Quyết định 1161 thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp liên kết có thể kéo dài đến 02 năm?

Quyết định 1161 thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp liên kết có thể kéo dài đến 02 năm?

Ngày 14/08/2026, Cục Thuế đã có Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026 về Quy trình kiểm tra thuế.

Căn cứ khoản 2 Điều 17 Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026 quy định như sau:

Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

...

2. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

a) Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong Quyết định kiểm tra thuế.

b) Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 (hai mươi) ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 (một) lần nhưng không quá 20 (hai mươi) ngày. Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 (bốn mươi) ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 (bốn mươi) ngày. Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời hạn kiểm tra quy định tại điểm này không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.

...

Theo quy định nêu trên, thời hạn kiểm tra tại trụ sở của doanh nghiệp có giao dịch liên kết là không quá 40 ngày. Trường hợp cần thiết có thể gia hạn 01 lần nhưng không là 40 ngày. Trường hợp cần thu nhập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì có thể kéo dài thời hạn kiểm tra nhưng không quá 02 năm.

Lưu ý: Thời hạn kiểm tra quy định nêu trên không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.

Như vậy, doanh nghiệp có giao dịch liên kết bị cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài lên đến 02 năm trong trường hợp cần thu nhập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài.

Quyết định 1161 thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp liên kết có thể kéo dài đến 02 năm?

12 trường hợp xác định các bên có quan hệ liên kết theo Nghị định 255/2026?

Căn cứ khoản 2 Điều 5 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định rõ các bên có quan hệ liên kết bao gồm:

(1) Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia;

(2) Cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp;

(3) Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu và nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng số cổ phần của doanh nghiệp kia;

(4) Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào (bao gồm cả các khoản vay từ bền thứ ba được đảm bảo từ nguồn tài chính của bên liên kết và các giao dịch tài chính có bản chất tương tự) với điều kiện tổng dư nợ các khoản vốn vay của doanh nghiệp đi vay với doanh nghiệp cho vay hoặc bảo lãnh ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng dư nợ tất cả các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay trừ các trường hợp sau:

- Bên bảo lãnh hoặc cho vay là các tổ chức kinh tế hoạt động theo quy định của Luật Các tổ chức tín dụng 2024 (được sửa đổi, bổ sung tại Luật Các tổ chức tín dụng sửa đổi 2025) không tham gia trực tiếp, gián tiếp điều hành, kiểm soát, góp vốn, đầu tư vào doanh nghiệp đi vay hoặc doanh nghiệp được bảo lãnh theo quy định tại các điểm a, c, đ, e, g, h, k, 1 và điểm m khoản 2 Điều 5 Nghị định 255/2026/NĐ-CP.

- Bên bảo lãnh hoặc cho vay là các tổ chức kinh tế hoạt động theo quy định của Luật Các tổ chức tín dụng 2024 (được sửa đổi, bổ sung tại Luật Các tổ chức tín dụng sửa đổi 2025) và doanh nghiệp đi vay hoặc được bảo lãnh không trực tiếp, gián tiếp cùng chịu sự điều hành, kiểm soát, góp vốn, đầu tư của một bên khác theo quy định tại các điểm b, e và điểm i khoản 2 Điều 5 Nghị định 255/2026/NĐ-CP.

- Chủ nợ, bên bảo lãnh là tổ chức do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ có chức năng mua, bán, xử lý nợ không tham gia trực tiếp, gián tiếp điều hành, kiểm soát góp vốn, đầu tư vào doanh nghiệp bên nợ hoặc doanh nghiệp được bảo lãnh theo quy định tại điểm a và điểm c khoản 2 Điều 5 Nghị định 255/2026/NĐ-CP.

(5) Một doanh nghiệp chỉ định thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc năm quyền kiểm soát của một doanh nghiệp khác với điều kiện số lượng các thành viên được doanh nghiệp thứ nhất chỉ định chiếm trên 50% tổng số thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát của doanh nghiệp thứ hai; hoặc một thành viên được doanh nghiệp thứ nhất chỉ định có quyền quyết định các chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp thứ hai;

(6) Hai doanh nghiệp cùng có trên 50% thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có một thành viên ban lãnh đạo có quyền quyết định các chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh được chỉ định bởi một bên thứ ba;

(7) Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc chịu sự kiểm soát về nhân sự, tài chính và hoạt động kinh doanh bởi các cá nhân thuộc một trong các mối quan hệ vợ, chồng; cha mẹ để, cha mẹ nuôi, cha dượng, mẹ kế, cha mẹ vợ, cha mẹ chồng; con đẻ, con nuôi, con riêng của vợ hoặc chồng, con dâu, con rề; anh, chị, em cùng cha mẹ, anh, chị em cùng cha khác mẹ, anh, chị, em cùng mẹ khác cha, anh rể, em rễ, chị dâu, em dâu của người cùng cha mẹ hoặc cùng cha khác mẹ, cùng mẹ khác cha; ông bà nội, ông bà ngoại; cháu nội, cháu ngoại; cô, dì, chú, cậu, bác ruột và cháu ruột;

(8) Hai cơ sở kinh doanh có mối quan hệ trụ sở chính và cơ sở thường trú hoặc cùng là cơ sở thường trú của tổ chức, cá nhân nước ngoài;

(9) Các doanh nghiệp chịu sự kiểm soát của một cá nhân thông qua vốn góp của cá nhân này vào doanh nghiệp đó hoặc trực tiếp tham gia điều hành doanh nghiệp;

(10) Các trường hợp khác trong đó doanh nghiệp (bao gồm cả chỉ nhánh hạch toán độc lập thực hiện kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp) chịu sự điều hành, kiểm soát, quyết định trên thực tế đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp kia;

(11) Doanh nghiệp có phát sinh các giao địch nhượng, nhận chuyển nhượng vốn góp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế; vay, cho vay, mượn, cho mượn ít nhất 10% vốn góp của chủ sở hữu tại thời điểm phát sinh giao dịch trong kỳ tính thuế với cá nhân điều hành, kiểm soát doanh nghiệp hoặc với cá nhân thuộc một trong các mối quan hệ theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 5 Nghị định 255/2026/NĐ-CP;

(12) Tổ chức tín dụng với Công ty con hoặc với Công ty kiểm soát hoặc với Công ty liên kết của tổ chức tín dụng theo quy định tại Luật Các tổ chức tín dụng 2024 (được sửa đổi, bổ sung tại Luật Các tổ chức tín dụng sửa đổi 2025).

Khoản chi phí dịch vụ giữa các bên liên kết có được trừ vào chi phí tính thuế TNDN không?

Căn cứ khoản 2 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP quy định trừ các khoản chi quy định tại điểm b khoản 2 Điều 16 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, người nộp thuế được trừ các khoản chi phí dịch vụ vào chi phí tính thuế trong kỳ khi tính thuế TNDN nếu đáp ứng đủ các điều kiện như sau:

(1) Dịch vụ được cung cấp có giá trị thương mại, tài chính, kinh tế và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế;

(2) Dịch vụ từ các bên liên kết được xác định đã cung cấp trong điều kiện hoàn cảnh tương tự các bên độc lập chi trả cho các dịch vụ này;

(3) Phí dịch vụ được thanh toán trên cơ sở nguyên tắc giao dịch độc lập và phương pháp tính giá giao dịch liên kết hoặc phân bổ mức phí dịch vụ giữa các bên liên kết phải được áp dụng thống nhất trong toàn tập đoàn đối với loại hình dịch vụ tương tự và người nộp thuế phải cung cấp hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và thông tin về phương pháp tính, yếu tố phân bổ và chính sách giá của tập đoàn đối với dịch vụ được cung cấp.

Trường hợp liên quan đến các trung tâm thực hiện chức năng chuyên môn hóa và hợp lực tạo giá trị tăng thêm của tập đoàn, người nộp thuế phải xác định tổng giá trị tạo ra từ các chức năng này, xác định mức phân bổ lợi nhuận phù hợp với giá trị đóng góp của các bên liên kết sau khi đã trừ (-) mức phí dịch vụ tương ứng cho bên liên kết thực hiện chức năng điều phối, cung cấp dịch vụ của giao dịch độc lập có tính chất tương đồng.