Hướng dẫn thủ tục hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp? Từ 01/10/2025, các khoản chi được trừ khi tính thuế TNDN?

Hướng dẫn thủ tục hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp?

Căn cứ theo Mục A Phần II Thủ tục hành chính ban hành kèm Quyết định 3083/QĐ-BTC năm 2025 hướng dẫn thủ tục hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp cụ thể như sau:

Bước 1: Doanh nghiệp nộp 08 bộ hồ sơ thực hiện thủ tục hỗ trợ chi phí (trong đó có 01 bộ hồ sơ gốc) trực tiếp tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính tại Bộ Tài chính hoặc thông qua hệ thống bưu chính trước ngày 10 tháng 7 trong năm liền tiếp theo của năm tài chính đề nghị hỗ trợ.

Bước 2: Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ hoặc có nội dung cần làm rõ, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đề nghị hỗ trợ chi phí của doanh nghiệp, Cơ quan điều hành Quỹ có trách nhiệm thông báo cho doanh nghiệp kèm chi tiết lý do yêu cầu sửa đổi, bổ sung hoặc từ chối. Trong thời hạn 10 ngày, doanh nghiệp có trách nhiệm sửa đổi, bổ sung theo yêu cầu.

Bước 3: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ, Cơ quan điều hành Quỹ gửi hồ sơ lấy ý kiến các đơn vị cùng cấp về các nội dung quy định tại khoản 1 Điều 29 Nghị định 182/2024/NĐ-CP.

Trường hợp cần thiết, Cơ quan điều hành Quỹ gửi văn bản lấy ý kiến của các đơn vị ở cấp khác có liên quan.

Bước 4: Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan được lấy ý kiến có ý kiến về nội dung thuộc phạm vi quản lý nhà nước của mình, gửi Cơ quan điều hành Quỹ.

Bước 5: Trong trường hợp cơ quan được lấy ý kiến có yêu cầu doanh nghiệp giải trình nội dung trong hồ sơ đề nghị, Cơ quan điều hành Quỹ tổng hợp các yêu cầu giải trình và gửi cho doanh nghiệp trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được ý kiến.

Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được yêu cầu từ Cơ quan điều hành Quỹ, doanh nghiệp có trách nhiệm giải trình, bổ sung tài liệu có liên quan và sửa đổi đề nghị hỗ trợ chi phí (nếu có).

Bước 6: Trên cơ sở nhận được toàn bộ các hồ sơ đề nghị hỗ trợ chi phí của các doanh nghiệp, phản hồi của các cơ quan được lấy ý kiến và văn bản giải trình của doanh nghiệp (nếu có), Cơ quan điều hành Quỹ lập báo cáo đánh giá đề nghị hỗ trợ chi phí của các doanh nghiệp theo các nội dung quy định tại khoản 1 Điều 29 Nghị định 182/2024/NĐ-CP.

Bước 7: Cơ quan điều hành Quỹ tổng hợp và lập báo cáo đánh giá đề nghị hỗ trợ chi phí của doanh nghiệp do Cơ quan điều hành Quỹ tiếp nhận và đề nghị hỗ trợ đầu tư của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh báo cáo, trình Hội đồng quản lý Quỹ chậm nhất ngày 15 tháng 10 hàng năm.

Bước 8: Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày Cơ quan điều hành Quỹ trình hồ sơ, Hội đồng quản lý Quỹ tổ chức đánh giá và báo cáo Chính phủ xem xét, quyết định về tổng mức hỗ trợ chi phí cho doanh nghiệp theo nguyên tắc quy định tại Điều 27 Nghị định 182/2024/NĐ-CP.

Bước 9: Căn cứ văn bản phê duyệt tổng mức hỗ trợ chi phí của Chính phủ, Cơ quan điều hành Quỹ kiểm tra, đối chiếu các tài liệu, thực hiện thủ tục theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước và trình Hội đồng quản lý Quỹ ban hành văn bản quyết định hỗ trợ đầu tư cho các doanh nghiệp đạt điều kiện; đồng thời lập hồ sơ thanh toán gửi Kho bạc nhà nước để thực hiện thanh toán hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp.

