Quy trình trả lương chuẩn để chi phí được chấp nhận khi quyết toán thuế?

Quy trình trả lương chuẩn để chi phí được chấp nhận khi quyết toán thuế?

Theo Điều 90, 94 Bộ luật Lao động 2019 quy định người sử dụng lao động có trách nhiệm trả lương đầy đủ, đúng thời hạn cho người lao động và cung cấp bảng kê trả lương theo quy định. Đồng thời, để chi phí tiền lương được chấp nhận khi quyết toán thuế, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh việc sử dụng lao động, tính lương và chi trả lương thực tế.

Đồng thời, tại Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP cũng quy định doanh nghiệp được trừ các khoản chi khi xác định thu nhập chịu thuế nếu đáp ứng điều kiện gồm:

- Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh;

- Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

- Khoản chi có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên. Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp phát sinh đầy đủ chi phí tiền lương nhưng vẫn bị xuất toán khi quyết toán thuế do thiếu hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng lương hoặc chứng từ thanh toán.

Vậy một bộ hồ sơ tiền lương chuẩn cần những gì? Doanh nghiệp cần thực hiện quy trình trả lương như thế nào để vừa tuân thủ quy định của pháp luật lao động, vừa hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra?

Dưới đây là quy trình trả lương chuẩn để chi phí được chấp nhận khi quyết toán thuế:

[1] Bộ hồ sơ tiền lương tối thiểu doanh nghiệp cần có:

- Hợp đồng lao động (HĐLĐ)

- Hồ sơ nhân sự (CCCD, MST cá nhân)

- Bảng chấm công

- Bảng tính lương

- Chứng từ thanh toán lương

- Hồ sơ BHXH

- Hồ sơ thuế TNCN (nếu phát sinh)

- Quy chế tiền lương, tiền thưởng

- Quyết định tăng lương, thưởng (nếu có)

Lưu ý nguyên tắc quan trọng:

"Có người - Có làm việc - Có tính lương - Có chi trả thực tế - Có kê khai nghĩa vụ liên quan"

Nếu thiếu một trong các mắt xích trên, khoản chi lương có thể bị xuất toán khi quyết toán thuế.

[2] Quy trình trả lương chuẩn gồm 5 bước:

Bước 1: Hoàn thiện hồ sơ lao động

- Đối với người lao động cần chuẩn bị:

+ CCCD/CMND

+ Mã số thuế cá nhân

+ Thông tin tài khoản ngân hàng

- Đối với doanh nghiệp cần có:

+ Hợp đồng lao động

+ Phụ lục HĐLĐ (nếu có)

+ Quy chế lương thưởng

+ Thang bảng lương (nếu doanh nghiệp xây dựng)

Lưu ý: Tiền lương, tiền thưởng muốn được tính vào chi phí được trừ phải được quy định rõ về điều kiện hưởng và mức hưởng trong HĐLĐ, quy chế tài chính hoặc quy chế lương thưởng của doanh nghiệp.

Bước 2: Chấm công hằng tháng

- Hồ sơ cần có gồm:

+ Bảng chấm công

+ Bảng xác nhận tăng ca (nếu có)

+ Bảng đăng ký ca làm việc (nếu áp dụng)

- Phải có xác nhận của người lao động; trưởng bộ phận; người phụ trách nhân sự vì đây là căn cứ chứng minh người lao động thực tế làm việc tại doanh nghiệp.

Bước 3: Tính lương

Lập bảng lương hàng tháng

- Bảng lương nên thể hiện rõ:

+ Thu nhập

+ Lương cơ bản

+ Lương theo doanh số (nếu có)

+ Phụ cấp

+ Tiền tăng ca

+ Thưởng

- Các khoản khấu trừ

+ BHXH

+ BHYT

+ BHTN

+ Thuế TNCN

- Thực lĩnh là tổng lương nhận thực tế

Lưu ý: Bảng lương phải khớp với HĐLĐ, bảng chấm công, chứng từ thanh toán. Nếu số liệu không khớp, cơ quan thuế thường yêu cầu giải trình.

Bước 4: Thanh toán lương (bước quan trọng nhất)

Trường hợp tiền lương từ 5 triệu đồng/lần trở lên thì doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để khoản chi được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN theo Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Khuyến nghị: Chuyển khoản từ tài khoản công ty sang tài khoản đứng tên người lao động với nội dung chuyển khoản là "Công ty ... thanh toán lương tháng ... cho ông/bà ..."

