Kho bạc Nhà nước được tổ chức từ Trung ương đến địa phương theo mô hình 02 cấp.
- Kho bạc Nhà nước có 10 đơn vị tại Trung ương:
+ Ban Chính sách - Pháp chế;
+ Ban Kế toán Nhà nước;
+ Ban Quản lý ngân quỹ;
+ Ban Tổ chức cán bộ;
+ Ban Tài vụ - Quản trị;
+ Ban Quản lý hệ thống thanh toán;
+ Ban Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số;
+ Ban Giao dịch;
+ Thanh tra Kho bạc Nhà nước;
+ Văn phòng.
Các tổ chức quy định trên là tổ chức hành chính giúp Giám đốc Kho bạc Nhà nước thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Ban Quản lý hệ thống thanh toán có 03 tổ, Ban Kế toán Nhà nước có 04 tổ, Ban Quản lý ngân quỹ có 04 tổ, Ban Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số có 05 tổ, Ban Giao dịch có 02 tổ, Thanh tra Kho bạc Nhà nước có 04 tổ và Văn phòng có 05 tổ.
- Kho bạc Nhà nước tại địa phương được tổ chức theo 20 khu vực.
Tên gọi, trụ sở và địa bàn quản lý của các Kho bạc Nhà nước khu vực theo Phụ lục kèm theo Quyết định 385/QĐ-BTC năm 2025.
Kho bạc Nhà nước khu vực được tổ chức bình quân không quá 10 phòng tham mưu, giúp việc và 350 Phòng Giao dịch.
Kho bạc Nhà nước khu vực, Phòng Giao dịch có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật.
- Giám đốc Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm:
+ Trình Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Kho bạc Nhà nước khu vực;
+ Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Ban, Văn phòng, Thanh tra thuộc Kho bạc Nhà nước.
- Kho bạc Nhà nước có Giám đốc và một số Phó Giám đốc.
- Giám đốc Kho bạc Nhà nước là người đứng đầu Kho bạc Nhà nước, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Tài chính và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Kho bạc Nhà nước. Phó Giám đốc Kho bạc Nhà nước chịu trách nhiệm trước Giám đốc Kho bạc Nhà nước, Bộ trưởng Bộ Tài chính và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công phụ trách.
Quyết định 385/QĐ-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/3/2025.