Theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC) trường hợp khai bổ sung hồ sơ hải quan hàng hóa xuất, nhập khẩu quy định như sau:
- Nếu trong thông quan, người khai hải quan, người nộp thuế được khai bổ sung trong trường hợp:
+ Trước thời điểm cơ quan hải quan thông báo kết quả phân luồng tờ khai hải quan cho người khai hải quan;
+ Phát hiện sai sót trong việc khai hải quan sau thời điểm cơ quan hải quan thông báo kết quả phân luồng nhưng trước khi thông quan thì được khai bổ sung hồ sơ hải quan và bị xử lý theo quy định;
+ Theo yêu cầu của cơ quan hải quan khi cơ quan hải quan phát hiện sai sót, không phù hợp giữa thực tế hàng hóa, hồ sơ hải quan với thông tin khai báo trong quá trình kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa thì bị xử lý theo quy định.
- Nếu sau khi hàng hóa đã được thông quan: trừ các nội dung khai bổ sung liên quan đến giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu; kiểm tra chuyên ngành về chất lượng hàng hóa, y tế, văn hóa, kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, thực vật, an toàn thực phẩm, người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện khai bổ sung trong trường hợp:
+ Xác định có sai sót trong việc khai hải quan thì được khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra;
+ Quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan mới phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định.
Như vậy, trường hợp hồ sơ hải quan sai sót, người khai hải quan vẫn có thể thực hiện khai bổ sung trong thông quan hoặc sau khi thông quan, tuy nhiên phải thuộc vào những trường hợp nêu trên, và còn tùy thuộc vào từng trường hợp cụ thể mà việc khai bổ sung này có thể bị xử lý hay không.
Tại khoản 1 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC) quy định người khai hải quan được khai bổ sung các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan nếu thuộc các trường hợp quy định. Tuy nhiên, nếu thuộc các chỉ tiêu dưới đây thì không được khai bổ sung:
- Đối với tờ khai xuất khẩu, tờ khai nhập khẩu:
+ Mã loại hình; Mã phân loại hàng hóa;
+ Mã hiệu phương thức vận chuyển: (trừ trường hợp quy định tại khoản điểm b khoản 3 Điều 82 Thông tư này đối với tờ khai nhập khẩu);
+ Cơ quan Hải quan; Mã người nhập khẩu; Mã đại lý hải quan.
- Trường hợp giải phóng hàng (BP):
+ Mã loại hình; Mã phân loại hàng hóa; Mã hiệu phương thức vận chuyển;
+ Cơ quan Hải quan; Mã người nhập khẩu; Mã người xuất khẩu; Mã đại lý hải quan;
+ Số vận đơn; Số lượng; Tổng trọng lượng hàng (Gross); Phương tiện vận chuyển;
+ Ngày hàng đến; Địa điểm dỡ hàng; Địa điểm xếp hàng; Số lượng container;
+ Phân loại hình thức hóa đơn; Số tiếp nhận hóa đơn điện tử; Mã lý do đề nghị BP;
+ Mã ngân hàng bảo lãnh; Năm phát hành bảo lãnh; Ký hiệu chứng từ bảo lãnh; Số chứng từ bảo lãnh.
Thuộc một trong các chỉ tiêu nêu trên của từng trường hợp tờ khai hải quan sẽ không được khai bổ sung.
Ngoài thủ tục khai bổ sung hồ sơ hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), còn có một số thủ tục khai bổ sung hồ sơ hải quan đặc thù sau:
- Khai bổ sung trong trường hợp xuất khẩu, nhập khẩu được thỏa thuận mua, bán nguyên lô, nguyên tàu và có thỏa thuận về dung sai về số lượng và cấp độ thương mại của hàng hóa được quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC;
- Khai bổ sung hồ sơ hải quan trong trường hợp gửi thừa hàng, nhầm hàng trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC;
- Khai bổ sung hồ sơ hải quan sau thông quan trong trường hợp gửi thiếu hàng và hàng hóa chưa đưa hoặc đưa một phần ra khỏi khu vực giám sát hải quan, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC.