Công ty chúng tôi hoạt động trong lĩnh vực chăn nuôi heo. Trụ sở chính tại LOng An và chi nhánh tại Đồng Nai. Chúng tôi có các trại nuôi heo đi thuê lại chuồng trại của các công ty chăn nuôi ở địa bàn tỉnh BÌnh PHước. Công ty cho thuê đã thực hiện nghĩa vụ thuế của bên họ. Bên thuê là công ty chúng tôi thả heo vào nuôi và xuất hóa đơn kê khai tập trung tại chi nhánh tại Đồng Nai vì các trại này do chi nhánh quản lý. Nay phòng kiểm tra yêu cầu chúng tôi phải đi đăng ký và kê khai thuế GTGT, thuế Môn bài, thuế TNDN cho các trại này tại Bình Phước.Vậy cục thuế cho Công ty hỏi về thủ tục đăng ký cho các trại này như thế nào. Thuế môn bài bên công ty cho thuê đã đóng nay yêu cầu công ty đi thuê đóng tiếp trên cùng một địa điểm kinh doanh có hợp lý không?. Vậy thuế GTGT chúng tôi kê khai như thế nào vì trước đây chúng tôi kê khai tập trung tại Chi Nhánh Đồng Nai theo phương pháp khấu trừ. Thuế TNDN bên kiểm tra yêu cầu nộp thuế theo tỷ lệ doanh thu vì chúng tôi không hạch toán riêng duoc chi phí thì có đúng không? CHúng tôi không biết định hướng mình phải làm cái gì để đúng quy định.Xin Quý Cục Thuế tư vấn giúp