovirus GI, norovirus GII và virus mengo (kiểm soát quá trình)
C.1 HAV
HAV68 (FW)
TCA CCG CCG TTT GCC TAG
Tài liệu tham khảo [2]
HAV240 (REV)
GGA GAG CCC TGG AAG AAA G
Tài liệu tham khảo [2]
HAV150 (-) (PROBE):
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Tài liệu tham khảo [2]
Mẫu dò được dán nhãn: tại đầu 5’
với 6-carboxyfluorescein (FAM); tại đầu 3’ với MGBNFQ (chất kết dính phụ/chất
hấp thụ không huỳnh quang).
Bộ mồi này khuếch đại sản phẩm có
kích thước 173 bp tương ứng với 68-240 nucleotid của HAV phân lập HM174 43c (số
đăng ký Ngân hàng Gen M59809).
Dãy trình tự sử dụng tất cả trình
tự có sẵn trong Ngân hàng gen của phép phân tích vùng đích chứng minh rằng cặp mồi
và mẫu dò này đủ để định lượng tất cả các kiểu gen của HAV. Ngoài ra, phép phân
tích phổ đột biến của một gen các chủng biến đổi cho thấy vùng này không dễ thay
đổi và phép phân tích này sẽ ổn định lâu dài. Tính đặc hiệu của các mồi đã được
kiểm chứng bằng 10 piconavirus khác nhau: poliovirus (chủng vacin huyết thanh typ
1); enterovirus B ở người (echovirus typ1); enterovirus B ở người (echovirus
typ 11); enterovirus B ở người (echovirus typ 30); enterovirus B ở người
(Coxsackie virus-B5); enterovirus C ở người (Coxsackie virus-A24); enterovirus
D ở người (eterovirus 70); enterovirus ở bò; teschovirus ở lợn (enterovirus typ
1 ở bò) và virus encephalomyocarditis. Virus enteric khác cũng được sử dụng như:
virus hespatitis E, rotavirus người và bò (nhóm A), norovirus, mamastrovirus
(astrovirus typ 1 ở người) và adenovirus F ở người (enteric adenovirus typ 40).
Không có phép thử virus nào cho kết quả dương cũng như ở nồng độ cao (106
đến 108 TCID50/ml hoặc cặn huyền phù không pha loãng 0,1 g/ml) hoặc nồng
độ thấp (104 TCID50/ml hoặc cặn huyền phù 0,1 g/ml của dịch pha loãng ở độ pha loãng
10-1). LOD của phép phân tích là 10 phân tử ssARN, 1 phân tử ARN và
0,05 virus lây nhiễm trên phản ứng (Tài liệu tham khảo [2]).
C.2 Norovirus GI
QNIF4 (FW)
CGC TGG ATG CGN TTC CAT
Tài liệu tham khảo [3]
NV1LCR (REV)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Tài liệu tham khảo [4]
NVGG1p (PROBE):
TGG ACA GGA GAY CGC RAT CT
Tài liệu tham khảo [4]
Mẫu dò được dán nhãn: tại đầu 5’
với 6-carboxyfluorescein (FAM); tại đầu 3’ với 6-carboxytetrametylrhodamin (TAMRA).
Bộ mồi này khuếch đại sản phẩm có
kích thước 86 bp tương ứng với 5291-5376 nucleotid của Norwalk virus (số đăng ký
Ngân hàng Gen M87661).
C.3 Norovirus GII
QNIF2 (FW)
ATG TTC AGR TGG ATG AGR TTC TCW
GA
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
COG2R (REV)
TCG ACG CCA TCT TCA TTC ACA
Tài liệu tham khảo [6]
QNIFs (PROBE):
AGC ACG TGG GAG GGC GAT CG
Tài liệu tham khảo [5]
Mẫu dò được dán nhãn: tại đầu 5’
với 6-carboxyfluorescein (FAM); tại đầu 3’ với 6-carboxytetrametylrhodamin (TAMRA).
