Theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 16 của Thông tư 156/2013/TT-BTC, thì thuế TNCN có hai kỳ kê khai là theo tháng hoặc theo quý. Việc khai thuế theo tháng hoặc quý được xác định một lần kể từ tháng đầu tiên có phát sinh khấu trừ thuế và áp dụng cho cả năm. Cụ thể được xác định như sau:

-         Nếu doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo quý sẽ kê khai thuế TNCN theo quý.

-         Nếu doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo tháng thì xét trong hai trường hợp sau:

+). Nếu trong tháng có phát sinh số thuế TNCN phải nộp của ít nhất một loại tờ khai thuế thu nhập cá nhân từ 50 triệu đồng trở lên thì kê khai theo tháng.

+). Nếu trong tháng có phát sinh số thuế TNCN phải nộp của ít nhất một loại tờ khai thuế thu nhập cá nhân từ 50 triệu đồng trở lên thì kê khai theo quý.

Như vậy trong trường hợp của doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo quý, thì kê khai thuế TNCN cũng sẽ theo quý.

Theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 16 của Thông tư 156/2013/TT-BTC, thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được xác định như sau:

“d) Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

- Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tháng chậm nhất là ngày thứ 20 (hai mươi) của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.

- Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quý chậm nhất là ngày thứ 30 (ba mươi) của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế .

- Thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế chậm nhất là ngày thứ 90 (chín mươi) kể từ ngày kết thúc năm dương lịch”.