Công ty A vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu (thuế xuất 0%), vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước (không chịu thuế). Trên tờ khai thuế GTGT 12/2015 khi phân bổ lại số thuế GTGT được hoàn cho xuất khẩu đã tính nhầm công thức nên phân bổ thiếu khoảng 500 triệu đồng số thuế GTGT được hoàn. Công ty đã được hoàn thuế theo số thuế phân bổ không bao gồm số thuế 500 triệu đồng này. Đến tháng 7/2016 khi cơ quan thuế đến công ty kiểm tra hồ sơ sau hoàn thuế và đã có quyết định kết quả kiểm tra hoàn thuế GTGT đến kỳ kê khai 06/2016. Sau khi phát hiện sai sót trên công ty đã kê khai điều chỉnh khoảng 500 triệu đồng này trên Tờ khai tháng 8/2016 (theo khoản 2, Điều 5 Nghị định 83/2013/NĐ-CP) và đã được hoàn 1 phần trong số thuế điều chỉnh 500 triệu này . Tuy nhiên theo kết luận của Đoàn kiểm tra sau hoàn thuế GTGT của Cục thuế Cà Mau (Điểm 1, khoản 5, Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC), Công ty không được phép khai điều chỉnh tăng số thuế GTGT được khấu trừ vì Cục thuế đã kiểm tra kỳ kê khai này. Cục thuế Cà Mau ra quyết định truy thu số thuế điều chỉnh này (đã được hoàn) và số tiền phạt tương ứng.

Vậy việc Cục thuế Cà Mau căn cứ Thông tư 156/2013 để kết luận và truy thu thuế là đúng hay sai? (mặc dù công ty nhiều lần giải trình căn cứ vào Nghị định 82/2013).