Theo quy định tại Điều 2 Thông tư 219/2013/TT-BTC về đối tượng chịu thuế GTGT:
Điều 2. Đối tượng chịu thuế
Đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) là hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam (bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài), trừ các đối tượng không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này.
Đồng thời, tại khoản 13 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định hoạt động dạy học, dạy nghề thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT:
Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT:
…
13. Dạy học, dạy nghề theo quy định của pháp luật bao gồm cả dạy ngoại ngữ, tin học; dạy múa, hát, hội họa, nhạc, kịch, xiếc, thể dục, thể thao; nuôi dạy trẻ và dạy các nghề khác nhằm đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ văn hóa, kiến thức chuyên môn nghề nghiệp.
Trường hợp các cơ sở dạy học các cấp từ mầm non đến trung học phổ thông có thu tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các khoản thu khác dưới hình thức thu hộ, chi hộ thì tiền ăn, tiền vận chuyển đưa đón học sinh và các khoản thu hộ, chi hộ này cũng thuộc đối tượng không chịu thuế.
Khoản thu về ở nội trú của học sinh, sinh viên, học viên; hoạt động đào tạo (bao gồm cả việc tổ chức thi và cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo) do cơ sở đào tạo cung cấp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp cơ sở đào tạo không trực tiếp tổ chức đào tạo mà chỉ tổ chức thi, cấp chứng chỉ trong quy trình đào tạo thì hoạt động tổ chức thi và cấp chứng chỉ cũng thuộc đối tượng không chịu thuế. Trường hợp cung cấp dịch vụ thi và cấp chứng chỉ không thuộc quy trình đào tạo thì thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
…
- Bên cạnh đó, tại khoản 3 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP thì người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế trong các trường hợp sau đây:
”...Người nộp thuế chỉ có hoạt động, kinh doanh thuộc đối tượng không chịu thuế theo quy định của pháp luật về thuế đối với từng loại thuế...”
Như vậy, nếu cơ sở giáo dục chỉ có khoản thu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT như thu từ học phí đào tạo thì đơn vị thuộc đối tượng không phải kê khai, nộp thuế GTGT.
Trường hợp cơ sở giáo dục có các khoản thu khác nhau, trong đó có khoản thu thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, khoản thu thuộc đối tượng không chịu thuế thì đơn vị vẫn phải kê khai thuế GTGT; khoản thu từ học phí được kê khai vào chỉ tiêu doanh thu không chịu thuế trên Tờ khai thuế GTGT.
Theo đó, tại điểm 2.2 khoản 2 Công văn 3234/CTHNA-TTHT 2024 của Cục Thuế tỉnh Hà Nam hướng dẫn phương pháp tính thuế GTGT đối với cơ sở giáo dục công lập như sau:
Công văn 3234/CTHNA-TTHT 2024: https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2024/C%C3%B4ng%20v%C4%83n-3234-CTHNA-TTHT.pdf
Cơ sở giáo dục công lập căn cứ quy định tại Điều 12 và Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC để xác định phương pháp tính thuế GTGT như sau:
(1) Phương pháp khấu trừ thuế:
- Áp dụng đối với các đơn vị thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định tại Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
- Số thuế GTGT phải nộp được tính bằng số thuế GTGT đầu ra trừ đi số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ
- Mẫu Tờ khai: Mẫu số 01/GTGT (ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC) https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2024/1.%2001-GTGT.doc
(2) Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng:
- Áp dụng đối với các đơn vị không nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, quy định tại khoản 2 Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
Số thuế GTGT phải nộp được tính bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu:
+ Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
+ Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
+ Hoạt động kinh doanh khác: 2%
Mẫu Tờ khai: Mẫu số 04/GTGT (ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC)https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2024/8.%2004-GTGT.doc
(3) Thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT
- Khai thuế theo tháng chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
- Khai thuế theo quý chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.