Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 12371-2-6:2020 về Quy trình giám định vi khuẩn - Phần 2-6

• Số hiệu: TCVN12371-2-6:2020
• Loại văn bản: Tiêu chuẩn Việt Nam
• Nơi ban hành: ***
• Người ký: ***
• Ngày ban hành: Năm 2020

TIÊU CHUẨN QUỐC GIA

TCVN 12371-2-6:2020

QUY TRÌNH GIÁM ĐỊNH VI KHUẨN, VIRUS, PHYTOPLASMA GÂY BỆNH THỰC VẬT

PHẦN 2- 6: YÊU CẦU CỤ THỂ ĐỐI VỚI POTATO SPINDLE TUBER VIROID

Procedure for identification of plant disease caused by bacteria, virus, phytoplasma
Part 2-6: Particular requirements for Potato spindle tuber viroid

Lời nói đầu

TCVN 12371-2-6:2020 do Cục Bảo vệ thực vật biên soạn, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị, Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng thẩm định, Bộ Khoa học và Công nghệ công bố.

Bộ tiêu chuẩn TCVN 12371 Quy trình giám định vi khuẩn, virus, phytoplasma gây bệnh thực vật gồm các phần sau:

- TCVN 12371-1:2019. Phần 1: Yêu cầu chung

...

...

...

- TCVN 12371-2-2:2018. Phần 2-2: Yêu cầu cụ thể đối với vi khuẩn Xylella fastidiosa Wells et al.

- TCVN 12371-2-3:2019. Phần 2-3: Yêu cầu cụ thể đối với vi khuẩn Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et al.

- TCVN 12371-2-4:2020. Phần 2-4: Yêu cầu cụ thể đối với Alfalfa mosaic virus

- TCVN 12371-2-5:2020. Phần 2-5: Yêu cầu cụ thể đối với vi khuẩn Pantoea stewartii (Smith) Mergaert

- TCVN 12371-2-6:2020. Phần 2-6 : Yêu cầu cụ thể đối với Potato spindle tuber viroid

QUY TRÌNH GIÁM ĐỊNH VI KHUẨN, VIRUS, PHYTOPLASMA GÂY BỆNH THỰC VẬT

PHẦN 2- 6: YÊU CẦU CỤ THỂ ĐỐI VỚI POTATO SPINDLE TUBER VIROID

Procedure for identification of plant disease caused by bacteria, virus, phytoplasma
Part 2-6: Particular requirements for Potato spindle tuber viroid

...

...

...

Tiêu chuẩn này quy định các yêu cầu cụ thể đối với quy trình giám định Potato spindle tuber viroid gây bệnh thực vật.

2  Tài liệu viện dẫn

Tài liệu viện dẫn sau là rất cần thiết cho việc áp dụng tiêu chuẩn. Đối với các tài liệu viện dẫn ghi năm công bố thì áp dụng phiên bản được nêu. Đối với các tài liệu viện dẫn không ghi năm công bố thì áp dụng phiên bản mới nhất, bao gồm cả các sửa đổi, bổ sung (nếu có).

TCVN 12371-1:2019. Quy trình giám định vi khuẩn, virus, phytoplasma gây bệnh thực vật. Phần 1: Yêu cầu chung.

3  Thiết bị, dụng cụ

Sử dụng các thiết bị, dụng cụ thông thường của phòng thử nghiệm sinh học và theo TCVN 12371- 1:2019 (điều 3).

4  Hóa chất

Sử dụng hóa chất theo TCVN 12371-1:2019 (điều 4).

5  Lấy mẫu và bảo quản mẫu

...

...

...

Lấy mẫu theo điều 5.1 của TCVN 12371-1:2019.

5.2  Bảo quản mẫu

Bảo quản mẫu giám định hoặc sau giám định như sau:

- Thân, lá bảo quản tươi hoặc ép khô theo điều 5.2.2.1 của TCVN 12371-1:2019

- Hạt theo điều 5.2.2.2 của TCVN 12371-1:2019

6  Phát hiện bệnh

Trên khoai tây: Bệnh có thể làm giảm sự sinh trưởng tuy nhiên, khó có thể nhìn thấy được. Thân nhỏ và thẳng hơn, lá nhỏ hơn. Củ của cây bị bệnh nhỏ, thon dài, biến dạng và nứt. Mắt củ có núm nhô lên giống như củ nhỏ.