Bộ mồi này khuếch đại sản phẩm kích
thước 89 bp tương ứng với 5012-5100 nucleotid của Lordsdale virus (số đăng ký
Ngân hàng Gen X86557).
Diện tích được chọn để phát hiện
norovirus là vùng bảo tồn tốt tại đầu 5’ của ORF2 (Tài liệu tham khảo [6]). Các
dãy trình tự sử dụng tất cả các trình tự có sẵn trong Ngân hàng gen của phép phân
tích vùng đích chứng minh rằng bộ mồi và mẫu dò này đủ để định lượng tất cả Nov
GI và Nov GII tương ứng. Ngoài ra, sử dụng 18 chủng NoV chuẩn: GI.1 (Norwalk
virus); GI.2 (Whiterose); GI.3 (Southampton); GI.4 (Malta); GI.5 (Musgrove);
GI.6 (Mikkeli); GI.7 (Winchester); GI.10 (Boxer), GII.1 (Hawaii); GII.2
(Melksham); GII.3 (Toronto); GII.4 (Grismby); GII.6 (Seacroft); GII.7 (Leeds);
GII.10 (Erfurt); biến thể GIIb; biến thể GIIc và GIV (Alphatron) để kiểm chứng
hiệu quả và độ nhạy của mồi và mẫu dò.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
C.4 Virus mengo
Mengo 110 (FW):
GCG GGT CCT GCC GAA AGT
Tài liệu tham khảo [8]
Mengo 209 (REV)
GAA GTA ACA TAT AGA CAG ACG CAC
AC
Tài liệu tham khảo [8]
Mengo 147 (PROBE):
ATC ACA TTA CTG GCC GAA CG
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Mẫu dò được dán nhãn: tại đầu 5’
với 6-carboxyfluorescein (FAM); tại đầu 3’ với MGBNFQ (chất kết dính phụ/chất
hấp thụ không huỳnh quang).
Bộ mồi này khuếch đại sản phẩm có
kích thước 100 bp tương ứng với 110-209 nucleotid của chủng virus mengo tái tổ hợp
MC0 được dùng trong tiêu chuẩn này. Chủng này tương ứng với 110-270
nicleotid của virus mengo không tái tổ hợp phân lập M (số đăng ký Ngân hàng Gen
L22089).
Lựa chọn vùng đích để định lượng
virus mengo càng giống với HAV càng tốt về cấu trúc, chiều dài và thành phần cơ
bản (Tài liệu tham khảo [2]). Các trình tự mồi này không giống bất kỳ trình tự
nào khác có sẵn trong Ngân hàng Gen.
Phụ lục D
(Tham khảo)
Sự phát triển của chủng virus mengo MC0
được dùng để kiểm soát quá trình
D.1. Yêu cầu chung
Virus mengo là một virus murine của
họ Picoranviridae. Chủng virus mengo MC0 (ATCCÒ VR-1597 TM)2) là một
virus tái tổ hợp không có ống poly(C) khi so sánh với virus mengo tự nhiên, có
đặc tính phát triển giống với virus tự nhiên nhưng có kiểu hình của vi khuẩn không
độc (Tài liệu tham khảo [9]). Chủng này được sử dụng làm virus kiểm soát quá
trình trong phương pháp phát hiện HAV và norovirus (Tài liệu tham khảo [2] [7])
và đã được sử dụng làm virus kiểm soát quá trình.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
D.2. Thuốc thử và thiết bị, dụng
cụ
D.2.1. Môi trường nuôi cấy
tế bào khuyến cáo đối với tế bào HeLa là môi trường thiết yếu tối thiểu của
Eagle có 2 mmol/l L-glutamin và BSS của Earle, chỉnh đến 1,5 g/l natri
hydrocarbonat, 0,1 mmol/l axit amin không thiết yếu, 1,0 mmol/l natri pyruvat, dung
dịch 1× streptomycin/penicillin, 100 ml/l (phát triển) hoặc 20 ml/l (duy trì)
huyết thanh phôi thai bò.
