THUẾ - KẾ TOÁN

Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế: Doanh nghiệp cần lưu ý gì từ 01/7/2026?

Chuyên viên pháp lý Tuyết Nhi

10:42 01/06/26

Từ 01/7/2026, quy định về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế có nhiều điểm cần lưu ý. Xem chi tiết tại bài viết dưới đây:

>> Tải file excel sổ S1a-HKD (sổ kế toán hộ kinh doanh dưới 1 tỷ)

>> Toàn bộ file word, excel mẫu báo cáo tài chính doanh nghiệp siêu nhỏ mới nhất 2026

Dưới đây là tổng hợp một số lưu ý về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế từ 01/7/2026 theo Luật Quản lý thuế 2025:

1. Nguyên tắc kiểm tra thuế

Căn cứ khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, quy định nguyên tắc kiểm tra thuế như sau:

- Áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế; ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử;

- Tuân thủ quy định của pháp luật và không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế;

- Việc kiểm tra thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của việc kê khai, nộp thuế và việc tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế;

- Việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại;

- Kiểm tra việc xác định giá giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh quyết định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất kinh tế của hoạt động kinh doanh, giao dịch phát sinh của người nộp thuế; không công nhận các giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế: Doanh nghiệp cần lưu ý gì từ 01/7/2026

(Ảnh minh họa - Nguồn Internet)

2. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

Căn cứ điểm a, điểm b khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế từ 01/7/2026 theo Luật Quản lý thuế 2025:

STT	Tổng hợp các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế từ 01/7/2026
1	Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế
2	Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế
3	Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế
4	Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề
5	Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền
6	Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh
7	Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025: Cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;
8	Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
9	Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;

Cơ quan hải quan kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp nêu trên; kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế theo quy định của pháp luật có liên quan.

Lưu ý: Đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Quy định này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra lại quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.

3. Thời gian kiểm tra thuế

- Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.

- Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày.

- Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.

Lưu ý: Thời hạn kiểm tra trên không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.

(Căn cứ điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025)

4. Quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế

(i) Quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế

Quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành:

- Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế từ các cơ quan chức năng khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán;

- Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền; từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế; từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước trừ trường hợp pháp luật có quy định khác; được giải trình về những vấn đề có liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế; các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

(ii) Nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế

- Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan quản lý thuế; chấp hành thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế; cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác, trung thực các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; ký biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn quy định của pháp luật; chấp hành kết luận, quyết định xử lý kết quả kiểm tra thuế.

- Ngoài ra, người nộp thuế còn phải tuân theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

5. Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế

(i) Các trường hợp kiểm tra lại

Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra lại đối với các vụ việc đã được kết luận, ban hành quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế trong các trường hợp sau:

- Ban hành quyết định kiểm tra trái thẩm quyền;

- Có vi phạm về trình tự, thủ tục trong quá trình tiến hành kiểm tra dẫn đến sai lệch về nội dung của kết luận kiểm tra, quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;

- Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế, kết luận kiểm tra;

- Nội dung kết luận, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình kiểm tra;

- Người ra quyết định kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế trái pháp luật;

- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng trong lĩnh vực thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra thuế.

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra lại đối với các trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác;

(ii) Thẩm quyền kiểm tra lại

Thẩm quyền kiểm tra lại: cơ quan quản lý thuế cấp trên thực hiện kiểm tra lại vụ việc của cơ quan quản lý thuế cấp dưới;

(iii) Thời hạn kiểm tra lại

Thời hạn kiểm tra lại thực hiện theo quy định về thời hạn kiểm tra thuế tại Mục 3 bài viết

(iv) Thời hiệu kiểm tra lại

Thời hiệu kiểm tra lại là 02 năm kể từ ngày ký kết luận kiểm tra, quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;

(Căn cứ khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025)

- Nội dung nêu trên là phần giải đáp, tư vấn của chúng tôi dành cho khách hàng của Pháp luật doanh nghiệp. Nếu quý khách còn vướng mắc, vui lòng gửi về Email [email protected].

- Nội dung bài viết mang tính chất tham khảo;

- Điều khoản được áp dụng có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc.