Theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư 40/2021/TT-BTC thì đối tượng áp dụng của văn bản là cá nhân hợp tác kinh doanh với tổ chức. Đồng thời, tại khoản 10 Điều 3 Thông tư 40/2021/TT-BTC có định nghĩa xác định “Tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân” là tổ chức thỏa thuận với cá nhân về việc cùng đóng góp tài sản, công sức để thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh, cùng hưởng lợi, cùng chịu trách nhiệm theo quy định tại Điều 504 Bộ Luật Dân sự 2015 và một số văn bản hướng dẫn thi hành.
Cũng theo văn bản này cá nhân có hợp tác kinh doanh, có doanh thu từ 100 triệu đồng trở xuống thì thuộc trường hợp không phải nộp thuế GTGT và không phải nộp thuế TNCN theo quy định pháp luật về thuế GTGT và thuế TNCN và ngược lại nếu doanh thu từ 100 triệu đồng trở lên thì sẽ phải nộp thuế GTGT và không phải nộp thuế TNCN. Đồng thời có trách nhiệm khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ và nộp hồ sơ thuế đúng hạn; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ thuế theo quy định.
Theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 8 Thông tư 40/2021/TT-BTC khi tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân thì tổ chức có trách nhiệm khai thuế thay, nộp thuế thay. Cụ thể tại Điều 16 Thông tư 40/2021/TT-BTC hướng dẫn:
+ Về hồ sơ khai thuế khi tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân:
Hồ sơ khai thuế tháng, quý đối với tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân trong trường hợp cá nhân hợp tác kinh doanh với tổ chức tại điểm 8.4 Phụ lục I - Danh mục hồ sơ khai thuế ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ, cụ thể như sau:
- Tờ khai thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo mẫu số 01/CNKD ban hành kèm theo Thông tư 40/2021/TT-BTC;
Mẫu số 01/CNKD: https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2024/TVBA/Mau-so-%2001-CNKD.doc
- Phụ lục Bảng kê chi tiết hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (áp dụng đối với tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân; cá nhân hợp tác kinh doanh với tổ chức; tổ chức chi trả cho cá nhân đạt doanh số; tổ chức là chủ sở hữu sàn giao dịch thương mại điện tử; tổ chức tại Việt Nam là đối tác của nhà cung cấp nền tảng số ở nước ngoài) theo mẫu số 01-1/BK-CNKD ban hành kèm theo Thông tư 40/2021/TT-BTC.
Mẫu số 01-1/BK-CNKD: https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2024/TVBA/Mau-so-01-1-BK-CNKD.doc
- Bản sao hợp đồng hợp tác kinh doanh (nếu là lần khai thuế đầu tiên của hợp đồng). Cơ quan thuế có quyền yêu cầu xuất trình bản chính để đối chiếu, xác nhận tính chính xác của bản sao so với bản chính.
+ Về nơi nộp hồ sơ khai thuế khi tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân:
Nơi nộp hồ sơ khai thuế đối với tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân là cơ quan thuế quản lý trực tiếp tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay.
+ Về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế khi tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân:
Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân quy định tại khoản 1, khoản 3 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019, cụ thể như sau:
- Tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân thuộc trường hợp nộp hồ sơ khai thuế theo tháng thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo liền kề tháng phát sinh nghĩa vụ khai thuế thay, nộp thuế thay.
- Tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân thuộc trường hợp nộp hồ sơ khai thuế theo quý thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của quý tiếp theo liền kề quý phát sinh nghĩa vụ khai thuế thay, nộp thuế thay.
+ Về thời hạn nộp thuế khi tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân:
Thời hạn nộp thuế của tổ chức, cá nhân theo hướng dẫn tại Điều này thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 55 Luật Quản lý thuế 2019, cụ thể: Thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế, thời hạn nộp thuế là thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót.
Như vậy, khi cá nhân có thu nhập từ việc hợp tác kinh doanh với doanh nghiệp thì doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai, nộp thuế thay, việc nộp thuế thay được thực hiện theo hướng dẫn trên.