D.2.2. Để chuẩn bị nuôi cấy
tế bào và phát triển virus, cần có các thiết bị nuôi cấy tế bào cần có: máy ủ
có mức CO2 có thể kiểm soát được và vật liệu nuôi cấy tế bào (bình
v.v...).
D.3. Cách tiến hành
Virus mengo sẽ phát triển trong môi
trường (50 ± 10) ml/l CO2 (bình mở) hoặc môi trường không kiểm soát (bình
đóng) trên 80 % đến 90 % lớp đơn suy biến của tế bào HeLa (ATCCÒ CCL-2TM)2) cho
đến khi đạt được hiệu ứng tế bào ít nhất là 75 %.
Đưa bình nuôi cấy tế bào vào một
chu trình rã đông, sau đó ly tâm lượng chứa trong bình ở 3 000 x g trong (10 ±
1) min.
Giữ lại phần nổi phía trên (nuôi
cấy tế bào) để chuẩn bị vật liệu của virus kiểm soát quá trình (5.3.6).
Phụ lục E
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Tách chiết ARN sử dụng hệ thống BioMerieux
NuclisensÒ3)
E.1. Thuốc thử
E.1.1. Dung dịch đệm lysin
BioMerieux NuclisensÒ.
E.1.2. Thuốc thử chiết từ tính
BioMerieux NuclisensÒ
(gồm dung dịch silica từ tính, dung dịch đệm rửa 1, 2, 3 và dung dịch đệm
rửa giải).
E.2. Thiết bị, dụng cụ
E.2.1. Thiết bị miniMAG hoặc
easyMAG BioMerieux NuclisensÒ.
E.2.2. Giá từ tính BioMerieux
NuclisensÒ.
E.2.3. Máy ủ lắc nhiệt hoặc
thiết bị tương đương để lắc ống 1,5 ml ở (60 ± 2) 0C và lắc khoảng 1
400 dao động/min.
E.2.4. Ống có nắp vặn, dung
tích 1,5 ml, thích hợp để sử dụng với thiết bị NucliSensÒ.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Cho (2 ± 0,1) ml dung dịch đệm phân
giải NucliSensÒ vào ống. Thêm
(500 ± 10) µl mẫu (BMS) hoặc toàn bộ mẫu (các nền mẫu khác) và trộn bằng cách lắc
nhẹ.
Ủ trong (10 ± 1) min ở nhiệt độ
phòng.
Thêm (50 ± 2) µl dung dịch silica
từ tính đã trộn kỹ vào ống và trộn bằng cách lắc nhẹ. Ủ trong (10 ± 1) min ở
nhiệt độ phòng.
Ly tâm (120 ± 10) s ở 1 500 x g sau
đó loại bỏ cẩn thận lớp huyền phù phía trên bằng cách, ví dụ: bằng cách hút.
Thêm (400 ± 10) µl dung dịch đệm rửa
1 và hòa lại các hạt nhỏ bằng cách nhỏ giọt hoặc lắc.
Chuyển dung dịch huyền phù vào ống
có nắp vặn 1,5 ml. Rửa trong (30 ± 2) s, sử dụng hệ thống chiết miniMAG hoặc easyMAG
có các bước rửa tự động. Sau khi rửa, để silica lắng xuống sử dụng khối từ của hệ
thống chiết miniMAG hoặc easyMAG. Lấy phần nổi phía trên ra, ví dụ: bằng cách hút.
Tách ống khỏi khối từ, sau đó thêm (400
± 10) µl dung dịch đệm rửa 1. Hòa lại các hạt nhỏ, rửa trong (30 ± 2) s, để
silica lắng xuống, sử dụng khối từ, sau đó loại bỏ phần nổi phía trên.
