Thời hạn nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT? Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT từ 1 7 2026 theo TT 89 2026 TT BTC?

Thời hạn nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT? Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT từ 1 7 2026 theo TT 89 2026 TT BTC?

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 thì người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

- Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

- Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra;

- Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án;

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát hồ sơ giải trình liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra của người nộp thuế, trường hợp chấp thuận hồ sơ giải trình của người nộp thuế thì cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận cho người nộp thuế điều chỉnh hồ sơ khai thuế.

Người nộp thuế bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện. Công chức thanh tra, kiểm tra thuế liên quan đến hồ sơ giải trình chịu trách nhiệm về sai, sót chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra trong trường hợp tuân thủ chưa đúng quy định tại điểm n khoản 1 Điều 38 Luật Quản lý thuế 2025;

- Các trường hợp thực hiện theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được khấu trừ, miễn, giảm, hoàn thì bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện;

- Chính phủ quy định các trường hợp cơ quan điều tra đề nghị không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án và trách nhiệm thông báo của cơ quan điều tra cho cơ quan thuế khi kết thúc yêu cầu liên quan đến vụ án quy định tại điểm c khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 và các trường hợp khai bổ sung theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế quy định tại điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025.

Như vậy, thời hạn nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT từ ngày 01/7/2026 là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025.

Việc kê khai bổ sung thuế GTGT từ 1 7 2026 thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Trong đó, tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT từ ngày 01/7/2026 như sau:

(1) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(2) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì thực hiện như sau:

- Trường hợp người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 47 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì người nộp thuế gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế và kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị giá tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

- Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước thì người nộp thuế khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn, tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót và nộp số tiền thuế thu hồi hoàn vào ngân sách nhà nước và tiền chậm nộp theo quy định. Số tiền thuế giá trị gia tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(3) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau đồng thời làm tăng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nộp số thuế giá trị gia tăng phải nộp tăng thêm và số tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định. Số tiền thuế giá trị giá tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(4) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp đồng thời tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp điều chỉnh giảm, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có), nếu đã nộp ngân sách nhà nước thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định.

Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(5) Trường hợp khai bổ sung làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của cả tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT thì người nộp thuế thực hiện khai bổ sung như sau:

- Người nộp thuế khai bổ sung làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh (chỉ tiêu [40a]) dẫn đến điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai mẫu số 01/GTGT thì phải khai bổ sung, điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai mẫu số 01/GTGT. Số tiền thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung mẫu số 02/GTGT được khai vào chỉ tiêu [25] “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư dẫn đến giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” và giảm chỉ tiêu [32] “Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế có sai, sót thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm được khai vào chỉ tiêu [27] “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót, đồng thời người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót. Người nộp thuế phải nộp số thuế giá trị gia tăng tăng thêm của tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tính chậm nộp theo quy định;

- Trường hợp người nộp thuế phát hiện tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư kết chuyển sang tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT thì không khai bổ sung tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư có sai, sót được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(6) Trường hợp người nộp thuế được kế thừa số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ từ đơn vị do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc thì căn cứ Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế, người nộp thuế không thực hiện khai bổ sung mà kê khai vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế.

Bộ hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC như sau:

TẢI VỀ Mẫu 01/KHBS Tờ khai bổ sung

TẢI VỀ Mẫu số 01-1/KHBS Bản giải trình khai bổ sung

Kèm theo:

- Hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót đã được bổ sung

- Chứng từ, tài liệu có liên quan (nếu có).

Hồ sơ giải trình hồ sơ khai thuế:

Người nộp thuế thuộc trường hợp được bổ sung hồ sơ giải trình hồ sơ khai thuế với cơ quan thuế theo quy định tại khoản 4 và khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP thực hiện gửi hồ sơ giải trình cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế;

(1) TẢI VỀ Mẫu 01/VBGT Văn bản giải trình

(2) Kèm theo:

- Hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót đã được điều chỉnh, bổ sung;

- Chứng từ, tài liệu khác có liên quan.

Thời hạn nộp tờ khai bổ sung thuế GTGT? Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT từ 1 7 2026 theo TT 89 2026 TT BTC? (Hình từ Internet)

Kỳ tính thuế giá trị gia tăng được quy định thế nào kể từ ngày 01/7/2026?

Kỳ tính thuế giá trị gia tăng được quy định tại khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, cụ thể như sau:

- Khai thuế giá trị gia tăng là loại khai thuế theo tháng, trừ các trường hợp quy định tại điểm b và điểm c khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Khai thuế giá trị gia tăng theo quý:

+ Đối tượng khai thuế giá trị gia tăng theo quý:

++ Người nộp thuế thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo tháng nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế giá trị gia tăng của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch.

Trường hợp người nộp thuế thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính cho đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh thì doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ bao gồm cả doanh thu của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh;

++ Trường hợp người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Trường hợp doanh thu năm mới bắt đầu ra kinh doanh từ 50 tỷ đồng trở xuống thì sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng, người nộp thuế căn cứ mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để xác định kỳ tính thuế giá trị gia tăng theo tháng hoặc theo quý.

Trường hợp doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh;

++ Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo tháng hay khai thuế theo quý để thực hiện khai thuế theo quy định.

+ Lựa chọn, thay đổi đối tượng, khai thuế theo quý:

++ Người nộp thuế đáp ứng tiêu chí khai thuế theo quý được lựa chọn khai thuế theo tháng hoặc quý ổn định trọn năm dương lịch;

++ Trường hợp người nộp thuế đang thực hiện khai thuế theo tháng nếu đủ điều kiện khai thuế theo quý và lựa chọn chuyển sang khai thuế theo quý thì gửi Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý mẫu số 01/ĐK-TĐKTT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 31 tháng 01 của năm bắt đầu khai thuế theo quý.

Cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận hoặc không tiếp nhận theo quy định tại khoản 3, điểm a khoản 4 Điều 11 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp cơ quan thuế ban hành Thông báo tiếp nhận văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý gửi người nộp thuế thì người nộp thuế được nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo kỳ tính thuế quý của năm đã đăng ký theo quy định. Hệ thống thông tin quản lý thuế căn cứ dữ liệu quản lý thuế thực hiện cung cấp thông tin về kỳ tính thuế cho người nộp thuế;

++ Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó và xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định (trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế hoặc do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế).

Người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế. Hồ sơ khai thuế các tháng đã nộp lại được xác định là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai thuế theo quý đã nộp.

- Khai thuế giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh đối với:

+ Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hoặc người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng nhưng có phát sinh nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản;

+ Thuế giá trị gia tăng không phát sinh thường xuyên của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp trực tiếp theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng;

+ Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử;

+ Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nhưng có hoạt động xây dựng theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân hoặc quy định của pháp luật về xây dựng, có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng từ 01 tỷ đồng trở lên (trừ hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan, tư vấn, khảo sát, thiết kế, kế toán, bảo hiểm), hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng;

+ Thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng.