Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào trong công ty TNHH hai thành viên trở lên

Ảnh minh họa - Nguồn từ Internet

Công ty TNHH hai thành viên trở lên tính thuế theo phương pháp khấu trừ phải tuân thủ và đảm bảo thực hiện các nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (thuế GTGT) đầu vào sau để tính thuế, cụ thể:

1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.

- Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Công ty TNHH hai thành viên trở lên phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.

- Trường hợp hàng hóa có hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển, bơm rót như xăng, dầu… thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của số lượng hàng hóa hao hụt vượt định mức không được khấu trừ, hoàn thuế.

- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ hình thành tài sản cố định là nhà ăn ca, nhà nghỉ giữa ca, phòng thay quần áo, nhà để xe, nhà vệ sinh, bể nước phục vụ cho người lao động trong khu vực sản xuất, kinh doanh và nhà ở, trạm y tế cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp được khấu trừ toàn bộ.

- Trường hợp nhà ở cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp do công ty TNHH hai thành viên trở lên đi thuê thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế và giá cho thuê nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT đối với khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này được khấu trừ theo quy định. Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên xây dựng hoặc mua nhà ở ngoài khu công nghiệp phục vụ cho công nhân làm việc trong các khu công nghiệp, nhà xây dựng hoặc nhà mua thực hiện theo quy định của pháp luật về tiêu chuẩn thiết kế nhà ở công nhân khu công nghiệp thì thuế GTGT của nhà xây dựng, nhà mua phục vụ cho công nhân được khấu trừ toàn bộ.

- Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với công ty TNHH hai thành viên trở lên tại Việt Nam thì công ty TNHH hai thành viên trở lên không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.

Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và công ty TNHH hai thành viên trở lên tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ công ty TNHH hai thành viên trở lên tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do công ty TNHH hai thành viên trở lên tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.

2. Đối với các hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Công ty TNHH hai thành viên trở lên phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Nếu không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính như sau:

Công ty TNHH hai thành viên trở lên kinh doah hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hằng tháng/quý phải tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý. Cuối năm thì công ty TNHH hai thành viên trở lên phải thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.

3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định:

- Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh;

- Tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo.

- Tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.

Lưu ý: Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn; ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.

4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:

(i) Đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên tổ chức sản xuất khép kín, hoạch toán tập trung có sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào tại các khâu được khấu trừ toàn bộ.

(ii) Đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả công ty mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Công ty TNHH hai thàng viên trở thành phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.

- Đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản, công ty đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì công ty phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Nếu không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. Công ty TNHH hai thành viên trở lên phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế.

- Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Ví dụ: Công ty A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư xây dựng cơ bản, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì công ty TNHH hai thành viên trở lên được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.

- Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì công ty không được khấu trừ thuế.

- Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

+ Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): công ty TNHH hai thành viên trở lên được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản).

+ Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

(iii) Đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên có dự án đầu tư (bao gồm cả công ty TNHH hai thành viên trở lên mới thành lập) vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ % sau đây:

Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong 03 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.

5. Công ty TNHH hai thành viên trở lên được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do công ty TNHH hai thành viên trở lên tự sản xuất) dùng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

6. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.

7. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT không được khấu trừ, trừ các trường hợp sau:

- Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mà công ty TNHH hai thành viên trở lên mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hướng dẫn tại khoản 19 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC được khấu trừ toàn bộ;

- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên được khấu trừ toàn bộ.

8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của công ty TNHH hai thành viên trở lên.

>> Tham khảo chi tiết tại công việc Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng.

9. Đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, công ty TNHH hai thành viên trở lên được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

10. Khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT trừ trường hợp:

Công ty TNHH hai thành viên trở lên sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam mua dịch vụ của tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, cá nhân ở nước ngoài là đối tượng không cư trú tại Việt Nam, bao gồm các trường hợp: sửa chữa phương tiện vận tải, máy móc, thiết bị (bao gồm cả vật tư, phụ tùng thay thế); quảng cáo, tiếp thị; xúc tiến đầu tư và thương mại; môi giới bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ ra nước ngoài; đào tạo; chia cước dịch vụ bưu chính, viễn thông quốc tế giữa Việt Nam với nước ngoài mà các dịch vụ này được thực hiện ở ngoài Việt Nam, dịch vụ thuê đường truyền dẫn và băng tần vệ tinh của nước ngoài theo quy định của pháp luật.

11. Trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên ủy quyền cho các tổ chức, cá nhân khác mua hàng hóa, dịch vụ mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền thì công ty TNHH hai thành viên trở lên vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ đó trong trường hợp:

- Công ty bảo hiểm ủy quyền cho người tham gia bảo hiểm sửa chữa tài sản; chi phí sửa chữa tài sản cùng các vật tư, phụ tùng thay thế có hóa đơn GTGT ghi tên người tham gia bảo hiểm, công ty bảo hiểm thực hiện thanh toán cho người tham gia bảo hiểm phí bảo hiểm tương ứng theo hợp đồng bảo hiểm thì công ty bảo hiểm được kê khai khấu trừ thuế GTGT tương ứng với phần bồi thường bảo hiểm thanh toán theo hóa đơn GTGT đứng tên người tham gia bảo hiểm; trường hợp phần bồi thường bảo hiểm do công ty bảo hiểm thanh toán cho người tham gia bảo hiểm có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.

- Trước khi thành lập công ty, các sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập công ty, mua sắm hàng hóa, vật tư thì công ty được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.

12. Trường hợp cá nhân, tổ chức không kinh doanh có góp vốn bằng tài sản vào công ty TNHH hai thành viên trở lên thì chứng từ đối với tài sản góp vốn là biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản. Trường hợp tài sản góp vốn là tài sản mới mua, chưa sử dụng, có hóa đơn hợp pháp được hội đồng giao nhận vốn góp chấp nhận thì trị giá vốn góp được xác định theo trị giá ghi trên hóa đơn bao gồm cả thuế GTGT; công ty TNHH hai thành viên trở lên nhận vốn góp được kê khai khấu trừ thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua tài sản của bên góp vốn.

13. Công ty TNHH hai thành viên trở lên nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.

Còn đối với trường hợp công ty TNHH hai thành viên trở lên chuyển đổi từ tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thành tính thuế theo phương pháp trực tiếp thì được tính số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC và theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trước ngày 01/01/2014.

14. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất: phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 01/01/2015 đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định.

15. Mặt khác, công ty TNHH hai thành viên trở lên không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với:

- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT);

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán;

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua, trừ trường hợp ủy quyền mua hàng hóa, dịch vụ.

- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo);

- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.

16. Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.