Tên
|
Trình tự ADN của
các oligonucleotid
|
Nồng độ cuối
trong PCR
|
Cấu trúc Tnos-dfr làm trình tự
đích (Tài liệu tham
khảo [1]);
|
NOST-Spec FW
|
5'-AgC gCg CAA ACT Agg ATA AA-3'
|
800 nmol/l
|
NOST-Spec RV
|
5'-ACC TTC Cgg CTC gAT gTC TA-3'
|
800 nmol/l
|
Đoạn dò NOST-Spec
|
5'-(FAM]-CgC gCg Cgg TgT CAT CTA
Tg-(BHQ)-3'a
|
100 nmol/l
|
a FAM: 6-Carboxyfluorescein, BHQ: Black
hole quencher.
|
CHÚ THÍCH Thuốc nhuộm reporter và/hoặc
thuốc nhuộm quencher tương đương có thể được sử dụng cho đoạn dò nếu chúng cho
kết quả tương tự hoặc tốt hơn.
5.2.4 ADN chuẩn để hiệu
chuẩn
Dung dịch ADN chuẩn có nồng độ đã biết
(ng/μl) được sử dụng để tính số lượng bản sao của trình tự đích Tnos-dfr.
Khi sử dụng ADN hệ gen của hạt lanh làm
ADN chuẩn, thì số đương lượng gen đơn bội trên microlit, nhgEq, phải được
tính dựa vào khối lượng phân tử của gen đơn bội hạt lanh xấp xỉ 0,7 pg (Tài liệu
tham khảo [2]) và sử dụng Công thức (1):
(1)
Trong đó:
[ADN] là nồng độ ADN tính bằng nanogam trên
microlit, (ng/μl);
mhg là khối lượng gen đơn
bội, tính bằng picogam (pg).
Trong phép thử nghiệm cộng tác,
plasmid đã được sử dụng làm ADN chuẩn, có chứa một bản sao của đoạn Tnos-dfr 105
bp và đoạn gen SAD lớn 68 bp, tương ứng. Do chưa biết số tích hợp chính xác của
cấu trúc Tnos-dfr trong sự kiện FP967 hạt lanh tại thời điểm xây dựng
tiêu chuẩn này, nên hàm lượng biến đổi gen đã tính chỉ là ước tính dựa trên
giả định rằng trình tự đích hiện
có là bản sao duy nhất cho mỗi gen đơn bội.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đối với thiết bị, dụng cụ và vật liệu thử,
xem TCVN 7605 (ISO 21569). Ngoài các thiết bị, dụng cụ của phòng thử nghiệm thông thường cần
có các thiết bị sau:
6.1 Thiết bị PCR
Thiết bị real-time PCR thích hợp cho việc
kích thích các phân tử huỳnh quang và phát hiện
các tín hiệu huỳnh quang tạo ra trong quá trình chạy PCR.
7 Lấy mẫu
Tất cả các mẫu phải được xác định rõ
ràng.
8 Cách tiến hành
8.1 Chuẩn bị mẫu thử
Cần đảm bảo rằng mẫu thử được sử dụng để
chiết ADN là mẫu đại diện của phòng thử nghiệm, ví dụ bằng cách nghiền hoặc đồng
hóa mẫu. Xem
trình tự đo và thực hiện theo quy định trong TCVN 7606 (ISO 21571) và TCVN 7608
(ISO 24276).
8.2 Chuẩn bị chất
chiết ADN
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
8.3 Chiết ADN
Nên thực hiện việc chiết ADN bằng phương
pháp CTAB với 1 g phần mẫu thử đồng nhất [xem A.3.1, TCVN 7606:2007 (ISO
21571:2005)].
Vì yêu cầu về độ tinh khiết nên cần thực
hiện thêm bước tinh sạch (lọc gel, ví dụ dùng cột micro spin).
