Ông Nguyễn Văn Hiệp làm việc tại Chi nhánh Công ty TNHH Thương mại Tân Thành ở tỉnh An Giang, đề nghị cơ quan chức năng giải đáp một số nội dung liên quan đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) mặt hàng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật đối với trường hợp của Công ty ông. Theo phản ánh của ông Hiệp, Chi nhánh Công ty TNHH Thương mại Tân Thành ở tỉnh An Giang có làm đề nghị hoàn thuế từ tháng 10/2014-10/2015 như sau: Kỳ báo cáo tháng 12/2014, Chi nhánh phát sinh số thuế GTGT còn được khấu trừ là trên 2 tỷ đồng (của mặt hàng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật từ tháng 10/2014-12/2014). Khi đó 2 mặt hàng trên thuộc đối tượng chịu thuế suất thuế GTGT. Năm 2015, Chi nhánh Công ty tại An Giang kinh doanh mặt hàng phân bón và thuốc trừ sâu. Mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nên Chi nhánh Công ty chỉ kê khai khấu trừ thuế đầu vào của mặt hàng thuốc trừ sâu theo hướng dẫn tại Khoản 2, Điều 14, Mục 1, Chương III Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013. Đến kỳ đề nghị hoàn thuế tháng 10/2015, số tiền thuế đề nghị là trên 2,2 tỷ đồng. Tính đến tháng 10/2015, số thuế GTGT đủ thời gian âm 13 tháng liên tục. Chi cục Thuế huyện Châu Phú ra kết luận biên bản kiểm tra theo đề nghị hoàn thuế của Chi nhánh. Theo đó, loại số thuế GTGT còn được khấu trừ đến hết ngày 31/12/2014 số tiền là hơn 2,1 tỷ đồng, đơn vị thuế cho rằng Chi nhánh Công ty phải hạch toán số tiền này vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp, không được khấu trừ tiếp cho số thuế GTGT bán ra phát sinh trong năm 2015 của các mặt hàng chịu thuế. Qua Cổng TTĐT Chính phủ, ông Hiệp hỏi, đơn vị thuế trả lời như vậy có đúng không?
Căn cứ các quy định tại Điểm b, Khoản 2 Điều 8 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008; Khoản 1, Điều 3 Luật sửa đổi các Luật về thuế 2014; Khoản 2, Khoản 9, Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC; Khoản 1, Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, trường hợp Chi nhánh Công ty TNHH Thương mại Tân Thành tại An Giang là đơn vị kinh doanh mặt hàng phân bón ở khâu thương mại.
Chi nhánh dừng khấu trừ đề nghị hoàn thuế tại tờ khai thuế GTGT kỳ tính thuế tháng 10/2015 bao gồm cả số thuế GTGT đầu vào của mặt hàng phân bón phát sinh trước ngày 1/1/2015 nếu đáp ứng các điều kiện khấu trừ, hoàn thuế và thuộc diện hoàn thuế theo quy định tại Khoản 1, Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC và Thông tư 26/2015/TT-BTC thì Chi nhánh được khấu trừ, hoàn thuế theo quy định.
