Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào trong công ty TNHH một thành viên

Trong quá trình thực hiện sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên tính thuế theo phương pháp khấu trừ phải tuân thủ và đảm bảo thực hiện các nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào sau để tính thuế, cụ thể:

1. Phải khấu trừ toàn bộ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh, kể cả đối với các hàng hóa, dịch vụ bị tổn thất không được bồi thường.

Các trường hợp tổn thất không được bồi thường được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm: thiên tai, hỏa hoạn, các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường, hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy. Công ty phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế.

2. Đối với các hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ để sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Công ty phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ. Nếu không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính như sau:

Công ty hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý phải tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý. Cuối năm thì sẽ thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.

3. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:

(1) Khấu trừ toàn bộ số thuế GTGT đầu vào khi sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT qua các khâu để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT của các công ty tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung.

(2) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư thực hiện đầu tư theo nhiều giai đoạn, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, có phương án sản xuất, kinh doanh tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán tập trung và sử dụng sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT để sản xuất ra mặt hàng chịu thuế GTGT nhưng trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản có cung cấp hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định được khấu trừ toàn bộ. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào không sử dụng cho đầu tư tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT để kê khai khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế GTGT so với tổng doanh số hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Đối với cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản:

- Trường hợp, công ty đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì công ty phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Nếu không thực hiện điều chỉnh, qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện ra thì cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu, truy hoàn và xử phạt theo quy định. 

- Trường hợp công ty có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

- Trường hợp công ty bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì công ty không được khấu trừ thuế.

Ví dụ: Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, công ty chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp công ty sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

+ Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): công ty được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).

+ Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

(3) Đối với công ty có dự án đầu tư (bao gồm cả công ty mới thành lập), vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ như sau:

Số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.

4. Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả hàng hóa mua ngoài hoặc hàng hóa do công ty tự sản xuất) dùng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo dưới các hình thức, phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT; hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT bao gồm: hàng hóa, dịch vụ mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hoặc sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đến ngày khai thác đầu tiên hoặc ngày sản xuất đầu tiên.

5. Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế.

6. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Trường hợp công ty phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của công ty.

>> Tham khảo chi tiết tại công việc Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng.

7. Đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, thì công ty được hạch toán vào chi phí để tính thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

8. Khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT (trừ trường hợp công ty sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam mua dịch vụ của tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, cá nhân ở nước ngoài là đối tượng không cư trú tại Việt Nam hoặc công ty không kinh doanh, không phải là người nộp thuế GTGT bán tài sản).

9. Trường hợp công ty ủy quyền cho các tổ chức, cá nhân khác mua hàng hóa, dịch vụ mà hóa đơn mang tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền thì công ty vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ đó trong trường hợp:

Trước khi thành lập công ty, sáng lập viên có văn bản ủy quyền cho tổ chức, cá nhân thực hiện chi hộ một số khoản chi phí liên quan đến việc thành lập công ty, mua sắm hàng hóa, vật tư thì công ty được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT đứng tên tổ chức, cá nhân được ủy quyền và phải thực hiện thanh toán cho tổ chức, cá nhân được ủy quyền qua ngân hàng đối với những hóa đơn có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên.

10. Thời gian khấu trừ thuế GTGT đầu vào của công ty chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ trực tiếp sang khấu trừ được tính từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.

Còn đối với trường hợp công ty chuyển đổi từ tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thành tính thuế theo phương pháp trực tiếp thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết sẽ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn.

Ngoài ra, công ty không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với:

- Chi phí thuê, mua nhà cho chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam và hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với công ty tại Việt Nam. Trường hợp chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác mà vẫn hưởng lương và biên chế ở công ty nước ngoài và quy định công ty tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở thì được khấu trừ thuế.

- Hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho sản xuất: phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ, thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản và thức ăn cho vật nuôi khác tiêu thụ trong nước không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào thể hiện trên hóa đơn GTGT, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu phát sinh trước ngày 01 tháng 01 tháng 2015 vẫn được khấu trừ.

- Tài sản cố định, máy móc, thiết bị (kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa) trong các trường hợp sau:

+ Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh;

+ Tài sản cố định, máy móc, thiết bị của công ty  kinh doanh cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo;

+ Tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.

- Phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (Giá chưa có thuế GTGT) đối với ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn; ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô).

- Hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT.

- Hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hoạt động của các đơn vị không trực tiếp hoạt động kinh doanh như Văn phòng Tổng công ty, tập đoàn.... vì các đơn vị này không phải là người nộp thuế GTGT.

Trường hợp các đơn vị này có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thì phải đăng ký, kê khai nộp thuế GTGT riêng cho các hoạt động này.

- Hóa đơn GTGT sử dụng không đúng quy định của pháp luật như: hóa đơn GTGT không ghi thuế GTGT (trừ trường hợp đặc thù được dùng hóa đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT);

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán nên không xác định được người bán;

- Hóa đơn không ghi hoặc ghi không đúng một trong các chỉ tiêu như tên, địa chỉ, mã số thuế của người mua nên không xác định được người mua, trừ trường hợp ủy quyền mua hàng hóa, dịch vụ.

- Hóa đơn, chứng từ nộp thuế GTGT giả, hóa đơn bị tẩy xóa, hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo);

- Hóa đơn ghi giá trị không đúng giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ mua, bán hoặc trao đổi.

Các trường hợp đặc thù khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.