Có thể sử dụng các phương pháp chiết và
tinh sạch khác (ví dụ: hệ thống bộ kít thử), sử dụng các phần mẫu thử nhỏ hơn,
nếu cần (Tài liệu tham khảo [1]).
8.4 Cài đặt PCR
Phương pháp này quy định tổng thể
tích là 25 μl trên mỗi phản ứng PCR. Sử dụng thuốc thử nêu trong Bảng 2.
Thuốc thử đã rã đông hoàn toàn ở nhiệt độ phòng và cần
được ly tâm nhanh trước khi sử dụng. Mỗi thuốc thử phải được trộn cẩn thận ngay
trước khi lấy bằng pipet. Hỗn hợp thuốc thử được chuẩn bị có chứa tất cả các
thành phần trừ mẫu ADN. Lượng hỗn hợp thuốc thử PCR phụ thuộc vào số phản ứng cần
thực hiện, nên lấy thêm ít nhất một lượng cho phản ứng bổ sung bằng pipet để dự
phòng. Sử dụng thể tích mẫu ADN là 5 μl.
Bảng 2 - Bổ
sung thuốc thử
Tổng thể tích phản ứng
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Mẫu ADN (đến 200 ng) hoặc mẫu kiểm chứng
5 μl
Dung dịch đệm PCR a (bao gồm
MgCI2, dNTP và hot-start ADN polymerase)
12,5 μl
Mồi
Xem Bảng 1
Đoạn dò
Xem Bảng 1
Nước
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
a Trong nghiên cứu cộng tác, TaqMan
Universal Mastermix (Applied Biosystems) được sử dụng làm dung dịch đệm PCR.
Thông tin này đưa ra tạo thuận
tiện cho người sử dụng tiêu chuẩn này và không ấn định phải sử dụng
chúng. Các sản phẩm tương tự từ
các nhà sản xuất khác có thể được sử dụng nếu chúng cho kết quả tương đương hoặc tốt
hơn. Nếu cần, đối chứng với
lượng chất thử và chương
trình nhiệt độ-thời gian.
Trộn hỗn hợp thuốc thử bằng ly tâm nhanh
và dùng pipet cho 20 μl vào mỗi bình phản ứng. Để kiểm soát thuốc thử PCR, thêm 5 μl nước vào
bình phản ứng tương ứng. Dùng pipet lấy 5 μl mẫu ADN hoặc 5 μl dung dịch kiểm
chứng (kiểm soát chiết mẫu trắng, kiểm soát ADN đích dương tính). Nếu cần, chuẩn
bị kiểm soát ức chế PCR như trong TCVN 7608 (ISO 24276).
Chuyển các ống phản ứng vào máy chu
trình nhiệt và khởi động chương
trình nhiệt độ-thời gian.
8.5 Chương trình
nhiệt độ-thời gian
Chương trình nhiệt độ-thời gian nêu
trong Bảng 3, đã được sử dụng trong nghiên cứu đánh giá xác nhận và được sử dụng
kết hợp với TaqMan Universal Mastermix. Việc sử dụng các điều kiện phản ứng và
các máy chu trình real-time
PCR khác nếu cần phải tối ưu hóa. Thời gian biến tính ban đầu phụ thuộc vào hỗn
hợp ban đầu được sử dụng.
Bảng 3 - Chương
trình nhiệt độ-thời gian
Bước
Thông số
Nhiệt độ
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Đo huỳnh
quang
Số chu trình
1
Biến tính ban
đầu
95 °C
10 min
không
1
2
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Biến tính
95 °C
15 s
không
45
Gắn mồi và kéo dài
60 °C
60s
có
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Chương trình phân tích dữ liệu thiết bị
đặc hiệu real-time PCR tương ứng được sử dụng để nhận biết các sản phẩm PCR.