Tách ống khỏi khối từ, sau đó thêm (500
± 10) µl dung dịch đệm rửa 2. Hòa lại các hạt nhỏ, rửa trong (30 ± 2) s, để
silica lắng xuống, sử dụng khối từ, sau đó loại bỏ phần nổi phía trên. Tiến
hành lặp lại.
Tách ống khỏi khối từ, sau đó thêm (500
± 10) µl dung dịch đệm rửa 3 (mẫu phải không được để trong dung dịch đệm rửa 3
nhiều hơn số lần cần thiết). Rửa trong (15 ± 1) s, để silica lắng xuống, sử
dụng khối từ, sau đó loại bỏ phần nổi phía trên.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đặt ống vào giá từ tính và để
silica lắng xuống, sau đó chuyển chất rửa giải vào ống sạch.
Phụ lục F
(Quy định)
Thành phần và cách chuẩn bị thuốc thử và
dung dịch đệm
F.1. Dung dịch 5× PEG/NaCl (500
g/l PEG 8 000, 1,5 mol/l NaCl)
F.1.1. Thành phần
Polyetylen (PEG) 8 000
(500 ± 2) g
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
(87 ± 1) g
Nước (5.2.1)
theo yêu cầu
F.1.2. Chuẩn bị
Hòa tan các thành phần trên trong
(450 ± 5) ml nước (5.2.1), gia nhiệt nhẹ nếu cần. Chỉnh thể tích đến (1 000 ±
10) ml bằng nước và trộn kỹ. Khử trùng bằng hấp áp lực.
F.2. Hỗn hợp cloroform/butanol
F.2.1. Thành phần
Cloroform
(10 ± 0,1) ml
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
(10 ± 0,1) ml
F.2.2. Chuẩn bị
Trộn các thành phần trên với nhau.
F.3. Dung dịch proteinase K
F.3.1. Thành phần
Proteinase K (30 U/mg)
(20 ± 0,1) mg
Nước (5.2.1)
(200 ± 2) ml
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Hòa tan proteinase K trong nước. Trộn
kỹ.
Bảo quản với các lượng để sử dụng ở
(-20 ± 5) oC trong tối đa 6 tháng. Khi được rã đông, bảo quản ở (4 ±
2) oC và dùng trong 1 tuần.
F.4. Muối đệm phosphat (PBS)
F.4.1. Thành phần
NaCl
(8,0 ± 0,1) g
Kali clorua
(0,2 ± 0,01) g
Dinatri hydrophosphat
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Kali dihydrophosphat
(0,2 ± 0,01) g
Nước (5.2.1)
(1 000 ± 2) ml
F.4.2. Chuẩn bị
Hòa tan các thành phần trên trong
nước, chỉnh đến pH 7,3 ± 0,2 ở 25 oC, nếu cần. Khử trùng bằng hấp áp
lực, nếu cần.
F.5. Đệm Tris/glyxin/chất chiết
thịt bò (TGBE)
F.5.1. Thành phần
Tris base [tris(hydroxymetyl)aminometan]
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Glyxin
(3,8 ± 0,1) g
Chất chiết thịt bò
(10 ± 0,1) g
Nước (5.2.1)
(1 000 ± 1) ml
F.5.2. Chuẩn bị
Hòa tan các thành phần trên trong
nước, chỉnh đến pH 9,5 ± 0,2 ở 25 oC, nếu cần. Khử trùng bằng hấp áp
lực, nếu cần.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
(Tham khảo)
Quá trình tạo các gốc ARN kiểm soát bên
ngoài (EC ARN)
G.1. Yêu cầu chung
Các plasmid kiểm soát được tạo thành
bằng cách thắt trình tự ADN đích thành một vector plasmid thích hợp sao cho trình
tự đích là xuôi của trình tự xúc tác đối với ARN polymerase.
G.2. Thuốc thử và thiết bị, dụng
cụ
G.2.1. Enzym giới hạn dùng
để tạo tuyến tính và các dung dịch đệm kết hợp.
