Việc trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp được thực hiện theo Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2009, Điều 18 Nghị định 218/2013/NĐ-CP và Thông tư liên tịch 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC hướng dẫn nội dung chi và quản lý Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ - Bộ Tài chính ban hành.
Thủ tục hoàn quỹ phát triển khoa học và công nghệ hiện tại pháp luật không quy định cụ thể.
Vấn đề hạch toán quy định tại Điều 64. Tài khoản 356 – Quỹ phát triển khoa học và công nghệ Thông tư 200/2014/TT-BTC hướng dẫn Chế độ kế toán Doanh nghiệp do Bộ Tài chính ban hành