Các kết quả khuếch đại có
thể được đưa ra theo cách khác, tùy thuộc vào thiết bị được sử dụng. Trong trường
hợp không có sản phẩm PCR được phát hiện (kết quả âm tính), ví dụ "chưa
xác định", "không khuếch đại được" hoặc số chu trình tối đa được
đưa ra trong báo cáo. Nếu việc khuếch đại trình tự đích ADN xảy ra trong mẫu (kết
quả dương tính), thì có thể quan sát được đường khuếch đại hình chữ S và số lượng chu trình
được tính mà tại đó giá trị huỳnh
quang xác định trước bị vượt quá ngưỡng (giá trị Ct hoặc giá trị Cp).
Nếu số liệu tín hiệu đo lường huỳnh
quang không điển hình, thì việc giải thích tự động không mang lại kết quả có
nghĩa, cần có thể phải thiết lập thủ công đường nền và ngưỡng trước khi giải
thích dữ liệu. Trong trường hợp này, áp dụng các hướng dẫn cho thiết bị cụ thể
nêu trong sổ tay dùng phần mềm giải thích.
9.1 Nhận biết
Trình tự đích coi như phát hiện được, nếu:
- khi sử dụng các mồi đặc hiệu Tnos-dfr
NOST-Spec FW và NOST-Spec RV và đoạn dò NOST-Spec, thì có thể quan sát thấy đường
khuếch đại hình chữ S và giá trị huỳnh
quang xác định trước đã bị vượt quá ngưỡng.
- khi sử dụng real-time PCR đặc hiệu của
hạt lanh (Tài liệu tham khảo [1]), thì có thể quan sát thấy đường khuếch đại hình chữ
S và giá trị huỳnh
quang xác định trước đã bị vượt quá ngưỡng.
- việc thiết lập kiểm soát PCR không bổ
sung ADN (kiểm soát thuốc thử PCR, kiểm soát chiết âm tính), thì không quan sát thấy
đường khuếch đại hình chữ S và giá trị huỳnh quang xác định trước không bị vượt quá
ngưỡng và
- việc thiết lập kiểm soát khuếch đại
(kiểm soát ADN đích dương tính, kiểm soát ức chế PCR) thì thu được các giá trị Ct dự kiến (hoặc
giá trị Cp).
10 Thực trạng đánh giá
xác nhận và tiêu chí hiệu năng
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Độ chắc chắn của phương pháp chưa được
kiểm tra qua những thay đổi nhỏ các yếu tố như nồng độ thuốc thử (ví dụ đoạn mồi,
đoạn dò) hoặc các điều kiện phản ứng (ví dụ: nhiệt độ gắn mồi).
CHÚ THÍCH Trong phép thử cộng tác, độ chắc chắn của
phương pháp đã được kiểm tra bằng các máy real-time PCR khác nhau (ABI 7500,
ABI 7700, ABI 7900, RotorGene 3000, RotorGene 6000, LightCycler 480)1).
Máy real-time PCR không ảnh hưởng đến hiệu năng của phương pháp.
10.2 Phép thử
nội phòng thử nghiệm
Các thử nghiệm với ADN được chiết từ hạt FP967
đã được thực hiện bởi Phòng thử
nghiệm chuẩn của Liên minh Châu Âu về Thực phẩm và Thức ăn chăn nuôi biến đổi
gen (EURL-GMFF) để đánh giá xác nhận tính đặc hiệu và độ nhạy của phương pháp
xác định cấu trúc đặc hiệu (Tài liệu tham khảo [1]). Việc thực nghiệm kiểm tra tính đặc
hiệu cho thấy rằng phép thử PCR xác định cấu trúc đặc hiệu của Tnos-dfr
không phát hiện được các sự kiện biến đổi gen khác trong các điều kiện được thực
nghiệm. Giới hạn của phương pháp phát hiện được thiết lập trong 60 PCR lặp lại ở từng 50, 25, 10, 5, 1
và 0,1 bản sao của trình tự đích (theo lý thuyết) cho thấy 60 phản ứng dương
tính với 5 bản sao và 58 phản ứng
dương tính với 1 bản sao.