G.2.2. Thuốc thử tinh sạch PCR.
G.2.3. Thuốc thử chuyển hóa In
vitro ARN (ARN polymerase, NTP, dung dịch đệm v.v…)
G.2.4. DNase không chứa RNase.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
G.2.6. Thuốc thử và thiết bị
điện di trên gel ADN.
G.2.7. Thuốc thử và thiết bị
real-time RT-PCR một bước (sử dụng mẫu dò thủy phân).
G.2.8. Tủ ấm, có thể duy trì
ở (37 ± 1) 0C
G.3. Tạo tuyến tính ADN plasmid
Cho 100 ng đến 500 ng ADN plasmid kiểm
soát đã tinh sạch vào hỗn hợp phản ứng chứa enzym giới hạn thích hợp (để có
tuyến tính plasmid ở điểm bắt đầu xuôi của trình tự đích) và các dung dịch đệm
theo khuyến cáo của nhà sản xuất enzym.
Ủ ở (37 ± 1) 0C trong
(120 ± 5) min.
Tinh sạch ADN từ hỗn hợp mastermix
sử dụng thuốc thử tinh sạch PCR, rửa giải trong (50 ± 0,5) µl dung dịch đệm rửa
giải.
Kiểm tra độ tuyến tính sử dụng điện
di gel (so sánh chất lỏng được tinh sạch đã tuyến tính với plasmid không tuyến tính).
H.4. Phiên mã ARN in vitro
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Ủ ở (37 ± 1) 0C trong
(120 ± 5) min.
Tinh sạch ARN sử dụng thuốc thử
tinh sạch ARN, rửa giải trong (100 ± 1) µl nước (5.2.1).
G.5. Kiểm tra việc nhiễm ADN
Chuẩn bị hỗn hợp mastermix
real-time RT-PCR đích đặc hiệu (5.3.7), tách thành hai phần và bất hoạt enzym RT
trong một phần bằng cách gia nhiệt ở (95 ± 2) oC trong (5,0 ± 0,5)
min.
Dùng cả hai phần hỗn hợp mastemix
phụ thuộc EC ARN gốc vào real-time RT-PCR dọc theo dãy dịch pha loãng dsADN làm
đường chuẩn (8.4).
Nếu mức có thể phát hiện được trong
phần EC ARN gốc được thử nghiện với hỗn hợp mastemix đã xử lý nhiệt lớn hơn 0,1
% so với mức trong phần mẫu thử với hỗn hợp mastermix chưa xử lý nhiệt (nếu
chênh lệch Cq giữa EC ARN gốc được thử với hỗn hợp mastermix xử lý
nhiệt và hỗn hợp mastermix chưa xử lý nhiệt nhỏ hơn 10 đối với đường chuẩn
dsADN có độ dốc lý tưởng -3,32) thì EC ARN gốc bị nhiễm ADN và phải được xử lý
lại bằng DNase (H.3). Nếu mức phát hiện nhỏ hơn 0,1 % thì bảo quản ở (-20 ± 5) oC
cho đến khi cần để chuẩn bị vật liệu kiểm soát EC ARN (5.3.8).
G.6. Định lượng EC ARN
Sử dụng máy đo quang phổ xác định
độ hấp thụ của EC ARN gốc đã xử lý DNase ở bước sóng 260 nm.
Nhân độ hấp thụ đọc được với 4 x 10-8
để được nồng độ của ARN, tính bằng gam trên microlit.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Khối lượng của từng phân tử ARN có
thể tính được bằng cách nhân chiều dài ARN trong ribonucleotid với 320,5 (khối
lượng phân tử tương đối trung bình của ribonucleotid ) và chia cho hệ số Avogadro
(6,02 x 1023), ví dụ: phân tử ARN của 200 ribonucleotid có khối
lượng là 1,06 x 10-19 g.