Lưu ý: Đối tượng thực hiện thủ tục là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam đáp ứng tiêu chí và điều kiện tại Điều 25 Nghị định 182/2024/NĐ-CP.

Hướng dẫn thủ tục hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp? Từ 01/10/2025, các khoản chi được trừ khi tính thuế TNDN? (Hình từ Internet)

Hồ sơ hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp gồm những gì?

Theo Mục A Phần II Thủ tục hành chính ban hành kèm Quyết định 3083/QĐ-BTC năm 2025 hướng dẫn hồ sơ hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu cho doanh nghiệp bao gồm:

- Văn bản đề nghị hưởng hỗ trợ chi phí;

- Bản sao có chứng thực Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (nếu có) hoặc giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương;

- Bản gốc hoặc bản sao có chứng thực xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp, ngoại trừ trường hợp doanh nghiệp mới thành lập để thực hiện dự án;

- Tài liệu xác định các chi phí đầu tư ban đầu;

- Văn bản cam kết về việc hưởng hỗ trợ được thực hiện theo nguyên tắc quy định tại Nghị định số 182/2024/NĐ-CP ngày 31/12/2024;

- Tài liệu khác có liên quan theo quy định của pháp luật (nếu có).

Từ 01/10/2025, các khoản chi được trừ khi tính thuế TNDN?

Theo khoản 1 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định các khoản chi được trừ khi tính thuế TNDN từ 01/10/2025 cụ thể như sau:

Trừ các khoản chi quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, doanh nghiệp được trừ các khoản chi khi xác định thu nhập chịu thuế nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau đây:

- Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, bao gồm cả khoản chi phí bổ sung được trừ theo tỷ lệ phần trăm tính trên chi phí thực tế phát sinh trong kỳ tính thuế liên quan đến hoạt động nghiên cứu và phát triển của doanh nghiệp;

- Khoản chi thực tế phát sinh khác, bao gồm:

+ Khoản chi cho thực hiện nhiệm vụ giáo dục quốc phòng và an ninh, huấn luyện, hoạt động của lực lượng dân quân tự vệ và phục vụ các nhiệm vụ quốc phòng, an ninh khác theo quy định của pháp luật;

+ Khoản chi hỗ trợ phục vụ cho hoạt động của tổ chức đảng, tổ chức chính trị - xã hội trong doanh nghiệp;

+ Khoản chi cho hoạt động giáo dục nghề nghiệp, đào tạo nghề nghiệp cho người lao động theo quy định của pháp luật;

+ Khoản chi thực tế cho hoạt động phòng, chống HIV/AIDS nơi làm việc của doanh nghiệp;

+ Khoản tài trợ cho giáo dục, y tế, văn hóa; khoản tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, dịch bệnh, làm nhà đại đoàn kết, nhà tình nghĩa, nhà cho các đối tượng chính sách theo quy định của pháp luật;

Khoản tài trợ theo quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ dành cho các địa phương thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; khoản tài trợ cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số;

+ Khoản chi cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số;

+ Phần giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh và trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường;

+ Khoản chi thực tế cho người được biệt phái tham gia quản trị, điều hành, kiểm soát tổ chức tín dụng được kiểm soát đặc biệt, ngân hàng thương mại được chuyển giao bắt buộc theo quy định của Luật Các tổ chức tín dụng;

+ Một số khoản chi phục vụ sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp nhưng chưa tương ứng với doanh thu phát sinh trong kỳ theo quy định của Chính phủ;

+ Một số khoản chi hỗ trợ xây dựng công trình công cộng, đồng thời phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp;

+ Chi phí liên quan đến việc giảm phát thải khí nhà kính nhằm trung hòa các-bon và net zero, giảm ô nhiễm môi trường, đồng thời liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp;

+ Một số khoản đóng góp vào các quỹ được thành lập theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ và quy định của Chính phủ;

- Các khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của pháp luật, trừ các trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.