10.3 Phép thử
cộng tác
Phương pháp này được đánh giá xác nhận trong
nghiên cứu cộng tác (Tài liệu tham khảo [3]) do tổ chức Bảo vệ Người tiêu dùng
và An toàn Thực phẩm Liên bang Đức (BVL) phối hợp theo chương trình IUPAC (Tài
liệu tham khảo [4]) với tổng 11 phòng thử nghiệm tham gia. Các phòng thử nghiệm
tham gia đã nhận được 14 mẫu ADN để phân tích. Các mẫu có nồng độ trình tự đích Tnos-dfr
khác nhau. Tất cả các mẫu được đánh dấu bằng mã số ngẫu nhiên.
Để chuẩn bị các mẫu, ADN được tách từ hạt
lanh biến đổi gen sự kiện FP967 (mẫu chuẩn CDC- FLOOI-2 của Đại học California,
Riverside/USA1)), từ sản phẩm hạt lanh biến đổi gen dương tính (mẫu
trên thị trường từ CVUA, Freiburg1) cũng như sản phẩm từ hạt cải dầu
không biến đổi gen (hạt cải dầu vụ đông, KWS1)), hạt lanh không biến
đổi gen (LGL, Oberschleisheimi1)) hoặc bột khoai tây không biến đổi
gen (ERM-BF421a từ IRMM, Geel1)) và được sử dụng làm dung dịch ADN
ban đầu. Nồng độ ADN được xác định bằng phương pháp quang phổ. Số bản sao được tính
theo giả định kích cỡ gen là tích phân một bản sao trình tự đích trên mỗi gen
đơn bội. Nồng độ ADN (pg/μl) được chia cho giá trị 1C trung bình được công bố đối
với hạt lanh (0,7 pg, Tài liệu tham khảo [2]), cải dầu (1,23 pg, Tài liệu tham
khảo [5]) và khoai tây (1,8 pg, Tài liệu tham khảo [5]), tương ứng. ADN hạt cải
dầu không biến đổi gen đã được điều chỉnh đến khoảng 4,8 x 104 bản sao
trên 5 μl; ADN hạt lanh và khoai tây không biến đổi gen được điều chỉnh đến khoảng
5,0 x 104
bản sao hệ gen trên 5 μl. Các dung dịch ADN khác nhau cuối cùng được chia cho
14 mẫu ADN đã mã hóa (cặp mẫu mù) cho từng phòng thử nghiệm tham gia trong phép
thử cộng tác. Mỗi phòng thử nghiệm tham gia nhận được 2 lọ (cặp mẫu mù) chứa dung dịch
ADN như sau:
- 100 % ADN FP967 (đã chỉnh đến nồng độ
tính được của 10 bản sao trên 5 μl dung dịch ADN)
- 100 % ADN FP967 (đã chỉnh đến nồng độ
tính được của 50 bản sao trên 5 μl dung dịch ADN)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
- mẫu hạt lanh biến đổi gen dương tính từ
mẫu trên thị trường (đã chỉnh đến Ct = 32 với 5 μl dung dịch
ADN)
- ADN hạt cải dầu không biến đổi gen (đã chỉnh đến nồng
độ tính được của 48 660 bản sao trên 5 μl dung dịch ADN)
- ADN khoai tây không biến đổi gen (đã
chỉnh nồng độ tính
được của 50 000 bản sao trên 5 μl dung dịch ADN)
- ADN hạt lanh không biến đổi gen (được
chỉnh đến tính nồng độ của 50 000 bản sao trên 5 μl dung dịch ADN).
