Ở đây chia thành 2 trường hợp:

+ Thứ nhất, cá nhân đó không phải là cá nhân kinh doanh, tức là họ không đăng ký thuế, không thể xuất hóa đơn cho công ty được thì công ty có nghĩa vụ khấu trừ thuế 10% trước khi chi trả theo điểm i khoản 1 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế thu nhập cá nhân và Nghị định 65/2013/NĐ-CP do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành:

“i) Khấu trừ thuế đối với một số trường hợp khác

Các tổ chức, cá nhân trả tiền công, tiền thù lao, tiền chi khác cho cá nhân cư trú không ký hợp đồng lao động (theo hướng dẫn tại điểm c, d, khoản 2, Điều 2 Thông tư này) hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng có tổng mức trả thu nhập từ hai triệu (2.000.000) đồng/lần trở lên thì phải khấu trừ thuế theo mức 10% trên thu nhập trước khi trả cho cá nhân."

Do đó, doanh nghiệp thỏa thuận cá nhân tự khai nộp thuế là không phù hợp với quy định này. Chi phí này sẽ không hợp lệ vì không có chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân như nêu trên.

+ Thứ hai, cá nhân có đăng ký thuế, có thể mua hóa đơn xuất cho công ty thì bản chất bên doanh nghiệp đang mua dịch vụ, bên bán chỉ cần xuất hóa đơn cho bên doanh nghiệp còn về mặt thuế thì họ có trách nhiệm kê khai theo đúng quy định về thuế đối với cá nhân kinh doanh theo Thông tư 40/2021/TT-BTC hướng dẫn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh do Bộ Tài chính ban hành.