Hình 1- Ví dụ triệu chứng của Potato spindle tuber viroid trên củ khoai tây
(thứ tự từ phải qua trái: củ khỏe, 2 củ bệnh)

...

...

...

Trên ớt: Triệu chứng là lá lượn sóng nhẹ hoặc biến dạng của mép lá gần ngọn Khi kiểm tra lô hàng cần chú ý các nước mà viroid có phân bố (xem phụ lục A) và các loài cây mà viroid gây hại (xem phụ lục A).

7.1  Giám định

7.1.1  Giám định bằng phương pháp RT-PCR

7.1.1.1  Tách chiết RNA

Tách chiết theo điều 7.2.1 của TCVN 12371-1:2019.

7.1.1.2  Nhân gen

Sử dụng cặp mồi đặc hiệu (Weidemann and Buchta (1998)):

3H1-F: 5'- ATC CCC GGG GAA ACC TGG AGC GAA C-3’ (nt 89-113)

2H1-R: 5’- CCC TGA AGC GCT CCT CCG AG-3’ (nt 88-69)

...

...

...

43 °C trong 30 phút

94 °C trong 2 phút

94 °C trong 30 giây

Lặp lại 10 chu kì

68 °C trong 90 giây

72 °C trong 45 giây

...

...

...

94 °C trong 30 giây

Lặp lại 20 chu kì

64 °C trong 90 giây

72 °C trong 45 giây

72 °C trong 10 phút

20 °C trong 10 phút

...

...

...

Mẫu dương tính cho đoạn gen kích thước 360 bp

7.1.2  Giám định bằng phương pháp Real-time RT-PCR

7.1.2.1  Tách chiết RNA

Tách chiết theo điều 7.2.1 của TCVN 12371-1:2019.

7.1.2.2  Nhân gen

Nhân gen sử dụng mồi đặc hiệu (Bertolini et al. (2010)):

PSTVd-F: 5’-CCT TGG AAC CGC AGT TGG T-3' (nt 339-357)

PSTVd-R: 5’-TTT CCC CGG GGA TCC C-3’ (nt 87-102)

PSTVdP: FAM-5’-TCCT GT GGTTCACACCTGACCT CCTGA-3’ TAM RA (nt 19-45)

...

...

...

45°C trong 10 phút

94 °C trong 10 phút

95 °C trong 15 giây

Lặp lại 40 chu kì

60 °C trong 1 phút

7.1.2.3  Đọc kết quả

Phản ứng được ghi nhận là dương tính khi Ct< 40

...

...

...

Mẫu giám định được kết luận là loài Potato spindle tuber viroid khi:

- Có kết quả dương tính với phương pháp giám định bằng RT-PC

Hoặc

- Có kết quả dương tính với phương pháp giám định bằng Real-time RT-PCR

7  Báo cáo kết quả

Nội dung phiếu kết quả giám định gồm những thông tin cơ bản sau:

- Thông tin về mẫu giám định.

- Phương pháp giám định

- Người giám định/cơ quan giám định

...

...

...

Phiếu giám định chi tiết tham khảo phụ lục B.

Phụ lục A

(Tham khảo)

Thông tin chung

A.1  Tên khoa học và vị trí phân loại

Tên tiếng Việt: Bệnh viroid củ khoai tây hình thoi

Tên khoa học: Potato spindle tuber viroid (PSTVd)

Tên khác:

...

...

...

Potato spindle viroid

Spindle tuber viroid

Tomato bunchy top viroid

Vị trí phân loại:

Nhóm: Viroids

Họ: Pospiviroidae

A.2  hân bố

Trong nước: Bệnh chưa có ở Việt Nam

Trên thế giới: Châu Á: Afghanistan, Azerbaijan, Bangladesh, Georgia , Japan, China, India, Israel, Iran, Turkey; Châu Phi: Egypt, Nigeria, Kenya, South Africa; Châu Mỹ: Mexico, Costa Rica, Dominican, Peru, Venezuela; Malta, USA, Cuba, Brazil, Chile; Châu Âu: Belarus, Austria, Belgium, Croatia, Czech Republic, Germany, Greece, Italy, Slovenia, Denmark , Hungary, Ireland, Portugal; Russia, Spain, Ukraine, Châu Đại Dương: New Zealand.

...

