Về chi phí được trừ khi tiêu hủy hàng hóa, theo quy định tại Thông tư 96/2015/TT-BTC:

"Điều 4. Sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 2 Điều 6 Thông tư số 119/2014/TT-BTC và Điều 1 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

“Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế

b) Hàng hóa bị hư hỏng do thay đổi quá trình sinh hóa tự nhiên, hàng hóa hết hạn sử dụng, không được bồi thường thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

Hồ sơ đối với hàng hóa bị hư hỏng do thay đổi quá trình sinh hóa tự nhiên, hàng hóa hết hạn sử dụng, được tính vào chi phí được trừ như sau:

- Biên bản kiểm kê giá trị hàng hóa bị hư hỏng do doanh nghiệp lập.

Biên bản kiểm kê giá trị hàng hóa hư hỏng phải xác định rõ giá trị hàng hóa bị hư hỏng, nguyên nhân hư hỏng; chủng loại, số lượng, giá trị hàng hóa có thể thu hồi được (nếu có) kèm theo bảng kê xuất nhập tồn hàng hóa bị hư hỏng có xác nhận do đại diện hợp pháp của doanh nghiệp ký và chịu trách nhiệm trước pháp luật.

- Hồ sơ bồi thường thiệt hại được cơ quan bảo hiểm chấp nhận bồi thường (nếu có).

- Hồ sơ quy định trách nhiệm của tổ chức, cá nhân phải bồi thường (nếu có).

c) Hồ sơ nêu trên được lưu tại doanh nghiệp và xuất trình với cơ quan thuế khi cơ quan thuế yêu cầu”."

=> Theo quy định này thì hàng hóa mà bị hư hỏng do thay đổi quá trình sinh hóa tự nhiên, hàng hóa hết hạn sử dụng, không được bồi thường thì được tính vào chi phí được trừ.

Về thuế GTGT, áp dụng như Công văn 8127/TCHQ-TXNK, nguyên liệu sữa nhập vào để gia công, sản xuất xuất khẩu mà bị hư hỏng, phải tiêu hủy thì không phải chịu thuế GTGT.