Hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư cho cơ sở kinh doanh

Chào anh, Ban biên tập xin được giải đáp như sau:

1. Dự án đầu tư là gì?

Tại khoản 4 Điều 3 Luật Đầu tư 2020 quy định dự án đầu tư là tập hợp đề xuất bỏ vốn trung hạn hoặc dài hạn để tiến hành các hoạt động đầu tư kinh doanh trên địa bàn cụ thể, trong khoảng thời gian xác định.

Đồng thời, khoản 5, 6 và 7 Điều 3 Luật Đầu tư 2020 quy định về các loại dự án đầu tư như sau:

- Dự án đầu tư mở rộng là dự án đầu tư phát triển dự án đầu tư đang hoạt động bằng cách mở rộng quy mô, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ, giảm ô nhiễm hoặc cải thiện môi trường.

- Dự án đầu tư mới là dự án đầu tư thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đầu tư đang hoạt động.

- Dự án đầu tư khởi nghiệp sáng tạo là dự án đầu tư thực hiện ý tưởng trên cơ sở khai thác tài sản trí tuệ, công nghệ, mô hình kinh doanh mới và có khả năng tăng trưởng nhanh.

2. Các điều kiện để cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới được hoàn thuế GTGT

Ngày 12/10/2023, Tổng cục thuế ban hành Công văn 4525/TCT-CS về việc trả lời đề xuất về chính sách thuế và thủ tục hành chính của Hiệp hội Doanh nghiệp Nhật Bản tại Việt Nam, trong đó, Tổng cục Thuế có trả lời về việc hoàn thuế GTGT như sau:

Tại khoản 3 Điều 1 Luật thuế GTGT 2016 có quy định "1. ...Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.”

Đồng thời, theo khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP, có quy định chi tiết về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

…

b) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản này:

b.1) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.2) Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

b.3) Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

Như vậy, Cơ sở kinh doanh (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) được hoàn thuế GTGT khi:

Thứ nhất, cơ sở sản xuất kinh doanh đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. 

Thứ hai, cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư mới và đang trong giai đoạn đầu tư.

Dự án đầu tư mới có thể được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư.

Thứ ba, dự án đầu tư phải có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

- Tại điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 2 Thông tư 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023) hướng dẫn hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng trường hợp hoàn thuế đối với dự án đầu tư, bao gồm:

- Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

- Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

- Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

- Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.

- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

- Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

Như vậy, về hồ sơ để hoàn thuế GTGT thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 2 Thông tư 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023).