Tại điểm b khoản 11 Điều 143 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về hành vi trốn thuế như sau:

11. Người nộp thuế không bị xử phạt về hành vi trốn thuế mà bị xử phạt theo quy định tại khoản 1 Điều 141 của Luật này đối với trường hợp sau đây:

...

b) Nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày có phát sinh số tiền thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế.

Như vậy, trường hợp doanh nghiệp nếu nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế thì không bị xử phạt về hành vi trốn thuế mà chỉ bị xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế. 

Căn cứ theo Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP thì hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế có mức xử phạt như sau:

Ngoài ra, doanh nghiệp vi phạm còn phải nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trong trường hợp chậm nộp hồ sơ khai thuế dẫn đến chậm nộp tiền thuế.

Trường hợp số tiền phạt nếu áp dụng theo khoản này lớn hơn số tiền thuế phát sinh trên hồ sơ khai thuế thì số tiền phạt tối đa đối với trường hợp này bằng số tiền thuế phát sinh phải nộp trên hồ sơ khai thuế nhưng không thấp hơn mức trung bình của khung phạt tiền quy định tại khoản 4 Điều này.