Phụ lục H
(Tham khảo)
Sơ đồ đĩa quang điển hình
THƯ
MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1] BOOM R., SOL C.J., SALIMANS
M.M., JANSEN C.L., WERTHEIM-VAN DILLEN P.M., VAN DER NOORDAA J. Rapid and
simple method for purification of nucleic acids. J. Clin. Microbiol.
1990, 28pp. 495-503.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
[3] dA SILVA A.K., LE SAUX J.C.,
PARNAUDEAU S., POMMEPUY M., ELIMELECH M., LE GUYADER F.S. Evaluation of removal
of noroviruses during wastewater treatment, using real-time reverse
transcription-PCR: Different behaviors of genogroups I and II. Appl.
Environ. Microbiol. 2007, 73pp. 7891-7897.
[4] SVRAKA S., DUIZER E., VENNEMA
H., dE BRUIN E., VAN DER VEER B., DORRESTEIJN B. et al. Etiological role of
viruses in outbreaks of acute gastroenteritis in The Netherlands from 1994 through
2005. J. Clin. Microbiol. 2007, 45pp. 1389-1394.
[5] LOISY F., ATMAR R.L., GUILLON
P., LE CANN P., POMMEPUY M., LE GUYADER F.S. Real-time RT-PCR for norovirus
screening in shellfish. J. Virol. Methods. 2005, 123pp. 1-7.
[6] KACEYAMA T., KOJIMA S.,
SHINOHARA M., UCHIDA K., FUKUSHI S., HOSHINO F.B. et al. Broadly reactive and highly
sensitive assay for Norwalk-like viruses based on real-time quantitative reverse
transcription-PCR. J. Clin. Microbiol. 2003, 41pp. 1548-1557.
[7] LE GUYADER F.S., PARNAUDEAU S.,
SCHAEFFER J., BOSCH A., LOISY F., POMMEPUY M. et al. Detection and
quantification of noroviruses in shellfish. Appl. Environ. Microbiol.
2009, 75pp. 618-624.
[8] PINTO R.M., COSTAFREDA M.I.,
BOSCH A. Risk assessment in shellfish-borne outbreaks of hepatitis A. Appl.
Environ. Microbiol. 2009, 75pp. 7350-7355.
[9] MARTIN L.R., DUKE G.M., OSORIO J.E.,
HALL D.J., PALMENBERG A.C. Mutational analysis of the mengovirus poly(C) tract
and surrounding heteropolymeric sequences. J. Virol. 1996, 70pp.2027-2031.
[10] TCVN 6404 (ISO 7218), Vi
sinh vật trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi - Yêu cầu chung và hướng dẫn kiểm
tra vi sinh vật.
[11] ISO 22118, Microbiology of
food and animal feeding stuffs - Polymerase chain reaction (PCR) for the
detection and quantification of food-borne pathogens - Performance
characteristics.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
1)
Invitrogen RNA Ultrasense TM là tên thương mại của sản phẩm được
cung cấp từ Invitrogen. Thông tin này đưa ra tạo thuận tiện cho người tiêu
chuẩn này và không ấn định phải sử dụng chúng. Có thể sử dụng sản phẩm tương tự
nếu cho kết quả tương đương.
2)
ATCCÒ VR-1597 TM và ATCCÒ
CCL-2 TM là tên thương mại của sản phẩm được cung cấp từ Viện giữ
giống mẫu của Mỹ (American type culture collection). Thông tin này đưa ra tạo
thuận tiện cho người sử dụng tiêu chuẩn và không ấn định phải sử dụng chúng. Có
thể sử dụng các sản phẩm tương tự nếu được chứng minh là đáp ứng được các yêu
cầu của quy trình.
3)
BioMerieux NucliSensÒ là tên thương mại của sản phẩm được
cung cấp từ BioMerieux. Thông tin này đưa ra tạo thuận tiện cho người sử dụng
tiêu chuẩn và không ấn định phải sử dụng chúng. Có thể sử dụng các sản phẩm
tương tự nếu cho kết quả tương đương.