Ngoài ra, tất cả các phòng thử nghiệm
tham gia đã nhận được dung dịch ADN với ADN plasmid (plasmid Triffid FP967/CDC)
(Genetic ID AG, Augsburg, Germany1)) để tính số bản
sao của cấu trúc Tnos-dfr trong các mẫu (nồng độ ADN plasmid tính được đầu
tiên của 500 bản sao trên mỗi
μl sau khi hoàn nguyên lycophilisate trong 100 μl nước không có nuclease). Trên
cơ sở dung dịch ADN chuẩn, một dãy pha loãng 0,2 x TE được chuẩn bị bởi những bên tham gia để thu được các dung dịch
ADN cho 5 điểm hiệu chuẩn (2 500, 500,150, 50 và 10 bản sao của trình tự đích)
cũng như dung dịch ADN để sử dụng để kiểm soát độ nhạy với 5 bản sao. Mỗi một mẫu
đã được các phòng thử nghiệm tham gia trong phép xác định riêng rẽ với 5 μl của
các dung dịch ADN bằng phương pháp real-time PCR Tnos-dfr trong các điều
kiện quy định trong các Bảng 1 đến Bảng 3. Các dung dịch ADN để hiệu chuẩn cũng
như dung dịch ADN plasmid với 5 bản sao đã được đo bằng PCR lặp lại hai lần. Việc
đo được thực hiện bằng các máy real-time PCR khác nhau (xem 10.1). Các kết quả
của nghiên cứu thử nghiệm cộng
tác được liệt kê trong Bảng 4 và Bảng 5.
Bảng 4 - Kết quả
phép thử cộng tác
Năm thực hiện phép thử cộng tác
2009
Số lượng phòng thử nghiệm
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Số lượng phòng thử nghiệm đưa ra kết quả
11
Số lượng mẫu cho mỗi phòng thử nghiệm
14
Số lượng kết quả chấp nhận được
137a
Số lượng mẫu chấp nhận được chứa trình tự đích Tnos-dfr
71
Số lượng mẫu chấp nhận được mà không
chứa trình tự đích Tnos-dfr
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Kết quả dương tính giả
0 (0 %)
Kết quả âm tính giả
1 (1,4%)
a Một phòng thử nghiệm
báo cáo thể tích một mẫu
không đủ; hai phòng thử nghiệm có kết quả của mẫu chứa trình tự đích Tnos-dfr đã được loại ra
như là ngoại lệ.
Để tính số bản sao tương ứng từ các giá
trị Ct xác định được
từ các mẫu, 5 dung dịch hiệu chuẩn ADN cùng với các mẫu được đo trong cùng lần
phân tích PCR. Đường chuẩn được tạo ra bằng
cách vẽ đồ thị giá trị Ct theo lôgarit của số bản sao trình tự đích được cung cấp
cho các dung dịch hiệu chuẩn, số lượng bản sao tương ứng với các mẫu, cũng như
dung dịch ADN Plasmid với 5 bản sao, được tính bằng nội suy từ đường chuẩn (Tài
liệu tham khảo [6]). Trong Bảng 5, đưa ra tóm tắt các kết quả. Trước khi tính số
bản sao trung bình và dữ liệu độ chụm (Tài liệu tham khảo [6]), các phép kiểm
tra thống kê khác nhau đã được sử dụng để xác định ngoài lệ. Dữ liệu của hai
phòng thử nghiệm có số lượng bản sao cao nằm ngoài các giới hạn chấp nhận (Tài
liệu tham khảo [3]). Do đó, việc tính số bản sao trung bình và hệ số biến thiên
trong điều kiện tái lập, CV,R, được tính bằng
dữ liệu từ chín phòng thử nghiệm.
