Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 41 Nghị định 125/2020/NĐ-CP về thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn trong trường hợp người bị xử phạt chết, mất tích; tổ chức bị xử phạt giải thể, phá sản có nêu trường hợp người bị xử phạt đã chết, mất tích; tổ chức bị xử phạt giải thể, phá sản thì không thi hành nội dung phạt tiền tại quyết định xử phạt nhưng vẫn áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả được ghi trong quyết định. Người đã ra quyết định xử phạt phải ra quyết định thi hành một phần quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong thời hạn 60 ngày, kể từ ngày nhận được thông báo người bị xử phạt chết, mất tích; tổ chức bị xử phạt giải thể, phá sản.
Trường hợp quyết định xử phạt không có nội dung áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả thì người có thẩm quyền xử phạt ra quyết định đình chỉ thi hành quyết định xử phạt.
Đồng thời tại điểm d khoản 1, khoản 2 Điều 65 Luật Xử lý vi phạm hành chính 2012 (được sửa đổi bởi Khoản 33 Điều 1 Luật Xử lý vi phạm hành chính sửa đổi 2020) quy định những trường hợp không ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong đó có trường hợp tổ chức vi phạm hành chính đã giải thể, phá sản trong thời gian xem xét ra quyết định xử phạt.
Mặc dù không ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính nhưng vẫn phải ra quyết định tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính nếu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính thuộc loại cấm tàng trữ, cấm lưu hành hoặc tang vật, phương tiện mà pháp luật có quy định hình thức xử phạt tịch thu và áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả được quy định đối với hành vi vi phạm hành chính đó. Quyết định phải ghi rõ lý do không ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính; tang vật, phương tiện vi phạm hành chính bị tịch thu; biện pháp khắc phục hậu quả được áp dụng, trách nhiệm và thời hạn thực hiện.
Việc tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính, áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại khoản này không bị coi là đã bị xử phạt vi phạm hành chính.
Tại khoản 4 Điều 85 Luật Xử lý vi phạm hành chính năm 2012 cũng có đề cập trường hợp tổ chức bị giải thể, phá sản mà không có tổ chức nào tiếp nhận chuyển giao quyền và nghĩa vụ thì cơ quan nơi người có thẩm quyền xử phạt đang thụ lý hồ sơ vụ vi phạm hành chính phải tổ chức thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả chi phí cho việc tổ chức thi hành biện pháp khắc phục hậu quả do cơ quan của người có thẩm quyền xử phạt ra quyết định thực hiện được lấy từ nguồn ngân sách dự phòng cấp cho cơ quan đó.
Như vậy, theo quy định trên trường hợp doanh nghiệp đã giải thể nhưng bị phát hiện có sử dụng hóa đơn không hợp pháp thì người có thẩm quyền sẽ không ra quyết định xử phạt mà chỉ xem xét ra quyết định buộc áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả.
Lúc này cần xem xét có tổ chức nào tiếp nhận chuyển giao quyền và nghĩa vụ hay không thì tổ chức này sẽ là đơn vị thực hiện biện pháp buộc khắc phục hậu quả, trường hợp không có tổ chức nào tiếp nhận chuyển giao quyền và nghĩa vụ thì cơ quan nơi người có thẩm quyền xử phạt đang thụ lý hồ sơ vụ vi phạm hành chính phải tổ chức thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả chi phí cho việc tổ chức thi hành biện pháp khắc phục hậu quả do cơ quan của người có thẩm quyền xử phạt ra quyết định thực hiện được lấy từ nguồn ngân sách dự phòng cấp cho cơ quan đó.
Theo quy định tại khoản 2, 3 Điều 210 Luật Doanh nghiệp năm 2020 có quy định thành viên Hội đồng quản trị công ty cổ phần, thành viên Hội đồng thành viên công ty trách nhiệm hữu hạn, chủ sở hữu công ty, chủ doanh nghiệp tư nhân, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc, thành viên hợp danh, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp chịu trách nhiệm về tính trung thực, chính xác của hồ sơ giải thể doanh nghiệp.
Trường hợp hồ sơ giải thể không chính xác, giả mạo, những người quy định tại khoản 2 Điều này phải liên đới chịu trách nhiệm thanh toán quyền lợi của người lao động chưa được giải quyết, số thuế chưa nộp, số nợ khác chưa thanh toán và chịu trách nhiệm cá nhân trước pháp luật về những hệ quả phát sinh trong thời hạn 05 năm kể từ ngày nộp hồ sơ giải thể doanh nghiệp đến Cơ quan đăng ký kinh doanh.
Có thể thấy nếu trong hồ sơ giải thể mà có những tài liệu sử dụng những hóa đơn bất hợp pháp để hoàn thành thủ tục giải thể thì tùy loại hình doanh nghiệp mà có thể Thành viên Hội đồng quản trị công ty cổ phần, thành viên Hội đồng thành viên công ty trách nhiệm hữu hạn, chủ sở hữu công ty, chủ doanh nghiệp tư nhân, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc, thành viên hợp danh, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là những người chịu trách nhiệm thi hành biện pháp buộc khắc phục hậu quả.