Về thủ tục sáp nhập hợp tác xã thực hiện theo Khoản 2 Điều 53 Luật Hợp tác xã 2012, cụ thể:
Đầu tiên, các đơn vị sáp nhập (hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã) cần thực hiện:
Bước 1: Xây dựng phương án sắp nhập
Hội đồng quản trị của các hợp tác xã bị sáp nhập xây dựng phương án sáp nhập trình đại hội thành viên của mình quyết định và có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho các chủ nợ, các tổ chức và cá nhân có quan hệ kinh tế với hợp tác xã về quyết định sáp nhập.
Bước 2: Hiệp thương về phương án sắp nhập
Hội đồng quản trị của các hợp tác xã bị sáp nhập hiệp thương về phương án sáp nhập, gồm các nội dung chủ yếu sau: phương án xử lý tài sản, vốn, các khoản nợ; phương án xử lý lao động và những vấn đề tồn động của các hợp tác xã bị sáp nhập.
Bước 3: Nộp hồ sơ đăng ký thay đổi thông tin tại cơ quan có thẩm quyền
Hợp tác xã sau khi sáp nhập nộp hồ sơ đăng ký thay đổi tại Ủy ban nhân dân Quận, Huyện, nơi hợp tác xã đặt trụ sở chính.