Hồ sơ cần lưu: Ủy nhiệm chi (UNC), sao kê ngân hàng, giấy báo nợ, chứng từ giao dịch điện tử

Doanh nghiệp nên hạn chế chi tiền mặt đối với khoản lương từ 5 triệu đồng/lần trở lên hoặc nộp tiền mặt trực tiếp vào tài khoản người lao động. Vì có thể phát sinh rủi ro khi chứng minh điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành.

Bước 5: Hoàn thiện hồ sơ thuế và BHXH

- Đối với thuế TNCN nếu có phát sinh về việc khấu trừ thuế TNCN, kê khai thuế TNCN, nộp thuế TNCN thì phải lưu lại tờ khai thuế, chứng từ nộp thuế, Cam kết không khấu trừ thuế (nếu có)

Lưu lại tờ khai thuế, chứng từ nộp thuế, cam kết thuế (nếu có),...

- Đối với BHXH, doanh nghiệp cần phải lưu lại hồ sơ tham gia BHXH, hồ sơ báo tăng, báo giảm, chứng từ nộp BHXH

Lưu ý: Thông tin chỉ mang tính chất tham khảo!

Quy trình trả lương chuẩn để chi phí được chấp nhận khi quyết toán thuế? (Hình từ Internet)

Điền vào chỉ tiêu nào khi quyết toán thuế TNDN khi chi phí tiền lương tăng ca vượt mức không được hạch toán?

Căn cứ Điều 107 Bộ luật Lao động 2019 quy định làm thêm giờ như sau:

Làm thêm giờ

1. Thời gian làm thêm giờ là khoảng thời gian làm việc ngoài thời giờ làm việc bình thường theo quy định của pháp luật, thỏa ước lao động tập thể hoặc nội quy lao động.

2. Người sử dụng lao động được sử dụng người lao động làm thêm giờ khi đáp ứng đầy đủ các yêu cầu sau đây:

a) Phải được sự đồng ý của người lao động;

b) Bảo đảm số giờ làm thêm của người lao động không quá 50% số giờ làm việc bình thường trong 01 ngày; trường hợp áp dụng quy định thời giờ làm việc bình thường theo tuần thì tổng số giờ làm việc bình thường và số giờ làm thêm không quá 12 giờ trong 01 ngày; không quá 40 giờ trong 01 tháng;

c) Bảo đảm số giờ làm thêm của người lao động không quá 200 giờ trong 01 năm, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

3. Người sử dụng lao động được sử dụng người lao động làm thêm không quá 300 giờ trong 01 năm trong một số ngành, nghề, công việc hoặc trường hợp sau đây:

a) Sản xuất, gia công xuất khẩu sản phẩm hàng dệt, may, da, giày, điện, điện tử, chế biến nông, lâm, diêm nghiệp, thủy sản;

b) Sản xuất, cung cấp điện, viễn thông, lọc dầu; cấp, thoát nước;

c) Trường hợp giải quyết công việc đòi hỏi lao động có trình độ chuyên môn, kỹ thuật cao mà thị trường lao động không cung ứng đầy đủ, kịp thời;

d) Trường hợp phải giải quyết công việc cấp bách, không thể trì hoãn do tính chất thời vụ, thời điểm của nguyên liệu, sản phẩm hoặc để giải quyết công việc phát sinh do yếu tố khách quan không dự liệu trước, do hậu quả thời tiết, thiên tai, hỏa hoạn, địch họa, thiếu điện, thiếu nguyên liệu, sự cố kỹ thuật của dây chuyền sản xuất;

đ) Trường hợp khác do Chính phủ quy định.

4. Khi tổ chức làm thêm giờ theo quy định tại khoản 3 Điều này, người sử dụng lao động phải thông báo bằng văn bản cho cơ quan chuyên môn về lao động thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.

5. Chính phủ quy định chi tiết Điều này.

Căn cứ Điều 62 Nghị định 145/2020/NĐ-CP quy định thông báo về việc tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm:

Thông báo về việc tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm

1. Khi tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm, người sử dụng lao động phải thông báo cho Sở Lao động - Thương binh và Xã hội tại các nơi sau:

a) Nơi người sử dụng lao động tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm;

b) Nơi đặt trụ sở chính, nếu trụ sở chính đóng trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với nơi người sử dụng lao động tổ chức làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm.

