Hướng dẫn chính sách thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dự án đầu tư trong giai đoạn vận hành, chạy thử theo Công văn 3577/CT-CS

Hướng dẫn chính sách thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dự án đầu tư trong giai đoạn vận hành, chạy thử theo Công văn 3577/CT-CS

Ngày 04/9/2025, Cục Thuế ban hành Công văn 3577/CT-CS về chính sách thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Công văn 3577/CT-CS: https://cdn.thuvienphapluat.vn/uploads/DanLuat-BanAn/2025/3/cong-van-3577.pdf

Theo đó, Cục Thuế hướng dẫn chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với dự án đầu tư trong giai đoạn vận hành, chạy thử như sau:

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung khoản 1 và khoản 2 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (đã được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Luật số 31/2012/QH13) quy định về hoàn thuế GTGT như sau:

Điều 13. Các trường hợp hoàn thuế

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;

b) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Căn cứ khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 12/2015/NĐ-CP quy định về hoàn thuế GTGT;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP (Văn bản hết hiệu lực từ 01/07/2025) sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 Nghị định 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 100/2016/NĐ-CP) quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn về hoàn thuế GTGT;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Thông tư 13/2023/TT-BTC (Văn bản hết hiệu lực từ 01/07/2025) hướng dẫn Nghị định 49/2022/NĐ-CP và sửa đổi bổ sung Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ Điều 4 Nghị định 15/2021/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 35/2023/NĐ-CP quy định chi tiết một số nội dung về quản lý dự án đầu tư quy định về trình tự đầu tư xây dựng.

Như vậy, căn cứ các quy định trên, về nguyên tắc, trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư, có phát sinh vận hành, chạy thử, nếu thời gian vận hành, chạy thử là một tiêu chí hoặc công đoạn theo yêu cầu về tiêu chuẩn kỹ thuật được quy định theo pháp luật chuyên ngành và được thực hiện theo các quyền, nghĩa vụ cụ thể tại các văn bản thỏa thuận của các bên thì vận hành, chạy thử là công việc thuộc giai đoạn thực hiện dự án.

Xem thêm Quy định về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh

Hướng dẫn chính sách thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dự án đầu tư trong giai đoạn vận hành, chạy thử theo Công văn 3577/CT-CS (Hình từ Internet)

Cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư trong giai đoạn vận hành, chạy thử được hoàn thuế GTGT thế nào?

Theo khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định hoàn thuế đối với đầu tư như sau:

- Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

- Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư.

Lưu ý: Doanh thu quy định tại Điều 13 Nghị định 181/2025/NĐ-CP không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho Ban Quản lý dự án, chi nhánh trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh, tổ chức kinh tế, chi nhánh cùng kỳ tính thuế (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

+ Khi dự án đầu tư, giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư đã hoàn thành, trường hợp tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh không tiếp tục quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh mà do chủ dự án đầu tư trực tiếp quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc giao cho cơ sở kinh doanh khác quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bàn giao số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của dự án đầu tư để bàn giao cho chủ dự án đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh được giao quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh để tiếp tục kê khai, khấu trừ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh vào kỳ tính thuế tiếp theo ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

- Trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng phải chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư, chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động sản xuất, kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải nộp lại số thuế GTGT đã được hoàn của dự án đầu tư vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế; đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.