Điều kiện và hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng trong công ty TNHH hai thành viên trở lên

Ảnh minh họa - Nguồn từ Internet

1. Các trường hợp công ty TNHH 2 thành viên trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng (sau đây gọi tắt là GTGT)

(1) Công ty TNHH 2 thành viên trở lên nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Ví dụ: Công ty A thực hiện khai thuế GTGT theo quý, tại kỳ tính thuế quý IV/2022 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết là 80 triệu thì công ty A được khấu trừ vào kỳ tính thuế quý I/2016. Trường hợp các kỳ tính thuế quý I/2023, quý II/2023 vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết thì công ty A chuyển số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết để tiếp tục khấu trừ tại kỳ tính thuế quý III/2023 và các kỳ tính thuế tiếp theo.

(2) Công ty TNHH 2 thành viên trở lên được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư: xem chi tiết tại công việc Hoàn thuế đối với dự án đầu tư.

(3) Công ty TNHH 2 thành viên trở lên được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: xem chi tiết tại công việc Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

(4) Công ty TNHH 2 thành viên trở lên nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Công ty TNHH 2 thành viên trở lên trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. 

Công ty có trách nhiệm thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.

Trường hợp công ty TNHH 2 thành viên trở lên sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản, thì:

- Số thuế GTGT đã được hoàn sẽ được thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế;

- Số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế. 

Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế, đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp công ty chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính nhưng đã được hoàn thuế thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Còn nếu có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra

Ví dụ: Năm 2022, công ty A trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, công ty A có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của giai đoạn đầu tư đã được cơ quan thuế hoàn trong tháng 8/2022 là 700 triệu đồng. Do khó khăn, tháng 2/2023 công ty A quyết định giải thể và có văn bản gửi cơ quan thuế về việc sẽ giải thể thì:

- Trong giai đoạn công ty A chưa hoàn thành thủ tục pháp lý để giải thể, cơ quan thuế chưa thu hồi lại thuế GTGT đã hoàn.

- 20 ngày trước khi công ty A có đủ thủ tục pháp lý để giải thể chính thức vào tháng 10/2016, doanh nghiệp thực hiện bán một (01) tài sản đã đầu tư thì doanh nghiệp A không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra (số thuế đã được cơ quan thuế hoàn).

- Đối với những tài sản không bán ra, công ty A phải kê khai điều chỉnh để nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn.

(5) Đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo: xem chi tiết tại công việc Hoàn thuế đối với dự án ODA.

(6) Công ty có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền 

Bao gồm cả trường hợp có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền tại Việt Nam và trường hợp hoàn thuế GTGT theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

2. Điều kiện để được hoàn thuế giá trị gia tăng

Để được hoàn thuế GTGT, các công ty TNHH 2 thành viên trở lên thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT trong các trường hợp 1, 2, 3 và 4 tại Mục 1 (nêu trên) cần đáp ứng các điều kiện sau:

- Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ;

- Đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (Giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền;

- Có con dấu theo quy định pháp luật;

- Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán;

- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của công ty;

Lưu ý: nếu trên Tờ khai thuế GTGT đã kê khai đề nghị hoàn thuế thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau.

3. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

3.1. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo Điều ước quốc tế; hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động) gồm:

(1) Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC. 

(2) Các tài liệu có liên quan theo trường hợp hoàn thuế, cụ thể như sau:

a) Trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư:

a.1) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

a.2) Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

a.3) Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

a.4) Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP);

a.5) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

a.6) Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

b) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu:

b.1) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

b.2) Danh sách tờ khai hải quan đã thông quan theo mẫu số 01-2/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC đối với hàng hóa xuất khẩu đã thông quan theo quy định về pháp luật hải quan.

c) Trường hợp hoàn thuế chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại:

Xem chi tiết hồ sơ TẠI ĐÂY.

d) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức:

d.1) Bản sao Quyết định phê duyệt văn kiện chương trình, dự án, khoản viện trợ phi dự án và văn kiện chương trình, dự án, phi dự án;

d.2) Giấy đề nghị xác nhận chi phí hợp lệ vốn sự nghiệp đối với chi sự nghiệp và giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư đối với chi đầu tư của chủ dự án (trường hợp tiếp nhận viện trợ không hoàn lại thuộc nguồn thu ngân sách nhà nước) theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 24 Nghị định 80/2020/NĐ-CP và điểm a khoản 10 Điều 10 Nghị định số 11/2020/NĐ-CP.

d.3) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm d.1 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

đ) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam:

đ.1) Bản sao Quyết định tiếp nhận viện trợ khẩn cấp để cứu trợ (trường hợp viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ) hoặc Quyết định chủ trương tiếp nhận viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai và văn kiện viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai (trường hợp viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai) theo quy định tại khoản 6, 7, 8 Điều 3 Nghị định 50/2020/NĐ-CP.

đ.2) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm đ.1 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

e) Hoàn thuế đối với ngân hàng thương mại là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho khách xuất cảnh:

Bảng kê chứng từ hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài xuất cảnh theo mẫu số 01-4/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

g) Trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật: Quyết định của cơ quan có thẩm quyền.

3.2. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động

(1) Trường hợp thuộc diện cơ quan thuế phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế không phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định.

(2) Trường hợp không thuộc diện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế nêu thì người nộp thuế lập và gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC đến cơ quan thuế.

3.3. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác

(1) Trường hợp đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, hồ sơ gồm:

a) Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác theo mẫu số 02/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

b) Tài liệu liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, bao gồm:

b.1) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hóa lãnh sự trong đó ghi rõ là đối tượng cư trú trong năm tính thuế nào;

b.2) Bản sao hợp đồng kinh tế, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng đại lý, hợp đồng uỷ thác, hợp đồng chuyển giao công nghệ hoặc hợp đồng lao động ký với tổ chức, cá nhân Việt Nam, giấy chứng nhận tiền gửi tại Việt Nam, giấy chứng nhận góp vốn vào Công ty tại Việt Nam (tuỳ theo loại thu nhập trong từng trường hợp cụ thể) có xác nhận của người nộp thuế;

b.3) Văn bản xác nhận của tổ chức, cá nhân Việt Nam ký kết hợp đồng về thời gian và tình hình hoạt động thực tế theo hợp đồng (trừ trường hợp hoàn thuế đối với hãng vận tải nước ngoài);

b.4) Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy uỷ quyền để uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc uỷ quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc uỷ quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định;

b.5) Bảng kê chứng từ nộp thuế theo mẫu số 02-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

(2) Trường hợp đề nghị hoàn thuế theo Điều ước quốc tế khác, hồ sơ gồm:

a) Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác theo mẫu số 02/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC có xác nhận của cơ quan đề xuất ký kết Điều ước quốc tế.

b) Tài liệu liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, bao gồm:

b.1) Bản sao Điều ước quốc tế;

b.2) Bản sao hợp đồng với bên Việt Nam có xác nhận của tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc đại diện được uỷ quyền;

b.3) Bản tóm tắt hợp đồng có xác nhận của tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc đại diện được uỷ quyền. Bản tóm tắt hợp đồng gồm các nội dung sau: tên hợp đồng và tên các điều khoản của hợp đồng, phạm vi công việc của hợp đồng, nghĩa vụ thuế tại hợp đồng;

b.4) Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài ủy quyền cho một tổ chức hoặc cá nhân Việt Nam thực hiện các thủ tục hoàn thuế theo Điều ước quốc tế. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy uỷ quyền để uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc uỷ quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc uỷ quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định;

b.5) Bảng kê chứng từ nộp thuế theo mẫu số 02-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.