Có hành vi vi phạm pháp luật về thuế nhưng sau này mới bị phát hiện thì xử phạt thế nào?

Về trường hợp như anh nêu thì theo quy định của Nghị định 129/2013/NĐ-CP, sẽ không thực hiện xử phạt hành chính với hành vi vi phạm này nữa:

Điều 54. Hiệu lực thi hành

3. Áp dụng các quy định về xử phạt, hoãn, miễn, giảm tiền phạt và các quy định khác về xử phạt vi phạm hành chính về thuế có lợi đối với trường hợp vi phạm hành chính về thuế xảy ra trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành mà sau đó mới bị phát hiện hoặc đang xem xét, giải quyết. Đối với quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế đã được ban hành hoặc đã được thi hành xong trước ngày Nghị định này có hiệu lực mà cá nhân, tổ chức bị xử phạt còn khiếu nại thì được giải quyết theo quy định của pháp luật tại thời điểm hành vi vi phạm đã thực hiện.

(Quy định mới không xử phạt hành vi vi phạm tức là quy định có lợi hơn cho đối tượng vi phạm, theo đó sẽ áp dụng theo quy định mới)