Việc xác định chi phí được trừ hay không được trừ khi xác định Thu nhập doanh nghiệp hiện này đang được quy định tại Nghị định 12/2015/NĐ-CP và được hướng dẫn cụ thể tại Thông tư 96/2015/TT-BTC. Và trường hợp khi doanh nghiệp bị phạt hợp đồng do vi phạm hợp đồng thì xác định chi phí được trừ khi xác định thu nhập để tính thuế TNDN.

Căn cứ theo Khoản 2 Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC quy định các khoản chi phí được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế, bao gồm:                                                      

“2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:

.......

2.36. Các khoản tiền phạt về vi phạm hành chính bao gồm: vi phạm luật giao thông, vi phạm chế độ đăng ký kinh doanh, vi phạm chế độ kế toán thống kê, vi phạm pháp luật về thuế bao gồm cả tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các khoản phạt về vi phạm hành chính khác theo quy định của pháp luật.”

Như vậy, căn cứ theo quy định trên, đối với các khoản phạt về vi phạm hành chính thì là khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Tuy nhiên trường hợp của chị là khoản phạt vi phạm hợp đồng, không thuộc trường hợp này, nên sẽ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế được cho vào chi phí được trừ, tức là sẽ được giảm trừ khi tính thuế TNDN .Trường hợp công ty có phát sinh các khoản chi về tiền phạt, bồi thường do vi phạm hợp đồng kinh tế với khách hàng. Khi chi tiền, công ty lập chứng từ chi tiền. Căn cứ vào hợp đồng kinh tế, chứng từ thanh toán trên, Công ty thực hiện xác định tính chi phí theo quy định của thuế TNDN.

Như vậy:

-Khoản tiền phạt do vi phạm hợp đồng kinh tế được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

- Nếu chi bằng tiền thì phải lập phiếu chi và phiếu thu.

-Nếu bồi thường bằng hàng hóa thì phải lập hóa đơn và kê khai thuế như bình thường.