- Các khoản chi cho các cơ quan Đảng, an ninh, quốc phòng chiếm tỷ trọng đáng kể nhưng không thực hiện kiểm toán;
- Một số khoản chi sự nghiệp (sự nghiệp môi trường, giao thông...) có tính chất phức tạp, nhất là các đơn vị được bổ sung kinh phí sự nghiệp để mua sắm, sửa chữa cải tạo (ngoài dự toán đầu năm);
- Chế độ chính sách về lĩnh vực chi ngân sách nhiều và thay đổi dẫn đến luôn tiềm ẩn các sai sót, sai phạm của các đơn vị trong quá trình quản lý, sử dụng tài chính, tài sản công.
- Có nhiều văn bản quy định về chính sách chế độ, kéo dài qua nhiều năm; quy trình hỗ trợ các đối tượng chính sách tiềm ẩn sự trùng lắp giữa các chương trình, sử dụng sai mục đích kinh phí...
- Do đặc thù phức tạp của lĩnh vực đầu tư xây dựng, thời gian thực hiện dự án kéo dài, cơ chế quản lý thường xuyên thay đổi từ lúc có quyết định đầu tư đến khi hoàn thành dự án nên tiềm ẩn nhiều sai sót.
Quyết định 06/2017/QĐ-KTNN có hiệu lực từ ngày 27/7/2017.