Theo Điều 29 Luật Đấu thầu 2023 (sửa đổi bởi Luật số 57/2024/QH15) quy định thì việc lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt được áp dụng đối với gói thầu thuộc dự án, dự toán mua sắm có một hoặc một số điều kiện đặc thù về quy trình, thủ tục, tiêu chí lựa chọn nhà thầu, điều kiện ký kết và thực hiện hợp đồng hoặc khi triển khai thực hiện có yêu cầu phải bảo đảm quốc phòng, an ninh, đối ngoại, biên giới lãnh thổ, thực hiện nhiệm vụ chính trị của quốc gia mà không thể áp dụng được một trong các hình thức lựa chọn nhà thầu sau:
- Đấu thầu rộng rãi;
- Đấu thầu hạn chế;
- Chỉ định thầu;
- Chào hàng cạnh tranh;
- Mua sắm trực tiếp;
- Tự thực hiện;
- Tham gia thực hiện của cộng đồng;
- Đàm phán giá.
Về quy trình lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt được quy định tại Điều 83 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP). Đơn cử như quy trình lựa chọn nhà thầu đối với gói thầu mua thuốc, vắc xin, thiết bị y tế thông qua các tổ chức quốc tế được thực hiện như sau:
- Bộ trưởng Bộ Y tế giao cơ quan, đơn vị trực thuộc lập hồ sơ đề nghị áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt, đồng thời giao cơ quan, đơn vị khác tổ chức thẩm định;
- Hồ sơ gồm:
+ Tờ trình, dự thảo quyết định của Bộ trưởng Bộ Y tế và các văn bản, tài liệu liên quan.
+ Tờ trình về lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt bao gồm những nội dung:
++ Thông tin cơ bản về dự án, dự toán mua sắm, gói thầu (tên dự án, dự toán mua sắm, gói thầu;
++ Nguồn vốn, tổng mức đầu tư của dự án, giá trị dự toán mua sắm, giá gói thầu;
++ Thời gian dự kiến thực hiện; các nội dung cần thiết khác);
++ Giải trình về sự cần thiết và điều kiện đặc thù đối với một hoặc một số nội dung quy định tại khoản 1 Điều 29 Luật Đấu thầu 2023 (sửa đổi bởi Luật số 57/2024/QH15), lý do không thể áp dụng được một trong các hình thức lựa chọn nhà thầu quy định tại các Điều 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27 và 28 Luật Đấu thầu 2023 (sửa đổi bởi Luật số 57/2024/QH15);
++ Dự thảo phương án lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt gồm những nội dung chủ yếu sau: quy trình, thủ tục lựa chọn nhà thầu và các nội dung liên quan khác để đáp ứng các điều kiện đặc thù của gói thầu thuộc dự án, dự toán mua sắm bảo đảm lựa chọn được nhà thầu có đủ năng lực, kinh nghiệm, giải pháp thực hiện khả thi, hiệu quả;
- Căn cứ hồ sơ đề nghị và báo cáo thẩm định, Bộ trưởng Bộ Y tế xem xét, quyết định chấp thuận hoặc không chấp thuận áp dụng hình thức lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt.
Trường hợp tổ chức quốc tế, nhà sản xuất thuốc, vắc xin, thiết bị y tế có quy định riêng về điều kiện mua bán, điều kiện ký kết hợp đồng (nếu có), tạm ứng, thanh toán là điều kiện ràng buộc để cung cấp thuốc, vắc xin, thiết bị y tế thì được thực hiện theo quy định của tổ chức quốc tế, nhà sản xuất đó.
Căn cứ khoản 4 Điều 82 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP) thì thẩm quyền quyết định áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt là:
- Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác ở trung ương, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định và chịu trách nhiệm áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt đối với gói thầu thuộc dự án, dự toán mua sắm quy định tại khoản 1, khoản 2 và điểm s khoản 3 Điều 82 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP);
- Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định và chịu trách nhiệm áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt quy định tại các điểm a, b và c khoản 3 Điều 82 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP);
- Chủ tịch Hội đồng thẩm định nhà nước quyết định và chịu trách nhiệm áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt quy định tại điểm r khoản 3 Điều 82 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP);
- Người có thẩm quyền của dự án, dự toán mua sắm quyết định và chịu trách nhiệm áp dụng lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt quy định tại các điểm d, đ, e, g, h, i, k, l, m, n, o, p và q khoản 3 Điều 82 Nghị định 24/2024/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 17/2025/NĐ-CP).