Bảng 5 - Các kết
quả định lượng thu được trong phép thử cộng tác
Mẫu ADN
Số kết quả
dương tính/kết quả tổng số
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
CV,Rb (%)
100 % ADN FP967 (10 bản sao)
22/22
11
47
100 % ADN FP967 (50 bản sao)
21/22
40
24
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
22/22
314
19
ADN chiết được từ mẫu trên thị trường
(Ct = 32)
22/22
66
29
ADN hạt cải dầu không biến đổi gen
0/22
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
-
ADN khoai tây không biến đổi gen
0/22
0
-
ADN hạt lanh không biến đổi gen
0/22
0
-
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
b Hệ số biến
thiên trong các
điều kiện tái lập (sau khi đã loại trừ ngoại lệ)
10.4 Độ nhạy
Trong Bảng 5, các kết quả phép thử cộng
tác với các mẫu ADN cho thấy số bản sao trình tự đích Tnos-dfr thấp. ADN plasmid ở nồng độ của 5 bản
sao/5 μl tạo thành
trong khuếch đại (trung bình Ct = 35,6 ± 1,9) ở tất cả các phòng thử
nghiệm. Trong một phòng thử nghiệm, việc khuếch đại chỉ phát hiện được trong một
phép xác định, ở 10 bản sao của
trình tự đích, tín hiệu khuếch đại thu được trong tất cả các phòng thử nghiệm
(trung bình Ct = 34,2 ± 1,4).
Việc đánh giá xác nhận thực nghiệm đối với
phương pháp xác định cấu trúc đặc hiệu Tnos-dfr của GMR-EURL cho thấy rằng
giới hạn phát hiện là từ 1 đến 5 bản sao (Tài liệu tham khảo [1]).
10.5 Tính đặc
hiệu
Tính đặc hiệu của đoạn mồi và đoạn dò đã
được đánh giá xác nhận in silico sử dụng các liên kết trình tự của tìm
kiếm dữ liệu trong
ngân hàng gen GenBank/EMBL/DDBJ (ngày tìm kiếm: 2011-06-16). Với mục đích này,
bằng cách sử dụng chương trình BLASTN và trình tự của sản phẩm PCR từ sự kiện FP967
(Tài liệu tham khảo [2]), để so sánh với các trình tự nucleotide trong GenBank
(cơ sở dữ liệu "non-redundant" với tất cả GenBank, RefSeq, EMBL, DDBJ
và PDB) và cơ sở dữ liệu về các trình tự nucleotid đã có bản quyền được cấp bằng
sáng chế. Kết quả tìm kiếm cho thấy không hoàn toàn giống với các trình tự khác
trong cơ sở dữ liệu ngoại trừ các oligonucleotid đích. Việc nhận biết trình tự
amplicon chỉ tìm thấy với một
đoạn xấp xỉ 60 bp là một phần của số lớn các vectơ chứa vùng kết thúc của gen tổng hợp nopaline. Tuy
nhiên, trình tự của đoạn này chứa vị trí không liên kết đối với đoạn mồi ngược NOST-Spec
RV. Việc tìm kiếm cơ sở dữ liệu với trình tự của đoạn mồi này liên quan đến việc
nhận biết hoàn toàn với trình tự đưa vào gen dfrAI từ intergron nhóm 1 của
Escherichia coli, nhưng không phù hợp với gen kháng spectinomycin/streptomycin
(Tài liệu tham khảo [2]).