2. Việc thông báo phải được thực hiện chậm nhất sau 15 ngày kể từ ngày thực hiện làm thêm từ trên 200 giờ đến 300 giờ trong một năm.

...

Căn cứ Công văn 05/CV-BCDDTKNQ năm 2025 của Ban chỉ đạo về tổng kết thực hiện Nghị quyết 18-NQ/TW năm 2017 của Chính Phủ quy định tên gọi của các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện:

I. VỀ TÊN GỌI CỦA CÁC CƠ QUAN CHUYÊN MÔN THUỘC ỦY BAN NHÂN DÂN CẤP TỈNH, CẤP HUYỆN

1. Đối với các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh

1.1 Giữ nguyên tên Sở Tài chính sau khi hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư và Sở Tài chính.

1.2. Giữ nguyên tên Sở Nội vụ sau khi hợp nhất Sở Lao động - Thương binh và Xã hội và Sở Nội vụ.

...

Căn cứ khoản 23 Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN như sau:

Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

...

23. Khoản chi không đáp ứng điều kiện chi, nội dung chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành, bao gồm: Khoản chi cho làm thêm giờ vượt mức thời gian quy định của pháp luật về lao động; khoản chi quảng cáo trong trường hợp quảng cáo các sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ bị cấm quảng cáo hoặc quảng cáo các sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ phải đăng ký với cơ quan có thẩm quyền nhưng doanh nghiệp không thực hiện đăng ký quảng cáo theo quy định của pháp luật; khoản chi phục vụ sản xuất, kinh doanh không đúng hoặc vượt mức chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành.

Theo đó, tại Công văn 5389/TNI-QLDN1 năm 2026 Tải về hướng dẫn hạch toán chi phí tiền lương tăng ca vượt mức khi quyết toán thuế TNDN quy định như sau:

Trường hợp vượt mức thời gian quy định của pháp luật về lao động thì không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với phần vượt mức quy định. Khi quyết toán thuế TNDN thì điền vào chỉ tiêu B4 (các khoản chi phí không được trừ) trên tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu số 03/TNDN).

Như vậy, điền vào chỉ tiêu B4 (các khoản chi phí không được trừ) trên tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu số 03/TNDN) khi chi phí tiền lương tăng ca vượt mức không được hạch toán.

Doanh thu để làm quyết toán thuế TNDN là doanh thu năm nào?

Căn cứ vào Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có quy định về mức thuế suất như sau:

Thuế suất

1. Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 20%, trừ trường hợp quy định tại các khoản 2, 3 và 4 Điều này và đối tượng được ưu đãi về thuế suất quy định tại Điều 13 của Luật này.

2. Thuế suất 15% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng.

3. Thuế suất 17% áp dụng đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm từ trên 03 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng.

Doanh thu làm căn cứ xác định doanh nghiệp thuộc đối tượng được áp dụng thuế suất 15% và 17% quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là tổng doanh thu của kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp trước liền kề. Việc xác định tổng doanh thu làm căn cứ áp dụng thực hiện theo quy định của Chính phủ.

4. Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp đối với một số trường hợp khác được quy định như sau:

a) Đối với hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí từ 25% đến 50%. Căn cứ vào vị trí, điều kiện khai thác và trữ lượng mỏ, Thủ tướng Chính phủ quyết định mức thuế suất cụ thể phù hợp với từng hợp đồng dầu khí;

b) Đối với hoạt động thăm dò, khai thác tài nguyên quý hiếm (bao gồm: bạch kim, vàng, bạc, thiếc, wonfram, antimoan, đá quý, đất hiếm và tài nguyên quý hiếm khác theo quy định của pháp luật) là 50%. Trường hợp các mỏ có từ 70% diện tích được giao trở lên ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, thuế suất là 40%.

...

Theo quy định trên, doanh thu làm căn cứ xác định doanh nghiệp thuộc đối tượng được áp dụng thuế suất 15% và 17% quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 là tổng doanh thu của kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp trước liền kề. Việc xác định tổng doanh thu làm căn cứ áp dụng thực hiện theo quy định của Chính phủ.

Ví dụ, doanh thu để làm quyết toán thuế TNDN 2026 căn cứ vào doanh thu năm 2025 không căn cứ vào doanh thu của năm 2026.