...

...

Brugmansia, Brugmansia suaveolens, Lycianthes rantonnetii, Persea americana (bơ), Solarium lycopersicum (cà chua), Solarium tuberosum (khoai tây), Cestrum, Cestrum nocturnum (dạ lý hương), Ipomoea batatas (khoai lang), Petunia hybrida, Physalis peruviana, Solanum, Solarium laxum, Solanum melongena (cà tím), Solanum muricatum, Solarium nigrum (tầm bóp), Streptosolen jamesonii.

A.4  Đặc điểm sinh học

PSTVd lây nhiễm tất cả các bộ phận của cây mẫn cảm. Viroid truyền qua cơ giới và côn trùng môi giới.

PSTVd truyền qua tay người và dao bị nhiễm nhựa nhiễm bệnh từ một trong hai cây Brugmansia suaveolens hoặc S. jasminoides đến khoai tây và cà chua. Nguồn bệnh từ cây S.jasminoides truyền bệnh tốt hơn cây B. suaveolens, cà chua dễ bị nhiễm bệnh hơn khoai tây. Hơn nữa, nhiệt độ liên tục 15 °C không truyền được viroid đối với khoai tây và khó đối với cà chua

PSTVd cũng có thể được truyền qua hạt giống và phấn hoa cà chua và khoai tây. Viroid có thể lan truyền sang cây khoai tây dại qua máy móc và trao đổi phấn hoa. Hạt giống là nguồn lây nhiễm viroid cho cây trồng khác, những cây trồng bằng hạt như cà chua và ớt.

PSTVd lan truyền qua rệp. Rệp Macrosiphum euphorbiae lan truyền với tỷ lệ thấp trên cà chua, nhưng rệp Myzus persicae hoặc Aulacorthum solani không truyền viroid. Nhưng rệp Myzus persicae truyền PSTVd trên những cây có nhiễm cả hai bệnh PSTVd và Potato leafroll virus (PLRV).

Phụ lục B

(Tham khảo)

...

...

...

Cơ quan giám định

.......................................

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
---------------

………., ngày ... tháng ... năm 20..…...

PHIẾU KẾT QUẢ GIÁM ĐỊNH

1. Tên hàng hóa:

2. Nước xuất khẩu:

...

...

...

4. Phương tiện vận chuyển:                  Khối lượng:

5. Địa điểm lấy mẫu:

6. Ngày lấy mẫu:

7. Người lấy mẫu:

8. Tình trạng mẫu:

9. Ký hiệu mẫu:

10. Số mẫu lưu:

11. Người giám định:

12. Phương pháp giám định: Theo TCVN 12371-2-6:2020 về “Quy trình giám định vi khuẩn, virus, phytoplasma gây bệnh thực vật Phần 2-6 : Yêu cầu cụ thể đối với vi khuẩn Potato spindle tuber viroid”

...

...

...

Tên tiếng Việt: Bệnh viroid củ khoai tây hình thoi

Tên khoa học: Potato spindle tuber viroid (PSTVd)

Tên khác:

Potato gothic virus

Potato spindle viroid

Spindle tuber viroid

Tomato bunchy top viroid

Vị trí phân loại:

Nhóm: Viroids

...

...

...

TRƯỞNG PHÒNG KỸ THUẬT
(hoặc người giám định)
(ký, ghi rõ họ và tên)

THỦ TRƯỞNG ĐƠN VỊ
(ký, ghi rõ họ và tên, đóng dấu)

Thư mục tài liệu tham khảo

[1] Bradbury J. F (1986), Guide to Plant Pathogenic Bacteria, C.A.B International, United Kingdom.

[2] CABI (2017), Crop Protection Compedium.

[3] Commonwealth Mycologycal Institute, (1983), Plant Pathologist’s Pocketbook.

[4] IPPC (2006), ISPM 27 Diagnostic protocols for regulated pests.

...

...

...

[6] Viện Bảo vệ thực vật (1997), Tập 1: Phương pháp điều tra cơ bản dịch hại nông nghiệp và thiên địch của chúng, Phương pháp nghiên cứu bảo vệ thực vật, NXB Nông nghiệp.

[7] https://gd.eppo.int/taxon/PSTVD0

[8] https://www.apsnet.org/edcenter/disandpath/viral/pdlessons/Pages/PotatoSpindleTuber.asp