Trong phép xác định thực nghiệm tính đặc
hiệu sử dụng 50 ng đến 200 ng ADN trên mỗi phản ứng, không khuếch đại được ADN
từ các thực vật biến đổi gen khác dưới đây, trừ ADN từ hạt lanh sự kiện FP967
(Tài liệu tham khảo [1][3]):
- Hạt cải biến đổi gen: Rfl (ACS-BNØØ1-4),
Rf2 (ACS-BNØØ2-5), Rf3 (ACS-BNØØ3-6), MSI (ACS- BNØØ4-7), MS8 (ACS-BNØØ5-8),
GT73 (MON-ØØØ73-3), Oxy235 (ACS-BNØ11-5), T45 (HCN92) (ACS-BNØØ8-2), Laurate
23-198 (CGN-89465-2)
- Ngô biến đổi gen: MIR162
(SYN-IR162-4), Bt (SYN-BTØ11-1), GA21 (MON- ØØØ21-9), MIR604 (SYN-IR604-5),
MON863 (MON- ØØ863-5), NK603 (MON- ØØ6Ø3-6), MON87460 (MON-8746Ø-4), 3272
(SYN-E3272-5), MON89034 (MON-89Ø34-3),
MON88017 (MON-88Ø17-3), DBT418 (DKB-89614-9), B16 (DLL25) (DKB-8979Ø-5), CBH351
(ACS-ZMØØ4-3), T14 (ACS-ZMØØ2-1), MON810 (MON-ØØ81Ø-6), TC1507 (DAS-Ø15Ø7-1),
DAS-59122-7 (DAS-59122-7)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
- Khoai tây biến đổi gen:
EH92-527-1 (BPS-25271-9), RBMT21-129 (NMK-89684-1)
- Bông biến đổi gen: MON1445
[MON- Ø1445-2), MON531 (MON- ØØ531-6), MON15985 [MON-15985-7)
- Cỏ linh lăng biến đổi gen: J101
(MON- ØØ1Ø1-8), J163 (MON- ØØ163-7)
- Bí ngồi biến đổi gen: ZW20 (SEM-ØZW2Ø-7)
CHÚ THÍCH Tính đặc hiệu của phương pháp
real-time PCR đối với gen SAD chuẩn đặc hiệu hạt lanh cũng đã được kiểm tra thực
nghiệm để xây dựng phương pháp đối với 6 loài thực vật thường gặp trong thực phẩm
(lúa mì, lúa mạch, gạo, cải dầu, ngô, đậu tương) sử dụng 200 ng ADN tương ứng
(Tài liệu tham khảo [1]). Ngoại trừ ADN hạt lanh, phát hiện khuếch đại yếu
trong ADN từ đậu tương và ngô (tín hiệu tương ứng để tính 0,5 pg ADN hạt
lanh). Tuy nhiên, báo cáo xác nhận của EURL- GMFF đã chỉ ra rằng giữa trình tự
đoạn dò SAD và trình tự xác định được trong hạt lanh, có hai sự khác biệt trong
các vị trí nucleotide 8 và 11 có trong “đoạn dò SAD” (Tài liệu tham khảo [1]).
11 Báo cáo thử nghiệm
Báo cáo thử nghiệm phải được thực hiện
theo TCVN 7068 (ISO 24276) và các tiêu chuẩn thích hợp khác (ví dụ TCVN ISO/IEC 17025[7]).
Thư mục tài liệu
tham khảo
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
[2] M.D. Bennett, I.J. Leitch Plant DNA
C-values Database (release 5.0, December 2010); http://data.kew.org/cvalues/
(11.05.2012)
[3] L. Grohmann, U. Busch, S. Pecoraro, N. Hess, K.
Pietsch, J. Mankertz Collaborative trial validation of a construct-specific
real-time PCR method for detection of genetically modified linseed event
"CDC Triffid" FP967. Eur. Food Res. Technol. 2011, 232 pp. 557-561
[4] W. Horwitz Protocol for the design, conduct and
interpretation of method performance studies. Pure Appl. Chem. 1995, 67 pp.
331-343
[5] K. Arumuganathan, E.D. Earle Nuclear
DNA content of some important plant species. Plant Mol. Biol. Rep. 1991, 9 (3)
pp. 208-218
[6] H.-U. Waiblinger, N. Graf, H. Broll, L. Grohmann, K.
Pietsch Evaluation of real-time PCR results at the limit of detection. J.
Verbr. Lebensm. 2011, 6 pp. 411-417
[7] TCVN ISO/IEC 17025 (ISO/IEC 17025), Yêu
cầu chung về năng lực của phòng thử nghiệm và hiệu chuẩn
*) ISO 21569:2005
đang được soát xét để trở thành ISO 21569-1
1) Ví dụ về sản phẩm có bán sẵn, thông tin này đưa ra tạo
thuận lợi cho người sử dụng
tiêu chuẩn này và không ấn định phải sử dụng chúng.